요지

내국법인이 동업기업에 이자소득을 지급하는 때에 동업기업을 지급받는 자로 하여 원천징수를 하는 것임

답변내용

조세특례제한법 제100조의14에 따른 동업기업인 기관전용 사모집합투자기구에 이자소득을 지급하는 자는 해당 동업기업을 지급받는 자로 하여 법인세법 제73조에 따라 원천징수를 하는 것이며,
해당 동업기업의 동업자 중 법인세법 시행령 제111조제1항제9호의 새마을금고법에 따른 금고가 포함되어 있는 경우, 새마을금고는 동업기업으로부터 배분받은 원천징수세액을 법인세 신고 시 기납부세액으로 공제하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○A법인은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제19항제1호에 따른 기관전용 사모집합투자기구로, 설립 이후 「조세특례제한법」 제100조의15에 따라 동업기업과세특례를 신청하여 적용받고 있으며

  - 수동적동업자 중 「법인세법 시행령」 제111조제1항의 금융회사에 해당하는 새마을금고가 포함되어 있음

2. 질의요지

 ○동업기업 과세특례를 적용받는 사모집합투자기구의 동업자 중에 원천징수 면제대상 금융회사가 포함되어 있을 때

  -동업기업에 이자소득을 지급하는 자가 해당 동업자에게 귀속되는 이자상당액에 대하여도 원천징수를 하여야 하는지

3. 관련 법령

○법인세법 제73조 【내국법인의 이자소득 등에 대한 원천징수】

 ① 내국법인(대통령령으로 정하는 금융회사 등의 대통령령으로 정하는 소득은 제외한다)에 다음 각 호의 금액을 지급하는 자(이하 이 조에서 "원천징수의무자"라 한다)는 그 지급하는 금액에 100분의 14의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세(1천원 이상인 경우만 해당한다)를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다. 다만, ｢소득세법｣ 제16조제1항제11호의 비영업대금의 이익에 대해서는 100분의 25의 세율을 적용하되, ｢온라인투자연계금융업 및 이용자 보호에 관한 법률｣에 따라 금융위원회에 등록한 온라인투자연계금융업자를 통하여 지급받는 이자소득에 대해서는 100분의 14의 세율을 적용한다.

  1. ｢소득세법｣ 제16조제1항에 따른 이자소득의 금액(금융보험업을 하는 법인의 수입금액을 포함한다)

  2. ｢소득세법｣ 제17조제1항제5호에 따른 집합투자기구로부터의 이익 중 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 투자신탁의 이익(이하 "투자신탁이익"이라 한다)의 금액

 ④ 제1항 또는 제2항에도 불구하고 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 법인세를 원천징수하지 아니한다.

○법인세법 시행령 제111조【내국법인의 이자소득 등에 대한 원천징수】

 ① 법 제73조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 금융회사 등의 대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 법인에 지급하는 소득을 말하며, 법 제73조의2제1항 전단에 따른 원천징수대상채권등(｢주식ㆍ사채 등의 전자등록에 관한 법률｣ 제59조 각 호 외의 부분 전단에 따른 단기사채등 중 같은 법 제2조제1호나목에 해당하는 것으로서 만기 1개월 이내의 것은 제외한다)의 이자등(법 제73조의2제1항 전단에 따른 이자등을 말한다. 이하 이 조, 제113조 및 제138조의3에서 같다)을 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 투자회사 및 제16호의 자본확충목적회사가 아닌 법인에 지급하는 경우는 제외한다.

  1. 제61조제2항제1호부터 제28호까지의 법인

  2. ｢한국은행법｣에 의한 한국은행

  3. ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 집합투자업자

  4. ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 투자회사, 투자목적회사, 투자유한회사 및 투자합자회사[같은 법 제9조제19항제1호에 따른 기관전용 사모집합투자기구(법률 제18128호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 일부개정법률 부칙 제8조제1항부터 제4항까지에 따라 기관전용 사모집합투자기구, 기업재무안정 사모집합투자기구 및 창업ㆍ벤처전문 사모집합투자기구로 보아 존속하는 종전의 경영참여형 사모집합투자기구를 포함한다. 이하 제161조제1항에서 같다)는 제외한다]

  5. ⁠「농업협동조합법」에 의한 조합

  6. ⁠「수산업협동조합법」에 따른 조합

  7. ⁠「산림조합법」에 따른 조합

  8. ⁠「신용협동조합법」에 따른 조합 및 신용협동조합중앙회

  9. ⁠「새마을금고법」에 따른 금고

 (중략)

  14. ⁠「국가재정법」의 적용을 받는 기금(법인 또는 법인으로 보는 단체에 한정한다)

  (이하 생략)

 ④ 법 제73조제4항에서 "법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득을 말한다.

  1. 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득

  2. 삭제

  3. 신고한 과세표준에 이미 산입된 미지급 소득

  4.법령 또는 정관에 의하여 비영리법인이 회원 또는 조합원에게 대부한 융자금과 비영리법인이 당해 비영리법인의 연합회 또는 중앙회에 예탁한 예탁금에 대한 이자수입

○조세특례제한법 제100조의18 【동업기업 소득금액 등의 계산 및 배분】

 ① 동업자군별 배분대상 소득금액 또는 결손금은 각 과세연도의 종료일에 해당 동업자군에 속하는 동업자들에게 동업자 간의 손익배분비율에 따라 배분한다. 다만, 동업기업의 경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 자로서 대통령령으로 정하는 동업자(이하 이 절에서 "수동적동업자"라 한다)에게는 결손금을 배분하지 아니하되, 해당 과세연도의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 그 수동적동업자에게 소득금액을 배분할 때 배분되지 않은 결손금을 그 배분대상 소득금액에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제하고 배분한다.

 ④ 동업자는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 제1항에 따라 배분받은 소득금액 또는 결손금을 대통령령으로 정하는 구분에 따른 익금 또는 손금으로 보아 계산한다. 다만, 수동적동업자(｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제9조제19항제1호에 따른 기관전용 사모집합투자기구의 수동적동업자 중 비거주자 또는 외국법인은 제외한다)의 경우에는 배분받은 소득금액을 ｢소득세법｣ 제17조제1항, 제119조제2호 및 ｢법인세법｣ 제93조제2호에 따른 소득으로 본다.

 ⑤ 동업기업과 관련된 다음 각 호의 금액은 각 과세연도의 종료일에 동업자 간의 손익배분비율에 따라 동업자에게 배분한다. 이 경우 하위 동업기업과 관련된 다음 각 호의 금액은 하위 동업기업에 대한 상위 동업기업의 손익배분비율과 상위 동업기업의 동업자 간 손익배분비율을 곱한 비율에 따라 상위 동업기업의 동업자에게 배분한다.

  1. ｢법인세법｣ 및 이 법에 따른 세액공제 및 세액감면금액

  2. 동업기업에서 발생한 소득에 대하여 ｢법인세법｣ 제73조 및 제73조의2에 따라 원천징수된 세액

  3. ｢법인세법｣ 제75조 및 제75조의2부터 제75조의9까지의 규정에 따른 가산세 및 이 법 제100조의25에 따른 가산세

  4. ｢법인세법｣ 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세(내국법인 및 외국법인인 동업자에게 배분하는 경우만 해당한다)

 ⑥ 동업자(상위 동업기업인 동업자는 제외한다)는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세를 신고ㆍ납부할 때 제5항에 따라 배분받은 금액 중 같은 항 제1호 및 제2호의 금액은 해당 동업자의 소득세 또는 법인세에서 공제하고, 같은 항 제3호 및 제4호의 금액은 해당 동업자의 소득세 또는 법인세에 가산한다.

○조세특례제한법 시행령 제100조의18 【동업기업 소득금액 및 결손금의 계산 및 배분】

 ① 법 제100조의18제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 동업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 동업자(이하 "수동적동업자"라 한다)를 말한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 동업자

   가. 동업기업에 성명 또는 상호를 사용하게 하지 아니할 것

   나. 동업기업의 사업에서 발생한 채무에 대하여 무한책임을 부담하기로 약정하지 아니할 것

   다. ｢법인세법 시행령｣ 제40조제1항 각 호에 따른 임원 또는 이에 준하는 자가 아닐 것

  2. 해당 동업기업이 기관전용 사모집합투자기구인 경우에는 그 유한책임사원

○ 조세특례제한법 시행령 제100조의19 【동업기업 세액의 계산 및 배분】

 ① 법 제100조의18제5항 각 호의 금액은 동업기업을 하나의 내국법인으로 보아 계산한다.

 ② 법 제100조의18제6항을 적용할 때 같은 조 제5항에 따라 동업자가 배분받은 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 공제하거나 가산한다.

  1. 세액공제ㆍ세액감면금액: 산출세액에서 공제하는 방법

  2. 원천징수세액: 기납부세액으로 공제하는 방법. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 동업기업이 법 제100조의24 또는 ｢소득세법｣ 제127조에 따라 해당 동업자가 배분받은 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 원천징수할 때 해당 세액에서 공제하되, 해당 세액을 초과하는 금액은 없는 것으로 본다.

   가. 거주자ㆍ비거주자ㆍ외국법인인 수동적동업자의 경우

   나. 거주자인 동업자(수동적 동업자는 제외한다)로서 배분받은 소득이 제100조의18제7항제1호에 따라 「소득세법」 제16조, 제17조 또는 제21조의 소득에 대한 수입금액으로 구분되는 경우

  3. 가산세: 산출세액에 합산하는 방법

  4. 토지등 양도소득에 대한 법인세에 상당하는 세액: 산출세액에 합산하는 방법. 이 경우 토지등 양도소득에 대한 법인세에 상당하는 세액은 동업기업을 하나의 내국법인으로 보아 산출한 금액에 내국법인 및 외국법인인 동업자의 손익배분비율의 합계를 곱한 금액으로 한다.

출처 : 국세청 2025. 07. 21. 사전-2025-법규소득-0583[법규과-1607] | 국세법령정보시스템