요지

「조세특례제한법」 제38조제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식의 포괄적 이전으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세에 대해서는 과세를 이연받을 수 있는 것임

답변내용

｢조세특례제한법｣ 제38조제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 ｢상법｣ 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전에 따라 완전모회사를 설립하고 완전자회사가 되는 경우 그 주식의 포괄적 이전으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세에 대해서는 ｢조세특례제한법｣ 제38조 및 같은 법 시행령 제35조의2에 따라 과세를 이연받을 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

 ○갑법인은 대출채권의 양수·관리·회수에 관한 사업 등 여신금융업을 영위하는 법인임

 ○ 갑법인의 주주는 대주주인 신청인과 배우자로 법인세법상 특수관계인에 해당함

 ○갑법인은 ｢상법｣ 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전에 따라 완전모회사를 설립하고자 함

 ○ 갑법인의 주주인 신청인과 배우자는 보유한 갑법인 주식 전부를 신설법인에 이전하고 신설법인이 신규로 발행한 주식 전부를 취득하여 갑법인은 신설법인의 완전자회사가 될 예정임

 ○갑법인은 임시 주주총회를 개최하여 포괄적으로 주식을 이전하는 것을 승인함

2. 질의내용

○내국법인의 주주구성이 최대주주 및 그의 특수관계인 2인인 경우로서 해당 내국법인이 ｢상법｣ 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전에 의하여 완전모회사를 설립하고 주주들이 보유한 내국법인 주식 전부를 완전모회사에 이전하는 경우

  - 주식의 포괄적 이전으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 대하여 ｢조세특례제한법｣ 제38조제1항에 따른 과세이연을 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련 법령

□ 조세특례제한법제2조【정의】

  ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "내국인"이란 ｢소득세법｣에 따른 거주자 및 ｢법인세법｣에 따른 내국법인을 말한다.

  ② 제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조제1항제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따른다.

□ 법인세법제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "내국법인"이란 본점, 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있는 법인을 말한다.

□ 조세특례제한법제38조【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세 특례】

  ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 ｢상법｣ 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

   1. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.

   2.완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환·이전대가를 받은 경우 그 교환·이전대가의 총합계액 중 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상이거나 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

   3. 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

  ② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 ｢법인세법｣ 제52조제2항에 따른 시가로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 해당 사유의 발생 사실을 발생일부터 1개월 이내에 완전자회사의 주주에게 알려야 하며, 완전자회사의 주주는 제1항에 따라 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부하여야 한다.

   1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우

   2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

  ③ 제1항제2호 및 제3호와 제2항제1호 및 제2호를 적용할 때 법령에 따라 불가피하게 주식을 처분하는 경우 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

  ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 주식양도차익의 계산, 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 완전자회사 주식의 장부가액의 산정방식, 주식의 포괄적 교환등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 조세특례제한법시행령 제35조의2【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 법인의 과세특례】

  ① 내국법인(이하 이 조에서 "완전자회사"라 한다)의 주주인 법인(내국법인 및 ｢법인세법｣ 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 다른 내국법인(이하 이 조에서 "완전모회사"라 한다)에 주식의 포괄적 교환 또는 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 상당하는 금액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 손금에 산입하는 금액은 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

   1. 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식(법 제38조제1항제2호에 따라 받은 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상인 경우에는 완전모회사의 완전모회사의 주식을 말한다. 이하 이 조에서 "완전모회사등주식"이라 한다)의 가액, 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액(이하 이 조에서 "교환ㆍ이전대가"라 한다)에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사의 주식의 취득가액을 뺀 금액

   2. 제1호의 금액과 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사등주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액 중 작은 금액

  ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 법인이 완전모회사등주식을 처분하는 사업연도에 다음 계산식에 따른 금액을 익금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.

  ③ 완전자회사의 주주인 거주자, 비거주자 또는 ｢법인세법｣ 제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 "거주자등"이라 한다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 완전모회사에 주식의 포괄적 교환등을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호와 제2호의 금액 중 작은 금액을 양도소득으로 보아 양도소득세를 과세한다.

   1. 교환ㆍ이전대가에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사 주식의 취득가액을 뺀 금액

   2. 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사등주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액

  ④ 거주자등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사등주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.

  ⑤ ⁠(생 략)

  ⑥ 법 제38조제1항제2호 및 같은 조 제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주"란 완전자회사의 ｢법인세법 시행령｣ 제43조제3항에 따른 지배주주 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주를 말한다.

   1. ｢법인세법 시행령｣ 제43조제8항제1호가목의 친족 중 4촌 이상의 혈족 및 인척

   2. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

  ⑦ 완전자회사의 주주에게 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사등주식을 교부할 때에는 제6항에 따른 주주에게 다음 계산식에 따른 금액 이상의 완전모회사등주식을 교부하여야 한다.

  ⑧ 법 제38조제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 따른 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지 여부를 판정할 때 완전자회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 보유하는 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 사업을 폐지한 것으로 본다.

  ⑨ 삭제

  ⑩ 삭제

  ⑪ 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

  ⑫ 완전자회사의 주주는 제11항의 기간에 법 제38조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우 다음 각 호의 구분에 따라 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다.

   1. 완전자회사의 주주가 거주자등인 경우: 해당 사유가 발생한 날이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 법 제38조제1항에 따라 이연받은 세액(이연받은 세액 중 이미 납부한 부분과 이 조 제3항에 따라 납부한 세액을 제외한다)을 납부. 이 경우 완전모회사등주식을 양도하는 경우에는 그 주식의 취득가액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전모회사등주식의 시가로 한다.

   2. 완전자회사의 주주가 법인인 경우 : 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 제1항에 따라 압축기장충당금으로 손금에 산입한 금액 중 제2항에 따라 익금에 산입하고 남은 금액을 익금에 산입

  ⑬ 법 제38조제3항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 법 제38조제1항제2호 및 같은 조 제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우 : 완전모회사 및 제6항에 따른 주주가 ｢법인세법 시행령｣ 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

   2. 법 제38조제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우 : 완전자회사가 ｢법인세법 시행령｣ 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

출처 : 국세청 2019. 08. 21. 사전-2019-법령해석재산-0277[법령해석재산-2174] | 국세법령정보시스템