요지

비영리내국법인이 정부의 사업을 공단으로부터 재위탁받아 공단을 통해 정부지원금을 수령하고, 해당 사업에 소요된 경비를 충당한 후 매년 정산하여 잔액을 공단에 반환함에 따라 최종적으로 해당 사업의 손익이 국가에 귀속되는 경우 비영리내국법인이 공단으로부터 수령한 정부지원금은 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 아니하는 것임

회신

비영리내국법인이 정부의 ○○사업을 △△공단으로부터 재위탁받아 공단을 통해 정부지원금을 수령하고, 해당 사업에 소요된 경비를 충당한 후 매년 정산하여 잔액을 공단에 반환함에 따라 최종적으로 해당 사업의 손익이 국가에 귀속되는 경우
비영리내국법인이 공단으로부터 수령한 정부지원금은 ⁠「법인세법」제4조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 아니하는 것입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 ⁠「□□법」에 의해 설립된 비영리법인(주무관청 : AA부)이며, △△공단과 ○○업무에 대한 위·수탁 협약을 체결하고, △△공단은 AA부로 부터 상기와 동일한 협약을 위탁 받아 질의법인에 위탁함

- 해당 사업 이행을 위해 민간기업(이하 ⁠“참여기업”이라 함)과 해당 과제의 수행을 위한 협약을 체결하여 참여기업이 인증 취득 등 과제수행 완료시 정부지원금을 지급하고, 미수행 시 환수함

- 협약 내용 : 인증대상품목, 협약기간, 정부지원금액, 지원금지급방법 등

○ 정부지원금의 지급과정은 AA부가 △△공단에게 지급 후 △△공단이 다시 해당 지원금액을 질의법인에게 지급하고

- 질의법인은 정부지원금 중 인건비 등 소요경비를 제외한 금액을 과제를 이행한 참여기업에게 지급하고 있으며,

- 정부지원금을 정산 후 잔액(관련 이자 포함)을 전액 △△공단에 반환하여 해당 금액은 국가에 귀속됨

2. 질의내용

○ 업무협약과 관련하여 △△공단으로부터 수령한 정부지원금의 법인세 과세 대상 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

② 제1항제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

④〜⑤ ⁠(생 략)

○ 법인세법 제3조【수익사업의 범위】

① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)·조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업

2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

2의2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)이 국내에서 영위하는 선급검사용역

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업

가. ⁠「유아교육법」에 따른 유치원

나. ⁠「초·중등교육법」 및 ⁠「고등교육법」에 따른 학교

다. ⁠「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」에 따라 설립된 외국교육기관(정관 등에 따라 잉여금을 국외 본교로 송금할 수 있거나 실제로 송금하는 경우는 제외한다)

라. ⁠「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 따라 설립된 비영리법인이 운영하는 국제학교

마. 「평생교육법」 제31조제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설

4. 보건업 및 사회복지 서비스업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업

가. 「사회복지사업법」 제34조에 따른 사회복지시설 중 사회복지관, 부랑인·노숙인 시설 및 결핵·한센인 시설

나. 「국민기초생활보장법」 제15조의2제1항 및 제16조제1항에 따른 중앙자활센터 및 지역자활센터

다. 「아동복지법」 제52조제1항에 따른 아동복지시설

라. 「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설(노인전문병원은 제외한다)

마. 「노인장기요양보험법」 제2조제4호에 따른 장기요양기관

바. 「장애인복지법」 제58조제1항에 따른 장애인복지시설 및 같은 법 제63조제1항에 따른 장애인복지단체가 운영하는 「중증장애인생산품 우선구매 특별법」 제2조제2항에 따른 중증장애인생산품 생산시설

사. 「한부모가족지원법」 제19조제1항에 따른 한부모가족복지시설

아. 「영유아보육법」 제10조에 따른 어린이집

자. 「성매매방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제9조제1항 및 제17조제1항에 따른 지원시설 및 성매매피해상담소

차. 「정신건강증진 및 정신질환자 복지서비스 지원에 관한 법률」 제3조제6호 및 제7호에 따른 정신요양시설 및 정신재활시설

카. 「성폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제10조제2항 및 제12조제2항에 따른 성폭력피해상담소 및 성폭력피해자보호시설

타. ⁠「입양특례법」 제20조제1항에 따른 입양기관

파. 「가정폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제5조제2항 및 제7조제2항에 따른 가정폭력 관련 상담소 및 보호시설

하. 「다문화가족지원법」 제12조제1항에 따른 다문화가족지원센터

5. 연금 및 공제업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

가. ⁠「국민연금법」에 의한 국민연금사업

나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)

6. 사회보장보험업중 ⁠「국민건강보험법」에 의한 의료보험사업과 ⁠「산업재해보상보험법」에 의한 산업재해보상보험사업

7. 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체를 포함한다)가 공급하는 용역중 「부가가치세법」 제26조제1항제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업

8. 금융 및 보험 관련서비스업중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

가. ⁠「예금자보호법」에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원·채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업

나. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」 및 ⁠「수산업협동조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

다. ⁠「새마을금고법」에 의한 예금자보호준비금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

라. ⁠「금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」에 따른 구조조정기금을 통한 부실자산 등의 인수 및 정리와 관련한 사업

마. ⁠「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

바. ⁠「산림조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

9. ⁠「대한적십자사 조직법」에 의한 대한적십자사가 행하는 혈액사업

10. ⁠「한국주택금융공사법」에 따른 주택담보노후연금보증계정을 통하여 주택담보노후연금보증제도를 운영하는 사업(보증사업과 주택담보노후연금을 지급하는 사업에 한한다)

11. 「국민기초생활 보장법」 제2조에 따른 수급권자·차상위계층 등 기획재정부령으로 정하는 자에게 창업비 등의 용도로 대출하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖춘 사업

12. 비영리법인(사립학교의 신축·증축, 시설확충, 그 밖에 교육환경 개선을 목적으로 설립된 법인에 한한다)이 외국인학교의 운영자에게 학교시설을 제공하는 사업

13. 「국민체육진흥법」 제33조에 따른 대한체육회에 가맹한 경기단체 및 ⁠「태권도 진흥 및 태권도공원조성에 관한 법률」에 따른 국기원의 승단·승급·승품 심사사업

14. ⁠「수도권매립지관리공사의 설립 및 운영 등에 관한 법률」에 따른 수도권매립지관리공사가 행하는 폐기물처리와 관련한 사업

15. 제1호, 제2호, 제2호의2, 제3호부터 제14호까지의 규정과 비슷한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업

②〜③(생 략)

4. 관련예규 등

○ 서면-2014-법령해석법인-19555, 2015.07.21.

귀 질의1의 경우, 공단이 방사성폐기물 발생자로부터 방사성폐기물 관리비용을 징수하여 방사성폐기물 관리기금에 납입하는 경우 해당 사업은 수익사업에 해당하지 아니하는 것임

귀 질의2의 경우, 공단이 원자력발전사업자로부터 중ㆍ저준위방사성폐기물을 인수하여 운반하고 동 사업자로부터 그 운반비용을 지급받는 경우 해당 사업은 ⁠「법인세법」제3조제3항제1호 및 같은 법 시행령 제2조제1항에 따라 수익사업에 해당하는 것임

귀 질의3의 경우, 공단이 산업통상자원부장관으로부터 방사성폐기물 관리기금(이하 ⁠“기금”이라 함)의 관리·운용에 관한 사무를 위탁받아 기금을 관리·운용하면서 이에 소요되는 경비를 기금에서 지급받아 집행하고 매년 정산하여 잔액은 해당 기금에 다시 반환하는 경우 해당 사업은 수익사업에 해당하지 아니하는 것임

○ 서면-2016-법인-3265, 2016.06.13.

비영리법인이 국가로부터 위탁받은 위험물 검사용역 사업을 영위하면서 위·수탁협약에 따라 해당사업에서 발생한 손익이 실질적으로 국가에 귀속될 경우, 해당사업에 대해서는 ⁠「법인세법」제2조제3항에 따라 법인세가 과세되지 아니하는 것으로

해당 법인은 같은 법 제113조의 규정에 따라 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하는 것임

○ 대법원2003두12455, 2005.09.09.

구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제1조 제1항은 법인세의 납세의무자에 관하여 규정하면서, 그 단서에서 비영리 내국법인은 그 법인의 정관 또는 목적사업에 불구하고 같은 항 각 호 소정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있으므로, 비영리 내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 한다.

○ 서면-2018-법인-1781, 2018.09.13.

정부의 허가를 받아 설립된 비영리내국법인이 국가연구개발사업인 백신글로벌 산업화 기반구축사업을 위해 국가 또는 지방자치단체로부터 무상으로 받는 국고보조금은「법인세법」제3조 제3항 제1호에서 규정하는 ⁠‘수익사업에서 생기는 소득’에 해당하지 아니하는 것이며, 이 경우 국고보조금을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우에는「법인세법 시행규칙」제76조 제3항에 따라 자본의 원입으로 처리하는 것으로 해당 자금을 원천으로 하여 지출한 운영비(인건비 등) 및 취득한 기반시설 등의 고정자산에 대해「법인세법」제23조에 따라 계상한 감가상각비는 손금에 산입하는 것입니다.

○ 법규법인 2009-0177, 2009.05.22.

사전답변 신청의 사실관계와 같이, 신청인이 국가로부터 위탁받은 국유 수목장림에 대한 운영·관리 사업은 그 사업의 수익과 지출을 정산하여 수입이 지출을 초과하는 경우 차액을 국고에 납입하거나 지출이 수입을 초과하는 경우 차액을 국가로부터 지급받음으로써 실질적인 소득의 귀속자가 국가이므로 ⁠「법인세법」제2조제3항에 따라 법인세를 부과하지 아니하는 것이나, 위탁수수료는 신청인의 위탁사업에 대한 용역제공대가로 수령하는 것으로 수익사업에 해당되는바, 이에 대하여는 법인세 신고·납부의무가 있는 것이며,

신청인 명의로 개설된 사업비 예금계좌에서 발생하는 이자소득은 위탁계약서 제10조에 따라 국가에 귀속되는 위탁사업의 수입항목을 구성하므로, 신청인의 법인세 과세표준 신고대상에서 제외되는 것이며, 같은 법 시행령 제111조제1항에 따라 원천징수하지 아니하는 것이나, 해당 이자소득에 대한 법인세가 원천징수된 경우에는 신청인이 원천징수의무자에게 환급을 요청하여 환급받은 세액을 위탁사업수입에 포함하는 것임

○ 법인세과-507, 2013.09.25.

질의1∼질의3의 경우 원유 및 잉여원유를 유업체에게 판매하는 사업이 한국표준산업분류표 상의 사업에 해당하고 해당 사업에서 수입이 발생하는 경우 이를 수익사업으로 보는 것이며,

질의4의 경우 고유목적사업이란 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 「법인세법 시행령」 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말하며, 소비홍보사업 및 OOO사무국 사업의 고유목적사업 해당 여부는 관련 법령 또는 정관 및 실제 사업의 내용에 따라 판단할 사항입니다.

질의5의 경우 소비홍보사업 및 OOO사무국 운영과 관련하여 정부 및 유관기관으로부터 지급받는 보조금 및 지원금이 수익사업과 직접 관련 되지 아니하고 용역제공 등의 대가에 해당하지 않는 경우에는 이를 수익사업에서 발생하는 소득으로 보지 않는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항입니다.

○ 서면인터넷방문상담2팀-2097, 2005.12.20.

귀 질의의 경우 비영리내국법인이 국가 등과의 계약에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 영위하는 경우에는「법인세법시행령」제2조 제1항 제2호의 규정에 의한 수익사업에 해당되는 것입니다.

출처 : 국세청 2020. 07. 21. 서면-2019-법인-4609[법인세과-2613] | 국세법령정보시스템