요지

거주자가 조특법§99의2에 따른 감면대상기존주택을 취득하여 도시정비법상의 관리처분계획인가에 따라 조합에 기존주택과 부수토지를 제공하고, 신축된 주택을 취득한 후 양도하는 경우로서, 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가가 재건축 공사진행으로 없는 경우, 멸실 전 최종 고시된 주택의 기준시가로 감면소득금액을 계산하는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, ⁠「기획재정부 재산세제과-1550, 2022.12.22.」를 참고하시기 바랍니다.
○기획재정부 재산세제과-1550, 2022.12.22.
[질의내용]
○조특법§99의2에 따른 감면대상기존주택을 취득일로부터 5년 이후에 양도하는 경우로서, 그 사이에 재건축사업이 시행되어 취득일부터 5년이 되는 날 현재, 재건축공사가 진행중이어서
- 고시된 기준시가가 없는 경우, 5년이 되는 날의 기준시가 산정방법
 ⁠(제1안) 직전 최종 고시된 주택의 기준시가
 ⁠(제2안) 관리처분인가일 현재 주택의 기준시가
 ⁠(제3안) 5년이 되는 날 현재 조합원입주권의 기준시가
 ⁠(제4안) 5년이 되는 날 현재 주택부수토지의 개별공시지가
[회신]
귀 질의의 경우 제1안이 타당합니다.

1. 사실관계

 ○ ’03년 A아파트 취득하여 보유

 ○ ’13.12월 서울 소재 1세대1주택자의 감면대상 기존주택(B)^＊을 매매계약 체결

  ＊ 조특법§99의2에 따른 감면대상기존주택의 요건을 충족함을 전제

 ○ ’14.10월 B아파트 ⁠「도시 및 주거환경정비법」상 관리처분계획인가

 ○ ’16.9월 착공 및 ’20.7월 완공하여 소유권 보존 등기

2. 질의내용

 ○ 거주자가 조특법§99의2에 따른 감면대상기존주택을 취득하여 ⁠「도시 및 주거환경정비법」의 관리처분계획인가에 따라 조합에 기존주택과 부수토지를 제공하고 신축된 주택을 취득한 후 양도하는 경우로서,

  - 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가가 재건축 공사 진행으로 없는 경우 감면소득금액 계산방법

3. 관련법령 및 관련 사례

□조세특례제한법 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항은 전국 소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에는 적용하지 아니한다.

④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□조세특례제한법 시행령 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의2제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "신축주택등"이라 한다)을 말한다.

 1. 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체(이하 이 항에서 "사업주체"라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 해당 사업주체가 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2013년 3월 31일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2013년 4월 1일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택

 (중간 생략)

③ 법 제99조의2제1항 전단에서 "1세대 1주택자의 주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 포함하며, 이하 이 조에서 "감면대상기존주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 다음 각 호에 해당하는지를 판정할 때 1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 보되, 1세대의 구성원이 1주택을 공동으로 소유하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 2013년 4월 1일 현재 ⁠「주민등록법」상 1세대(부부가 각각 세대를 구성하고 있는 경우에는 이를 1세대로 보며, 이하 이 항에서 "1세대"라 한다)가 매매계약일 현재 국내에 1주택(주택은 ⁠「주택법」에 따른 주택을 말하며, ⁠「주택법」에 따른 주택을 소유하지 아니하고 2013년 4월 1일 현재 ⁠「주민등록법」에 따른 주민등록이 되어 있는 오피스텔을 소유하고 있는 경우에는 그 1오피스텔을 1주택으로 본다. 이하 이 항에서 "1주택"이라 한다)을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 주택

 2. 국내에 1주택을 보유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우(제1호에 따라 1주택으로 보는 오피스텔을 소유하고 있는 자가 다른 주택을 취득하는 경우를 포함한다)로서, 종전의 주택의 취득 등기일부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날(등기일을 말한다)부터 3년 이내에 매매계약을 체결하고 양도하는 종전의 주택. 다만, 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 종전의 주택으로 한정한다.

 (중간 생략)

⑦ 법 제99조의2제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

⑧ 법 제99조의2에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 제11항 또는 제12항에 따라 확인하는 날인을 받아 교부받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(이하 생략)

□조세특례제한법 시행령 제40조(15.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것)【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에 따른 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도소득금액 또는 「법인세법」 제55조의2제1항에 따른 양도소득(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)으로서 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 취득일부터 5년이 되는 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

□ 소득세법 제99조【양도차익의 산정】

① 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

 1. 제94조제1항제1호에 따른 토지 또는 건물

  라. 주택

　「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제18조제1항 단서에 따라 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다.

 2. 제94조제1항제2호에 따른 부동산에 관한 권리

 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리

  양도자산의 종류, 규모, 거래상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 가액

□ 소득세법 제100조【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

□ 소득세법 시행령 제164조【토지․건물의 기준시가 산정】

⑪ 법 제99조제1항제1호라목 단서에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액"이란 다음 각 호에 따른 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 ⁠「지방세법」 제4조제1항 단서에 따라 시장ㆍ군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 둘 이상의 감정평가법인등에게 의뢰하여 해당 주택에 대한 감정평가법인등의 감정가액을 고려하여 평가할 수 있다.

  (1. 호 생략)

  2. ⁠「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 공동주택가격이 없는 공동주택의 경우에는 인근 유사공동주택의 거래가격ㆍ임대료 및 당해 공동주택과 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 공동주택의 건설에 필요한 비용추정액 등을 종합적으로 참작하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 주택의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 주택의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액

출처 : 국세청 2023. 01. 02. 서면-2020-법규재산-4786[법규과-9] | 국세법령정보시스템