요지

내국법인이 기술혁신형 중소기업인 피인수법인의 지배주주로부터 주식을 인수한 경우로서 지배주주 중 피인수법인의 대표이사가 계속 대표이사로 재직하여 구「법인세법 시행령」제87조제1항제7호에 따라 인수법인의 특수관계인에 해당하고 피인수법인의 주식 또한 소유하고 있는 경우에는 ⁠「법인세법 시행령」제43조제7항에 따라 지배주주등에 해당함

회신

귀 질의의 경우 을설이 타당합니다. 끝.

1. 질의내용

 ○기존 피인수법인의 주주가 주식을 양도하고 인수 이후에도 피인수법인의 임원으로 계속 근무하는 경우 ｢조세특례제한법｣ 제12조의4제1항제4호에 따른 ⁠‘인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등’에 해당하는지 여부

    (갑설) 지배주주에 해당하지 않음

    (을설) 지배주주에 해당함

2. 사실관계

 ○ A법인은 2016년에 기술혁신형 중소기업인 피인수법인의 주식 00.0%를 대표이사인 甲 외 4인으로부터 매수하였으며, 상기 주식매매 거래 당시 인수법인과 甲외 4인은 법인세법상 특수관계가 없고, 피인수법인은 기술혁신형 중소기업에 해당함

 ○A법인은 인수 후에도 피인수법인으로부터 원활한 기술이전과 정상적인 사업 운영을 위해 甲이 계속해서 대표이사직을 유지하도록 하였으며, 甲의 인수 전 지분 00.0% 중 잔여지분을 보유하도록 하였다가, 2019년에 해당지분을 모두 취득하였음

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것)

 ① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2018년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

  1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

  2. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(피인수법인이 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인에 해당하며, 인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

  3. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

  가. 취득일 현재 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130

  나. 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "지분비율"이라 한다)

  4. 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 주식등을 매각하고 받은 대가의 총합계액 중 주식 또는 출자지분의 가액이 100분의 20 미만인 경우로서 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 그 주식 또는 출자지분을 배정받지 아니하고 취득일부터 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

  5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

 ② 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

  1. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하는 경우

  2. 피인수법인이 종전에 영위하던 사업을 폐지하는 경우

  3. 각 사업연도 종료일 현재 인수법인의 피인수법인 지분비율이 취득일 현재의 지분비율보다 낮아지는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 지분비율이 낮아지는 경우는 제외한다.

  가. ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 또는 「상법」 제340조의2에 따른 주식매수선택권을 행사하는 경우

  나. ⁠「근로복지기본법」에 따른 우리사주조합원이 우리사주를 취득하는 경우

  다. 제13조제1항제1호에 따른 중소기업창업투자회사, 같은 항 제2호에 따른 신기술사업금융업자, 같은 항 제3호에 따른 창투조합등이 출자하는 경우(타인 소유의 주식 또는 출자지분

○ 조세특례제한법 시행령 제11조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】(2016.2.5. 대통령령 제 26959호로 개정된 것)

 ① 법 제12조의4제1항제1호에 따른 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다)은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다. 다만, 인수법인이 「법인세법 시행령」 제50조제2항에 따른 소액주주등에 해당하는 기간은 주식등을 보유한 것으로 보지 아니한다.

 ② ∼ ⑥ ⁠(생략)

 ⑦ 법 제12조의4제1항제4호 및 같은 조 제2항제1호에 따른 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등의 범위에 관하여는 「법인세법 시행령」 제43조제3항 및 제7항을 준용한다.

○ 법인세법시행령 제43조 【상여금 등의 손금불산입】

   (2018.2.13. 대통령령 제 28640호로 개정된 것)

 ① 법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다.

 ② 법인이 임원에게 지급하는 상여금중 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

 ③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

 ④ 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다.

 ⑤ 법인의 해산에 의하여 퇴직하는 임원 또는 사용인에게 지급하는 해산수당 또는 퇴직위로금 등은 최종사업연도의 손금으로 한다.

 ⑥ 삭제

 ⑦ 제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 "지배주주등"이라 한다)을 말한다.

 ⑧ 제3항 및 제7항에서 "특수관계에 있는 자"란 해당 주주등과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다

  1. 해당 주주등이 개인인 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

   가. 친족(「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)

   나. 제87조제1항제1호의 관계에 있는 법인

   다. 해당 주주등과 가목 및 나목에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

   라. 해당 주주등과 그 친족이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1명이 설립자로 되어 있는 비영리법인

   마. 다목 및 라목에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

  2. 해당 주주등이 법인인 경우에는 제87조제1항 각 호(제3호는 제외한다)의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

○ 법인세법시행령 제87조 【특수관계인의 범위】

    (2012.2.2. 대통령령 제 23589호로 개정된 것)

  ① 법 제52조제1항에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 "특수관계인"이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도 「국세기본법」 제2조제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

   1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401조의2제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

   2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

   3. 법인의 임원·사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

   4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

  5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

  6. 당해 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인

  7. 당해 법인이 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원

출처 : 기획재정부 2021. 06. 22. 법인세제과-296 | 국세법령정보시스템