요지

사업자가 다른 사업자에게 토지, 건물을 일괄공급하면서 신고한 건물의 실지거래가액이 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액과 30%이상 차이가 나는 것으로서 기준시가에 따라 계산한 공급가액에 대해 세금계산서를 수정 발급하는 경우, 그 과소기재한 공급가액에 대하여 부가법 §60②(5)에 따른 가산세를 적용하는 것임

회신

사업자가 다른 사업자에게 공장용지 및 건물을 매매계약에 따라 일괄공급하면서 구분하여 신고한 건물의 실지거래가액이 ｢부가가치세법｣ 제29조제9항제2호에 따라 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30이상 차이가 나는 것으로서 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 하는 수정세금계산서를 발급하는 경우 과소기재한 공급가액에 대하여 같은 법 제60조제2항제5호에 따른 가산세를 부과하는 것입니다.

 질의요지

 ○ 제조업을 영위하던 사업자가 사업을 폐지할 목적으로 공장용지 및 건물을 매매계약에 따라 양도하면서 신고하였으나

  - 구분한 토지, 건물의 실지거래가액이 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액과 30%이상 차이가 나는 것으로 확인되어 기준시가에 의해 재계산하여 수정신고시 세금계산서 관련 가산세 적용 여부

 사실관계

○ 질의인은 플라스틱용기 제조업을 영위하던 개인사업자로 사업을 폐지할 목적으로 공장용지 및 건물을 매매계약에 따라 일괄양도하면서(토지○억원, 건물○억원) 건물과 관련한 세금계산서를 발급하여 부가가치세 신고를 하고

  - 구분한 토지, 건물의 실지거래가액 중 건물 공급가액이 기준시가로 안분 계산한 가액(△억원)과 30%이상 차이가 나는 것으로 확인되어 기준시가에 의해 재계산하여 수정신고 예정임

   ☞ 당초 발급한 세금계산서 상 공급가액에 추가되는 금액이 발생한 경우로 수정세금계산서를 발급(예정)하여 수정신고하는 것을 전제로 답변함

 관련법령

○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】

  ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

   1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

   2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

  ④ 제3항에도 불구하고 특수관계인에 대한 재화 또는 용역(수탁자가 위탁자의 특수관계인에게 공급하는 신탁재산과 관련된 재화 또는 용역을 포함한다)의 공급이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 경우에는 공급한 재화 또는 용역의 시가를 공급가액으로 본다.

   1. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 아무런 대가를 받지 아니한 경우

   2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우

   3. 용역의 공급에 대하여 대가를 받지 아니하는 경우로서 제12조제2항 단서가 적용되는 경우

  ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

   1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

   2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】

  ① 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

   1.  토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

   2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

   3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

  ② 법 제29조제9항제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.

   1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우

   2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

   1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

   2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

   3. 공급가액과 부가가치세액

   4. 작성 연월일

   5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

  ⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 ⁠“수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 ⁠“수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다.

○ 부가가치세법 제34조【세금계산서 발급시기】

  ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

○ 부가가치세법 제60조【가산세】

  ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

   2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트

   5. 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1퍼센트. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 경우는 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제108조 【가산세】

  ③ 법 제32조에 따라 발급한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오나 과실로 사실과 다르게 적혔으나 해당 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제60조제2항제5호에 따른 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다.

○ 부가가치세법 시행령 제70조 【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】

  ① 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

   5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급

   6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급

○ 부가가치세 기본통칙 60-108-2【수정세금계산서에 대한 미발급가산세】

  사업자가 세금계산서를 발급한 후 당초의 공급가액에 더하거나 빼는 금액이 발생한 경우 수정세금계산서를 발급하지 아니하거나 발급한 분에 대한 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때에는 법 제60조제2항* 및 제6항에 따른 가산세를 적용한다.

   * 부가법 §60②:세금계산서미발급가산세, §60②:매출처별세금계산서합계표미제출가산세

출처 : 국세청 2022. 06. 10. 서면-2022-법규부가-2230[법규과-1764] | 국세법령정보시스템