요지

비영리내국법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 부동산을 처분한 경우에는 법인세가 과세되지 아니하는 것이며, 공부상 등기가 법인의 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 보는 것임

회신

「국세기본법」제13조 제2항에 따라 승인을 받은 법인으로 보는 단체가 취득시점부터 계속하여 해당 단체의 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외)에 사용하고 있는 부동산을 처분하는 경우로서
처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하던 부동산의 처분으로 발생하는 수입은「법인세법」제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따라 수익사업에서 생기는 소득에서 제외되어 각 사업연도의 소득에 대한 법인세가 과세되지 않는 것이며,
공부상 등기가 법인의 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 보는 것입니다.
다만, 처분한 부동산이 해당 단체의 소유인지 및 고유목적사업에 실제 사용하였는지 여부는 제반사항 등을 고려하여 사실판단 할 사항입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 「국세기본법」 제13조 제2항에 따라 승인을 받은 법인으로 보는 단체로 수익사업을 영위하고 있지 않음

○ 질의법인의 대표자는 1999년 법인 소재지 부동산을 경매로 취득(개인명의 등기) 후 계속하여 00으로 사용하고 있으며 상기 부동산을 매각하고자 함

2. 질의내용

○ 법인으로 보는 단체가 고유목적사업(수익사업제외)에 직접 사용하고 있는 부동산을 양도하는 경우 법인세 과세대상인지

3. 관련법령

○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체 등】

① 법인(「법인세법」 제2조제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

○ 법인세법 제2조 【정의】

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

가.「민법」 제32조에 따라 설립된 법인

나.「사립학교법」이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 「민법」 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)ㆍ사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)

다.「국세기본법」 제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)

○ 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】

② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】 - 2018.2.13. 개정 전 -

② 법 제3조제3항제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

○ 국세기본법 제2조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

4. 관련예규 등

○ 법인세과-122, 2011.2.16.

비영리내국법인이 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 것은 법인세 과세대상에 해당되지 않는 것이나, 당해 고정자산 명의가 개인소유로 확인되는 등 사실상 당해 법인이 취득하지 않은 경우에는 당해 법인의 자산으로 보지 않는 것임

○ 법인세과-1333, 2009.11.30.

「국세기본법」제13조제2항에 의한 법인으로 보는 단체가 고유목적사업과 수익사업에 공동으로 사용하던 부동산(개인소유 부동산 제외)을 양도하는 경우 양도일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하던 부분에 대하여만「법인세법」제3조제3항제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되지 아니하는 것임

○ 서면인터넷방문상담2팀-73, 2007.1.10.

비영리내국법인이「법인세법」제3조 제2항 제5호 및 같은법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의하여 법인의 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 경우에는 수익사업에서 제외하여 법인세를 과세하지 아니하는 것이며, 법인의 정관 및 내부규약에 의하여 사실상 소유자가 법인인 동 자산을 공부상 대표자 명의로 취득한 경우에는 같은 법 제4조의 규정에 의하여 실질내용에 따라 법인의 자산으로 보는 것이나, 귀 질의의 경우가 이에 해당하는 지는 사실판단하는 것임

○ 서면-2018-법인-3528, 2019.6.5.

비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산을 양도한 경우에는 법인세를 과세하지 아니하는 것이며, 공부상 등기가 법인의 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 보는 것임

 ※ 귀 질의의 경우, 아래 회신사례를 참조하시기 바랍니다.

 ○ 법인세과-411(2009.4.8.)

 비영리내국법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(「법인세법 시행령」제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업은 제외)에 직접 사용한 고정자산을 양도한 경우에는 ⁠「법인세법」제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항의 규정에 따라 법인세를 과세하지 아니하는 것이며,

 공부상 등기가 법인의 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 보는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항임

출처 : 국세청 2020. 01. 29. 서면-2020-법인-0060[법인세과-278] | 국세법령정보시스템