요지

공단이 국가로부터 ⁠「의료법」에 따라 비급여진료비용 등의 보고 및 현황조사 업무를 위탁받으면서 지급받은 보조금을 비급여진료비용 등을 보고한 의료기관에 지급하는 경우 국가로부터 지급받는 해당 보조금은 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하므로 공급가액에서 제외됨

답변내용

국민건강보험공단이 ⁠「의료법」제45조의2 및 같은 법 시행령 제42조에 따라 국가로부터 비급여진료비용 등의 보고, 조사 및 분석, 결과 공개 등 업무를 위탁받으면서 국가로부터 지원받은 보조금을 ｢비급여 진료비용 등의 보고 및 공개에 관한 기준｣ 제13조에 따라 비급여진료비용 등을 보고한 의료기관에 지급하는 경우 해당 보조금은
｢부가가치세법｣ 제29조제5항제4호에 따른 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금에 해당하는 것입니다.

 질의요지

 ○ 공단이 ⁠「의료법」제45조의2 및 같은 법 시행령 제42조에 따라 국가로부터 비급여진료비용 등의 보고 및 현황조사, 결과공개 등 업무를 위탁받고

  - 국가로부터 지급받은 보조금을 비급여진료비용 등을 보고한 의료기관에 지급하는 경우 해당 보조금이 부가가치세 공급가액에 포함되는지 여부

 사실관계

 ○ 보건복지부는 국민의 알 권리 강화를 통해 의료권 선택을 원활히 하고, 국가 건강보험사업의 기초자료를 마련하고자 비급여진료비용등 현황을 조사·분석하여 그 결과를 공개하고 있음(의료법 §45의2②)

  - 국민건강보험공단(이하 ⁠“공단”)은 「의료법」 제45조의2 및 같은 법 시행령 제42조에 따라 비급여진료비용 및 제증명수수료(이하 ⁠“비급여진료비용등”)의 항목, 기준, 금액 및 진료내역 등 보고에 관한 사항을 보건복지부(이하 ⁠“국가”)로부터 위탁받아

  - ｢비급여 진료비용 등의 보고 및 공개에 관한 기준｣ 제13조(보건복지부 고시)에 따라 비급여진료비용등의 자료를 보고한 의료기관을 대상으로 보조금을 지급함

 ○ 본건 비급여진료비용등의 보고 관련 주요 내용은 다음과 같음

 ○ 건강보험 회계예산은 ｢공공기관운영에 관한 법률｣에 근거하여 공단 이사회 의결 및 보건복지부 승인의 절차를 거쳐 확정되며

  - 예산의 수입재원은 보험료 수입 및 정부보조금 등으로 구성되고

  - 예산 편성된 금액은 ⁠「공기업준정부기관예산운용지침」 및 ⁠「공공기관운영에 관한 법률」에 근거한 공단의 ⁠「예산집행지침」에 따라 불용처리됨(국고로 반납하지 않음)

 관련법령

 ○ 부가가치세법 제4조【과세대상】

  부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

   1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

 ○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   1. 역무를 제공하는 것

   2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

 ○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

  ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

  ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

   1. 금전으로 대가를 받는 경우:그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

  ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

   4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

 ○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. ⁠(이하생략)

 ○ 의료법 제45조의2 【비급여 진료비용 등의 보고 및 현황조사 등】

  ① 의료기관의 장은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 비급여 진료비용 및 제45조제2항에 따른 제증명수수료(이하 이 조에서 "비급여진료비용등"이라 한다)의 항목, 기준, 금액 및 진료내역 등에 관한 사항을 보건복지부장관에게 보고하여야 한다.

  ② 보건복지부장관은 제1항에 따라 보고받은 내용을 바탕으로 모든 의료기관에 대한 비급여진료비용등의 항목, 기준, 금액 및 진료내역 등에 관한 현황을 조사·분석하여 그 결과를 공개할 수 있다. 다만, 병원급 의료기관에 대하여는 그 결과를 공개하여야 한다.

  ③ 보건복지부장관은 제2항에 따른 비급여진료비용등의 현황에 대한 조사·분석을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 의료기관의 장에게 관련 자료의 제출을 명할 수 있다. 이 경우 해당 의료기관의 장은 특별한 사유가 없으면 그 명령에 따라야 한다.

  ④ 제2항에 따른 현황조사·분석 및 결과 공개의 범위·방법·절차 등에 필요한 사항은 보건복지부령으로 정한다.

 ○ 의료법 시행령 제42조 【업무의 위탁】

  ⑥ 보건복지부장관은 법 제86조제2항에 따라 법 제45조의2제1항에 따른 비급여진료비용등과 관련된 보고의 접수와 같은 조 제2항에 따른 비급여진료비용등의 현황에 대한 조사ㆍ분석 및 그 결과 공개에 관한 업무를 다음 각 호의 전문기관에 위탁할 수 있다.

   1. 법 제28조에 따른 의사회, 치과의사회 또는 한의사회

   2. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관 중 그 설립 목적이 보건의료와 관련되는 공공기관

   3. 그 밖에 위탁 업무 수행에 필요한 조직ㆍ인력 및 전문성 등을 고려하여 보건복지부장관이 고시하는 기관

 ○ 의료법 시행규칙 제42조의3 【비급여 진료비용 등의 보고 및 현황 조사 등】

  ① 의료기관의 장은 법 제45조의2제1항에 따른 비급여진료비용등(이하 이 조에서 "비급여진료비용등"이라 한다)에 관한 다음 각 호의 구분에 따른 사항을 보건복지부장관에게 반기마다 보고해야 한다. 다만, 의료기관의 행정부담, 보고 내용의 활용 목적 등을 고려하여 보건복지부장관이 정하여 고시하는 바에 따라 의료기관별 또는 항목별로 보고 횟수를 달리 정할 수 있다.

   1. 법 제45조제1항에 따른 비급여 진료비용: ⁠「국민건강보험 요양급여의 기준에 관한 규칙」 별표 2에 따라 비급여 대상이 되는 행위ㆍ약제 및 치료재료 중 다음 각 목의 사항을 고려하여 보건복지부장관이 정하여 고시하는 사항

    가. 의료기관에서 실시ㆍ사용ㆍ조제하는 빈도

    나. 의료기관의 징수비용

    다. 환자의 수요

    라. 환자가 「국민건강보험법 시행령」 별표 2 제3호라목에 따른 희귀난치성질환자등이거나 같은 영 제21조제3항에 해당하는 경우, 법 제38조에 따른 특수의료장비를 사용하는 경우 등 구체적인 진료 상황

   2. 법 제45조제2항에 따른 제증명수수료: 의료기관에서 발급하는 진단서ㆍ증명서 또는 검안서 등의 제증명서류 중 발급 빈도, 발급 비용 및 환자의 수요 등을 고려하여 보건복지부장관이 정하여 고시하는 사항

  ② 법 제45조의2제2항에 따라 보건복지부장관이 비급여진료비용등에 대한 현황을 조사ㆍ분석하고 그 결과를 공개하는 의료기관은 보건복지부장관이 정하여 고시하는 의료기관으로 한다.

  ③ 삭제

  ④ 보건복지부장관은 비급여진료비용등에 대한 심층적 조사ㆍ분석을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 관계 전문기관이나 전문가 등에게 필요한 자료 또는 의견의 제출을 요청할 수 있다.

  ⑤ 보건복지부장관은 법 제45조의2제2항에 따라 비급여진료비용등의 현황에 대한 조사ㆍ분석 결과를 공개하는 경우에는 보건복지부장관이 지정하는 정보시스템에 게시하는 방법으로 한다.

  ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 비급여진료비용등의 보고와 비급여진료비용등의 현황에 대한 조사ㆍ분석 및 공개의 범위, 방법 및 절차 등에 관하여 필요한 세부 사항은 보건복지부장관이 정하여 고시한다.

 ○ 공공기관의 운영에 관한 법률 제4조 【공공기관】

  ① 기획재정부장관은 국가ㆍ지방자치단체가 아닌 법인ㆍ단체 또는 기관(이하 "기관"이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 공공기관으로 지정할 수 있다.

   1. 다른 법률에 따라 직접 설립되고 정부가 출연한 기관

   2. 정부지원액(법령에 따라 직접 정부의 업무를 위탁받거나 독점적 사업권을 부여받은 기관의 경우에는 그 위탁업무나 독점적 사업으로 인한 수입액을 포함한다. 이하 같다)이 총수입액의 2분의 1을 초과하는 기관 → 보험료 수입이 정부지원액에 포함: ⁠“준정부기관”

   3. 정부가 100분의 50 이상의 지분을 가지고 있거나 100분의 30 이상의 지분을 가지고 임원 임명권한 행사 등을 통하여 해당 기관의 정책 결정에 사실상 지배력을 확보하고 있는 기관

   4. 정부와 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 기관이 합하여 100분의 50 이상의 지분을 가지고 있거나 100분의 30 이상의 지분을 가지고 임원 임명권한 행사 등을 통하여 해당 기관의 정책 결정에 사실상 지배력을 확보하고 있는 기관

   5. 제1호부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 기관이 단독으로 또는 두개 이상의 기관이 합하여 100분의 50 이상의 지분을 가지고 있거나 100분의 30 이상의 지분을 가지고 임원 임명권한 행사 등을 통하여 해당 기관의 정책 결정에 사실상 지배력을 확보하고 있는 기관

   6. 제1호부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 기관이 설립하고, 정부 또는 설립 기관이 출연한 기관

 ○ 보조금 관리에 관한 법률 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. ⁠“보조금”이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가(｢국가재정법｣ 별표2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리‧운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인‧단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다). 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

 ○ 비급여 진료비용 등의 보고 및 공개에 관한 기준 제2조 【업무의 위탁】 ⁠(보건복지부 고시 2022-886호, 이하생략)

  ① 「의료법 시행령」(이하 ⁠“시행령”이라 한다) 제42조에 따라 보건복지부장관은 다음 각 호의 업무를 ⁠「국민건강보험법」에 따른 국민건강보험공단(이하 ⁠“공단”이라 한다)과 ⁠「국민건강보험법」에 따른 건강보험심사평가원(이하 ⁠“심사평가원”이라 한다)에 위탁한다.

   1. ⁠「의료법」(이하 ⁠“법”이라 한다) 제45조의2제1항에 따른 보고업무

   2. 법 제45조의2제1항에 따른 비급여 진료비용 및 제증명수수료(이하 ⁠“비급여진료비용등”이라 한다)의 항목, 기준, 금액 및 진료내역 등에 관한 보고자료의 조사 및 분석

   3. 제2호에 따른 조사ㆍ분석 결과의 공개

   4. 제1호에 따른 보고 및 제3호에 따른 비급여진료비용등의 공개를 위한 인터넷 홈페이지 구축 및 운영

   5. 비급여진료비용등의 조사ㆍ분석 및 결과의 공개에 관한 연구ㆍ교육 및 홍보

   6. 제1호부터 제5호까지의 업무와 관련한 데이터베이스의 구축

   7. 그 밖에 보건복지부장관이 필요하다고 인정하는 업무

  ② 보건복지부장관은 제1항에 따라 공단과 심사평가원이 위탁받은 업무를 수행하는데 필요한 비용을 지원할 수 있다.

 ○ 비급여 진료비용 등의 보고 및 공개에 관한 기준 제12조 【결과 보고】

  ① 공단은 비급여 진료비용 등의 보고 접수, 현황조사ㆍ분석 결과 등을 보건복지부장관에게 보고하여야 한다.

  ② 심사평가원은 ⁠[별표 1] 제1호의 공개 항목에 대한 공개자료 분석 결과 등을 보건복지부장관에게 보고하여야 한다.

 ○ 비급여 진료비용 등의 보고 및 공개에 관한 기준 제13조 【의료기관의 행정지원 등】

  제2조의 위탁기관은 비급여진료비용등의 보고, 조사ㆍ분석의 원활한 실시를 위해 예산의 범위에서 의료기관을 지원할 수 있다.

출처 : 국세청 2023. 05. 04. 사전-2023-법규부가-0214[법규과-1164] | 국세법령정보시스템