요지

일반주택을 양도하는 경우 장기보유특별공제액을 계산함에 있어 일반주택의 보유기간 중 거주기간이 2년 이상일 때에는 ⁠「소득세법」 제95조제2항 및 같은 법 시행령 제159조의4에 따라 표2를 적용하는 것입니다.

회신

귀 질의의 경우, 거주자가 ⁠「조세특례제한법」제99조의2 제1항을 적용받는 주택을
취득하여 해당 주택이 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따라 재건축되어 신축주택을
취득하는 경우로서 ⁠「조세특례제한법」제99조의2 제2항에 따라 ⁠「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 해당 신축주택은 거주자의 소유주택으로 보지 아니하므로 일반주택을 양도하는 경우 장기보유특별공제액을 계산함에 있어 일반주택의 보유기간 중 거주기간이 2년 이상일 때에는 ⁠「소득세법」 제95조제2항 및 같은 법 시행령 제159조의4에 따라 표2를 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

  -’95.11.27. A아파트 취득(재건축한 아파트, 통산 보유 26년, 거주 18년)

  -’13. 6.25. B아파트 취득(조특법 §99의2 충족 전제)

  -’15. 1.27. B아파트 재건축으로 관리처분계획인가

  -’18.12.28. B아파트 사용승인

  -예 정 A아파트 양도

2. 질의내용

  - 10년 이상 보유·거주한 주택(A주택)과 조특법 §99의2에 해당하는 주택(B주택)을 보유한 1세대가 B주택의 재건축으로 인하여 멸실 후 신축된 경우로서

     A주택 양도시 소득령 §154①에 따라 비과세를 적용할 때 장기보유특별공제 표2 적용 여부

3. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

   가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

   나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.

    1.~4. ⁠(생략)

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】

 ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

○ 조세특례제한법 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

 ② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

(이하 생략)

4. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 사전-2016-법령해석재산-0285, 2016.09.29.

 위 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 거주자가 ⁠「조세특례제한법」제99조의2 제1항을 적용받는 주택을 취득하여 해당 주택이 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따라 재건축되어 신축주택을 취득하는 경우 ⁠「조세특례제한법」제99조의2 제2항에 따라 ⁠「소득세법」제89조제1항제3호를 적용할 때 해당 신축주택은 신축주택의 분양가액, 분양면적 등에 관계없이 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것입니다.

○ 재산세과-483, 2009.10.16.

1. 장기보유특별공제액을 계산함에 있어 「소득세법 시행령」 제155조 제1항 규정에 의하여 양도일 현재 1세대1주택으로 보는 경우(당해 주택에서 거주하지 않은 경우 포함)에는 같은 법 제95조 제2항 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 적용함

2. 한편, 「소득세법 시행령」 제155조 제1항을 적용함에 있어 ⁠「주택건설촉진법」(법률 제6852호 ⁠「도시 및 주거환경정비법」으로 개정되기 전의 것을 말함) 제33조의 규정에 따른 주택재건축 사업계획승인일(귀 질의의 경우 2003.2.8) 이후에 조합원의 지위를 승계받아 취득한 주택(B)의 취득시기는 사용검사필증교부일(사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 받은 경우에는 그 사실상 사용일 또는 사용승인일)임

출처 : 국세청 2023. 06. 26. 서면-2022-부동산-2790[부동산납세과-1352] | 국세법령정보시스템