요지

농업회사법인이 축산물을 유통․가공․판매함으로 인해 발생하는 소득은 제68조 제1항에 따른 법인세 감면이 적용되고, 주식회사가 농업회사법인으로 전환한 경우에는 전환 후 최초로 소득이 발생한 사업연도를 기준으로 감면이 적용되는 것임

회신

｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣에 따른 농업회사법인이 축산물을 유통․가공․판매함으로 인해 발생하는 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제26조 제1항에 따른 농업회사법인의 경우에는 같은 조 제2항에 따른 업종에서 발생하는 소득은 제외함)은 2019년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도 분부터 ｢조세특례제한법｣ 제68조 제1항에 따른 법인세 감면이 적용되는 것이며, 이 경우 ｢상법｣에 따른 주식회사가 ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣에 따른 농업회사법인으로 전환한 경우에는 전환 후 최초로 소득이 발생한 사업연도를 기준으로 ｢조세특례제한법｣ 제68조 제1항에 따른 법인세 감면이 적용되는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 주식회사로, 축산물 도매업을 운영하고 있음

  - 도축장에서 매입한 지육(머리, 내장 제외)을 육가공업체에 임가공(해체, 분할, 포장)을 의뢰하여 생산한 제품을 마트, 식당 등에 납품

 ○ 질의법인은「농어업경영체 육성 및 지원에 관한법률」(이하 ⁠‘농어업경영체법’) 제19조에 따른 농업회사법인으로 전환할 계획임

2. 질의내용

○ 농업회사법인으로 전환시 축산물 위탁가공 판매소득도「조세특례제한법」제68조 제1항 및 같은 법 시행령 제65조 제2항 제3호^*에 따른 감면대상 소득에 해당하는지 여부

    * ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣ 제19조제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

3. 관련법령

○조세특례제한법 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

① ⁠「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2021년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

○ 조세특례제한법 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】(2018.12.24. 대통령령 제16009호로 개정되기 전의 것)

① ⁠「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조제1항을 준용하여 감면한다

○조세특례제한법 시행령 제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것)

②법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(이하 이 조에서 "부대사업등 소득"이라 한다)을 말한다.

  1.｢농업·농촌 및 식품산업 기본법 시행령｣ 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

  2.｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령｣ 제19조제1항에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득

  3.농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

○조세특례제한법 시행령 제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정된 것)

② 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다.

  1.｢농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령｣ 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

  2.｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령｣ 제19조제1항에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득

  3.｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣ 제19조제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

○조세특례제한법 시행령 부칙

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제121조의2제8항ㆍ제13항의 개정규정(박물관ㆍ미술관 입장료와 관련된 부분에 한정한다)은 2019년 7월 1일부터 시행하고, 제9조제9항부터 제13항까지, 제22조의9제1항 및 별표 6의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다.

  제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제16009호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

○조세특례제한법 시행규칙 제26조【농업회사법인 법인세 감면 배제 소득 등】

 ①영 제65조제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 농업회사법인"이란 출자총액이 80억원을 초과하고 출자총액 중 ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣ 제2조제1호에 따른 농업인 및 ｢농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법｣ 제3조제4호에 따른 농업 관련 생산자단체의 출자지분 합계의 비중이 100분의 50 미만인 농업회사법인을 말한다.

 ②영 제65조제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 업종"이란 도ㆍ소매업 및 서비스업(작물재배 관련 서비스업은 제외한다)을 말한다.

○농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등】

 ①농업의 경영이나 농산물의 유통·가공·판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

 ②농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

○농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1."농업인"이란 ｢농업·농촌 및 식품산업 기본법｣ 제3조제2호에 따른 농업인을 말한다.

○농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1."농업"이란 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

  2."농업인"이란 농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자를 말한다.

  4."생산자단체"란 농업 생산력의 증진과 농업인의 권익보호를 위한 농업인의 자주적인 조직으로서 대통령령으로 정하는 단체를 말한다.

○농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조【농업의 범위】

  ｢농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법｣(이하 "법"이라 한다) 제3조제1호에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.

  2.축산업: 동물(수생동물은 제외한다)의 사육업ㆍ증식업ㆍ부화업 및 종축업(種畜業)

○농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제4조【생산자단체의 범위】

  법 제3조제4호에서 "대통령령으로 정하는 단체"란 다음 각 호의 단체를 말한다.

  1. ｢농업협동조합법｣에 따른 조합 및 그 중앙회

  2. ｢산림조합법｣에 따른 산림조합 및 그 중앙회

○농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제5조【농수산물의 범위】

 ①법 제3조제6호가목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제2조의 농업활동으로부터 생산되는 산물을 말한다.

○ 유통산업발전법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "유통산업"이란 농산물ㆍ임산물ㆍ축산물ㆍ수산물(가공물 및 조리물을 포함한다) 및 공산품의 도매ㆍ소매 및 이를 경영하기 위한 보관ㆍ배송ㆍ포장과 이와 관련된 정보ㆍ용역의 제공 등을 목적으로 하는 산업을 말한다.

출처 : 국세청 2021. 06. 29. 서면-2021-법인-3473[법인세과-1274] | 국세법령정보시스템