요지

학교법인이 직접 출자하여 설립한 법인이 아닌 경우에는 해당 법인이 학교법인에 출연하는 금액에 대하여 대학 재정 건전화를 위한 과세특례 적용이 불가함

회신

｢고등교육법｣에 따른 학교법인이 100% 출자하여 설립한 A법인이 다시 100% 출자하여 B법인을 설립한 후 해당 학교법인이 A법인으로부터 B법인의 주식을 전부 인수하여 B법인이 학교법인의 완전자법인이 되는 경우, B법인이 해당 학교법인에 출연하는 금액에 대하여는 ｢조세특례제한법｣ 제104조의16제4항에 따른 과세특례를 적용할 수 없는 것임

1. 질의내용

 ○ ｢고등교육법｣에 따른 학교법인이 100% 출자하여 설립한 A법인이 다시 100% 출자하여 B법인을 설립한 후

  - 해당 학교법인이 A법인으로부터 B법인의 주식을 전부 인수하여 B법인이 학교법인의 완전자법인이 되는 경우

  - B법인이 완전모법인인 학교법인에 출연한 기부금에 대하여 ｢조세특례제한법｣ 제104조의16제4항에 따른 과세특례 적용이 가능한지 여부

2. 사실관계

○｢고등교육법｣에 따른 학교법인 ◇◇학원은 100% 출자하여 자회사 A법인을 설립하였으며, A법인이 다시 100%를 출자하여 B법인을 설립하였음

 ○◇◇학원은 A법인으로부터 B법인 주식을 100% 인수 후 완전자법인인 B법인으로부터 기부금을 지급받음

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제104조의16【대학 재정 건전화를 위한 과세특례】

 ① ⁠「고등교육법」에 따른 학교법인이 대통령령으로 정하는 수익용 기본재산(이하 "수익용 기본재산"이라 한다)을 양도하고 양도일부터 1년 이내에 다른 수익용 기본재산을 취득하는 경우 보유하였던 수익용 기본재산을 양도하여 발생하는 양도차익은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

 ② 제1항을 적용받은 학교법인이 다른 수익용 기본재산을 취득하지 아니하는 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입한다. 이 경우 익금에 산입하는 금액은 제33조제3항 후단을 준용한다.

 ③ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ④ ⁠「고등교육법」에 따른 학교법인이 발행주식총수의 100분의 50 이상을 출자하여 설립한 법인이 해당 법인에 출자한 학교법인에 출연하는 금액(이하 이 항에서 "학교법인 출연금"이라 한다)은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 한도로 손금에 산입한다.

  1. 해당 사업연도의 소득금액(「법인세법」 제24조에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)

  2. 「법인세법」 제13조제1항제1호에 따른 결손금의 합계액 및 같은 법 제24조에 따른 기부금(학교법인 출연금은 제외한다)의 합계액

출처 : 국세청 2020. 11. 19. 서면-2019-법령해석법인-0344[법령해석과-3761] | 국세법령정보시스템