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합병 승계 이월결손금 교차공제 제한 적용 여부(미환류소득, 2020년)

기준-2025-법규법인-0070[법규과-1755]  ·  2025. 08. 04.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 2020사업연도의 미환류소득 산정 시, 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금에 대해 교차공제 금지규정이 적용되는지요?

S요약

2020사업연도의 미환류소득 산정 시 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금에 대하여 교차공제 금지규정(법인세법 제45조 제2항)은 적용되지 않는 것으로 판단된다. 즉, 해당 결손금 전액을 미환류소득 산정 시 공제하는 것이 타당하다고 본다.
#미환류소득 #합병법인 #피합병법인 #이월결손금 #교차공제 금지 #법인세법 제45조
핵심 정리

R회신 내용 기준-2025-법규법인-0070[법규과-1755]  ·  2025. 08. 04.

  • 국세청 기준-2025-법규법인-0070[법규과-1755](2025-08-04) 회신임.
  • 2020사업연도의 미환류소득 산정 시 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금 공제와 관련하여, 교차공제 금지규정(법인세법 제45조 제2항)은 적용하지 않는 것이 타당하다고 회신하였습니다.
  • 즉, 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금 전액을 해당 사업연도의 미환류소득에서 공제할 수 있음을 명확히 밝혔습니다.
  • 해당 해석은 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 개정 전)과 관련하여, 미환류소득 산정 시 법인세법상 교차공제 제한을 적용하지 않는 취지임을 확인한 것입니다.
  • 이는 피합병법인에서 발생한 소득금액이 없더라도, 승계받은 이월결손금 자체를 제한 없이 활용할 수 있다는 점을 의미합니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목(구): 합병법인 등이 해당 사업연도에 공제한 결손금은 법인세법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산
  • 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목(신): 합병법인 등이 공제할 수 있는 결손금 산정 시, 법인세법 제45조 제1항, 제2항 및 제46조의4 제1항의 공제제한 규정 미적용
  • 법인세법 제45조: 합병 시 이월결손금 등 공제 제한(승계받은 사업에서 발생한 소득에 한해 결손금 공제)
  • 2022.2.15 대통령령 제32413호 부칙 제1조: 시행일 및 경과규정
사례 Q&A
1. 2020년 미환류소득 산정 시 합병법인 이월결손금 전액을 공제할 수 있나요?
답변
합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금 전액을 미환류소득 산정 시 공제하는 것이 가능합니다.
근거
국세청 유권해석에 따르면 교차공제 금지규정이 적용되지 않으므로 전액 공제가 인정됩니다.
2. 합병법인 미환류소득 계산 시 교차공제 금지규정이 적용되는 사업연도는?
답변
2020사업연도에는 교차공제 금지규정(법인세법 제45조 제2항)이 적용되지 않습니다.
근거
조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 개정 전) 및 국세청 해석이 그 적용을 배제함을 명확히 밝혔습니다.
3. 피합병법인 승계 결손금이 합병 후 미환류소득에서 어떻게 처리되나요?
답변
피합병법인에서 승계된 결손금은 제한 없이 전액 공제할 수 있습니다.
근거
국세청 회신 및 조특령 해석상 별도의 소득 발생 여부와 관계없이 전액 공제 가능합니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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’20사업연도의 미환류소득 산정 시, 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금에 대해 ⁠“교차공제 금지규정”이 적용되는지 여부
➠ ’20사업연도에 대해서도 적용되지 않는 것으로 봄이 타당

요지

회신

「조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것)」 제100조의 32 제4항 제2호 라목에 따라 ⁠“합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금”을 공제함에 있어 「법인세법」 제45조 제2항의 규정은 적용되지 아니하는 것임

1. 사실관계

 ○자문대상법인은 ’20년도의 미환류소득에 대한 이월결손금 공제 시

  -“피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금”에 대해 교차공제 금지규정을 적용하지 아니함으로써 해당 이월결손금 전액을 공제

    * ⁠‘피합병법인으로부터 승계받은 사업’에서 발생한 소득금액은 없음

2. 질의요지

 ○’20사업연도의 미환류소득 산정 시, ⁠“피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금”에 대해 ⁠“교차공제 금지규정(법인법§45②)”이 적용되는지 여부

3. 관련 법령

○ 조특령 제100조의32【투자ㆍ상생협력 과세특례】(개정 전 규정)

  * 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것

④ 법 제100조의32제2항제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란「법인세법」제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다.

 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

  라. ⁠「법인세법」제13조제1항제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)

○ 조특령 제100조의32【투자ㆍ상생협력 과세특례】(개정 후 규정)

  * 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것

④ 법 제100조의32제2항제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란「법인세법」제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다.

 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

 라. ⁠「법인세법」제13조제1항제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다.

○ 2022.2.15 대통령령 제32413호 부칙 제1조 ⁠(시행일)

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

법인세법 45조【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】

  * 2022.12.31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것

① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1항제1호에 따른 결손금 중 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 결손금을 제외한 금액은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다

② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

출처 : 국세청 2025. 08. 04. 기준-2025-법규법인-0070[법규과-1755] | 국세법령정보시스템