’20사업연도의 미환류소득 산정 시, 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금에 대해 ⁠“교차공제 금지규정”이 적용되는지 여부
➠ ’20사업연도에 대해서도 적용되지 않는 것으로 봄이 타당

요지

회신

｢조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것)｣ 제100조의 32 제4항 제2호 라목에 따라 ⁠“합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금”을 공제함에 있어 ｢법인세법｣ 제45조 제2항의 규정은 적용되지 아니하는 것임

1. 사실관계

 ○자문대상법인은 ’20년도의 미환류소득에 대한 이월결손금 공제 시

  -“피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금”에 대해 교차공제 금지규정을 적용하지 아니함으로써 해당 이월결손금 전액을 공제

    * ⁠‘피합병법인으로부터 승계받은 사업’에서 발생한 소득금액은 없음

2. 질의요지

 ○’20사업연도의 미환류소득 산정 시, ⁠“피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금”에 대해 ⁠“교차공제 금지규정(법인법§45②)”이 적용되는지 여부

3. 관련 법령

○ 조특령 제100조의32【투자ㆍ상생협력 과세특례】(개정 전 규정)

  * 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것

④ 법 제100조의32제2항제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란「법인세법」제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다.

 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

  라. ⁠「법인세법」제13조제1항제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)

○ 조특령 제100조의32【투자ㆍ상생협력 과세특례】(개정 후 규정)

  * 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것

④ 법 제100조의32제2항제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란「법인세법」제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다.

 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

 라. ⁠「법인세법」제13조제1항제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다.

○ 2022.2.15 대통령령 제32413호 부칙 제1조 ⁠(시행일)

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

○ 법인세법 45조【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】

  * 2022.12.31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것

① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1항제1호에 따른 결손금 중 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 결손금을 제외한 금액은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다

② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

출처 : 국세청 2025. 08. 04. 기준-2025-법규법인-0070[법규과-1755] | 국세법령정보시스템