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학교법인이 3년 이상 미사용 고정자산 양도 시 법인세 과세여부

사전-2018-법령해석법인-0261[법령해석과-360]  ·  2019. 02. 15.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 학교법인이 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 부동산을 처분할 경우, 해당 부동산이 법인세 과세대상에 해당하는지 궁금합니다.

S요약

「사립학교법」상 학교법인이 고정자산 양도일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 자산을 양도할 경우, 해당 자산은 법인세 과세대상에 해당하는 것으로 판단됩니다. 학교법인의 수익용 및 교육용 기본재산 분류, 사용이력, 고유목적사업 직접사용 여부 등에 따라 과세 여부가 결정됩니다.
#학교법인 #교육용 기본재산 #고정자산 양도 #3년 미사용 #법인세 #비영리법인
핵심 정리

R회신 내용 사전-2018-법령해석법인-0261[법령해석과-360]  ·  2019. 02. 15.

  • 국세청 사전-2018-법령해석법인-0261[법령해석과-360](2019.2.15.) 회신 기준임을 명시합니다.
  • 「사립학교법」에 따른 학교법인이 교육용 기본재산 중 3년 이상 법령 또는 정관에 따라 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 고정자산을 양도할 경우, 해당 자산 처분에 따라 발생하는 소득은 법인세 과세대상에 해당한다고 회신하였습니다.
  • 양도일 현재 고유목적사업 직접사용 여부 및 사용기간(3년 미만/이상)을 실질적으로 판단하여, 계속 미사용 자산에 한해 과세대상으로 보아야 한다고 해석하였습니다.
  • 해당 부동산이 과거 교육용 기본재산으로 등재되어 있었으나, 고유목적사업 직접사용이 3년 이상 중단된 경우에는 처분 소득에 법인세가 과세될 수 있음을 안내하였습니다.
  • 동일한 날 대체부동산을 취득하여 교육용 기본재산으로 등재한 사정이 있더라도, 양도하는 자산의 사용이력과 직접사용 기간이 3년 미만이 아닐 때는 과세대상에서 제외되지 않음을 강조하였습니다.

L관련 법령 해석

  • 법인세법 제3조 제2항 제5호: 비영리내국법인의 고정자산 처분 소득은 법인세 과세대상으로 규정. 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 처분은 대통령령으로 정하는 경우 제외.
  • 법인세법 시행령 제2조 제2항: 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분소득은 비과세하며, 미사용 시 과세 가능.
  • 법인세법 제55조의2: 비사업용 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정. 학교법인 보유임야 등 해당 시 추가세율 적용.
  • 법인세법 시행령 제92조의11 제4호: 학교법인이 기부받은 토지의 경우 비사업용 토지에서 제외.
  • 법인세법 기본통칙 3-2…3: 수익사업과 비수익사업은 사업 또는 수입의 성질에 따라 구분.
사례 Q&A
1. 학교법인이 3년 이상 사용하지 않은 교육용 기본재산을 팔면 법인세가 나오나요?
답변
네, 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 고정자산을 양도할 경우 법인세가 과세될 수 있습니다.
근거
국세청 유권해석에 따르면 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 시행령 제2조가 적용됩니다.
2. 학교법인이 부득이한 사정으로 토지를 사용하지 못했어도 법인세가 과세되나요?
답변
부득이한 사정이 있더라도 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 자산은 일반적으로 과세대상에 포함됩니다.
근거
관련 유권해석에서 직접 사용기간 등 실질사용 여부가 중요하다고 보았습니다.
3. 교육용 기본재산을 팔고 같은 날 대체 토지를 취득해도 기존 자산에 법인세가 발생하나요?
답변
네, 처분 대상 자산의 고유목적사업 직접사용기간이 3년 이상 미충족 시에는 교환 또는 대체 취득과 무관하게 법인세가 과세될 수 있습니다.
근거
해당 해석은 양도일 기준 맞춤 판단을 강조하고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

유권해석 전문

요지

「사립학교법」에 따른 학교법인이 고정자산 양도일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 경우 법인세 과세대상에 해당함

답변내용

「사립학교법」에 따른 학교법인이 교육용 기본재산으로서 양도일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 고정자산을 처분하는 경우에는 「법인세법」 제3조제2항제5호의 따라 법인세가 과세되는 것입니다

1. 사실관계

○학교법인 갑법인은 ’91.1.30. ◈◈광역시 ◈남구 ◎동 소재 2필지 임야(이하 ⁠“쟁점임야①・②”)을 학교 설립자의 가족으로부터 증여받아 교육용 기본재산으로 계상하였음

  -하지만, 쟁점임야①과 ② 사이에 다른 문중 토지 688㎡(이하 ⁠“문중토지”)가 있어 갑법인 재단 소속 ◉◉고등학교의 체육시설을 조성하는데 적합하지 못하여

  -문중토지를 매입하고자 하였으나 매도거부로 매입하지 못하였음

○이후, ’03.1.16. 문중토지가 도시관리계획 변경에 따라 ◈◈교육청 ◈◈교육연구정보원의 연구시설부지로 결정됨에 따라 ◈◈교육청이 문중토지를 ’04.6.14. 매입하게 되었고

  -도시관리계획의 추가변경으로 문중토지(688㎡) 중 583㎡(이하 ⁠“쟁점농지”)가 ’11.9.22. ◉◉고등학교 학교시설지로 그리고, 쟁점임야가 ◈◈교육청 연구시설부지로 결정됨에 따라

  -갑법인은 쟁점임야를「사립학교법」 제12조제1항에 따라 수익용 기본재산으로 용도변경 후 ’17.12.20. ◈◈교육청에 매도하고

  -같은 날 ◈◈교육청이 보유하고 있는 쟁점농지를 매입하여 갑법인의 교육용 기본재산에 전입시켰음

2. 질의내용

○ 학교법인이 소유 부동산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 부동산을 양도하고 같은 날 다른 부동산을 취득하여 교육용 기본재산으로 계상한 경우

  -양도한 부동산이 법인세 과세대상에 해당하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

법인세법 제3조【과세소득의 범위】

 ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

  1. 각 사업연도의 소득

  2. 청산소득

  3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

 ③비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 ⁠“수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

  5.고정자산의 처분으로 생기는 수입.

    다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】

 ②법 제3조제3항제5호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다.

    이 경우 해당 고정자산의 유지・관리 등을 위한 관람료・입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

법인세법 기본통칙 3-2…3【수익사업과 비수익사업의 구분】

   비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당 사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다.

법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

 ①내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

    이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

  3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

 ②제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

  2. 임야. ⁠(단서생략)

법인세법 시행령 제92조11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

 ③법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

  4. ⁠「사립학교법」에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지

법인세법 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

 ① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 ⁠“자산양도소득등”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

  1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호에 해당하는 주식 등과 대통령령으로 정하는 주식 등

  2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

  3. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

 ②제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는「소득세법」제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

 ⑦제2항에 따라 계산한 법인세는「소득세법」제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조를 준용한다.

출처 : 국세청 2019. 02. 15. 사전-2018-법령해석법인-0261[법령해석과-360] | 국세법령정보시스템

유권해석

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학교법인이 3년 이상 미사용 고정자산 양도 시 법인세 과세여부

사전-2018-법령해석법인-0261[법령해석과-360]  ·  2019. 02. 15.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 학교법인이 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 부동산을 처분할 경우, 해당 부동산이 법인세 과세대상에 해당하는지 궁금합니다.

S요약

「사립학교법」상 학교법인이 고정자산 양도일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 자산을 양도할 경우, 해당 자산은 법인세 과세대상에 해당하는 것으로 판단됩니다. 학교법인의 수익용 및 교육용 기본재산 분류, 사용이력, 고유목적사업 직접사용 여부 등에 따라 과세 여부가 결정됩니다.
#학교법인 #교육용 기본재산 #고정자산 양도 #3년 미사용 #법인세
핵심 정리

R회신 내용 사전-2018-법령해석법인-0261[법령해석과-360]  ·  2019. 02. 15.

  • 국세청 사전-2018-법령해석법인-0261[법령해석과-360](2019.2.15.) 회신 기준임을 명시합니다.
  • 「사립학교법」에 따른 학교법인이 교육용 기본재산 중 3년 이상 법령 또는 정관에 따라 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 고정자산을 양도할 경우, 해당 자산 처분에 따라 발생하는 소득은 법인세 과세대상에 해당한다고 회신하였습니다.
  • 양도일 현재 고유목적사업 직접사용 여부 및 사용기간(3년 미만/이상)을 실질적으로 판단하여, 계속 미사용 자산에 한해 과세대상으로 보아야 한다고 해석하였습니다.
  • 해당 부동산이 과거 교육용 기본재산으로 등재되어 있었으나, 고유목적사업 직접사용이 3년 이상 중단된 경우에는 처분 소득에 법인세가 과세될 수 있음을 안내하였습니다.
  • 동일한 날 대체부동산을 취득하여 교육용 기본재산으로 등재한 사정이 있더라도, 양도하는 자산의 사용이력과 직접사용 기간이 3년 미만이 아닐 때는 과세대상에서 제외되지 않음을 강조하였습니다.

L관련 법령 해석

  • 법인세법 제3조 제2항 제5호: 비영리내국법인의 고정자산 처분 소득은 법인세 과세대상으로 규정. 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 처분은 대통령령으로 정하는 경우 제외.
  • 법인세법 시행령 제2조 제2항: 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분소득은 비과세하며, 미사용 시 과세 가능.
  • 법인세법 제55조의2: 비사업용 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정. 학교법인 보유임야 등 해당 시 추가세율 적용.
  • 법인세법 시행령 제92조의11 제4호: 학교법인이 기부받은 토지의 경우 비사업용 토지에서 제외.
  • 법인세법 기본통칙 3-2…3: 수익사업과 비수익사업은 사업 또는 수입의 성질에 따라 구분.
사례 Q&A
1. 학교법인이 3년 이상 사용하지 않은 교육용 기본재산을 팔면 법인세가 나오나요?
답변
네, 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 고정자산을 양도할 경우 법인세가 과세될 수 있습니다.
근거
국세청 유권해석에 따르면 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 시행령 제2조가 적용됩니다.
2. 학교법인이 부득이한 사정으로 토지를 사용하지 못했어도 법인세가 과세되나요?
답변
부득이한 사정이 있더라도 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 자산은 일반적으로 과세대상에 포함됩니다.
근거
관련 유권해석에서 직접 사용기간 등 실질사용 여부가 중요하다고 보았습니다.
3. 교육용 기본재산을 팔고 같은 날 대체 토지를 취득해도 기존 자산에 법인세가 발생하나요?
답변
네, 처분 대상 자산의 고유목적사업 직접사용기간이 3년 이상 미충족 시에는 교환 또는 대체 취득과 무관하게 법인세가 과세될 수 있습니다.
근거
해당 해석은 양도일 기준 맞춤 판단을 강조하고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

유권해석 전문

요지

「사립학교법」에 따른 학교법인이 고정자산 양도일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 경우 법인세 과세대상에 해당함

답변내용

「사립학교법」에 따른 학교법인이 교육용 기본재산으로서 양도일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 고정자산을 처분하는 경우에는 「법인세법」 제3조제2항제5호의 따라 법인세가 과세되는 것입니다

1. 사실관계

○학교법인 갑법인은 ’91.1.30. ◈◈광역시 ◈남구 ◎동 소재 2필지 임야(이하 ⁠“쟁점임야①・②”)을 학교 설립자의 가족으로부터 증여받아 교육용 기본재산으로 계상하였음

  -하지만, 쟁점임야①과 ② 사이에 다른 문중 토지 688㎡(이하 ⁠“문중토지”)가 있어 갑법인 재단 소속 ◉◉고등학교의 체육시설을 조성하는데 적합하지 못하여

  -문중토지를 매입하고자 하였으나 매도거부로 매입하지 못하였음

○이후, ’03.1.16. 문중토지가 도시관리계획 변경에 따라 ◈◈교육청 ◈◈교육연구정보원의 연구시설부지로 결정됨에 따라 ◈◈교육청이 문중토지를 ’04.6.14. 매입하게 되었고

  -도시관리계획의 추가변경으로 문중토지(688㎡) 중 583㎡(이하 ⁠“쟁점농지”)가 ’11.9.22. ◉◉고등학교 학교시설지로 그리고, 쟁점임야가 ◈◈교육청 연구시설부지로 결정됨에 따라

  -갑법인은 쟁점임야를「사립학교법」 제12조제1항에 따라 수익용 기본재산으로 용도변경 후 ’17.12.20. ◈◈교육청에 매도하고

  -같은 날 ◈◈교육청이 보유하고 있는 쟁점농지를 매입하여 갑법인의 교육용 기본재산에 전입시켰음

2. 질의내용

○ 학교법인이 소유 부동산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 부동산을 양도하고 같은 날 다른 부동산을 취득하여 교육용 기본재산으로 계상한 경우

  -양도한 부동산이 법인세 과세대상에 해당하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

법인세법 제3조【과세소득의 범위】

 ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

  1. 각 사업연도의 소득

  2. 청산소득

  3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

 ③비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 ⁠“수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

  5.고정자산의 처분으로 생기는 수입.

    다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】

 ②법 제3조제3항제5호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다.

    이 경우 해당 고정자산의 유지・관리 등을 위한 관람료・입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

법인세법 기본통칙 3-2…3【수익사업과 비수익사업의 구분】

   비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당 사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다.

법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

 ①내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

    이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

  3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

 ②제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

  2. 임야. ⁠(단서생략)

법인세법 시행령 제92조11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

 ③법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

  4. ⁠「사립학교법」에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지

법인세법 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

 ① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 ⁠“자산양도소득등”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

  1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호에 해당하는 주식 등과 대통령령으로 정하는 주식 등

  2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

  3. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

 ②제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는「소득세법」제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

 ⑦제2항에 따라 계산한 법인세는「소득세법」제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조를 준용한다.

출처 : 국세청 2019. 02. 15. 사전-2018-법령해석법인-0261[법령해석과-360] | 국세법령정보시스템