R&D 세액공제 이월분의 최저한세 적용여부 판단

’11.12.31. ｢조세특례제한법｣ 제132조제1항제3호 개정 전 과세연도에 결손 등으로 공제받지 못하고 개정법 시행 후 개시하는 과세연도로 이월된 R&D 세액공제대상(석･박사 인건비)이 개정된 법에 따라 최저한세 적용대상에 해당함

요지

회신

귀 과세기준자문신청의 경우, 기획재정부의 유권해석(기획재정부 조세특례제도과-254, 2021.3.29.)을 참고하시기 바랍니다.
기획재정부 조세특례제도과-254, 2021.3.29.
귀 질의의 경우 제1안이 타당합니다. 끝.

1. 사실관계

○A법인은 중소기업에 해당하지 않는 상장법인으로 ’11사업연도 법인세 신고 시 석･박사 인건비에 대한 R&D세액공제대상 **억원(이하 ⁠“쟁점 이월세액공제대상”)이 발생하였으나 결손으로 공제받지 못하고 다음 사업연도로 이월되었음

 ○’11.12.31. ｢조세특례제한법｣ 제132조제1항제3호의 개정으로 쟁점 이월세액공제대상이 최저한세 적용대상에 해당됨에 따라

  -A법인은 ’12~’15사업연도의 법인세 신고 시, 결손(’12~’13년) 또는 최저한세 적용(’14~’15년)으로 쟁점 이월세액공제대상을 공제받지 못하였음

 ○한편, 최근 대법원(대법원2018두-66685, ’19.4.11.)이 당초 최저한세 적용 대상에 해당하지 않았던 이월세액공제대상이 ’11.12.31. 조특법 개정으로 최저한세 적용대상이 되는지에 대한 쟁점에서

  -’11.12.31. 이전 舊 조특법에 따라 최저한세 적용대상이 아니었던 이월세액공제대상이 해당 사업연도의 결손 등으로 ’12.1.1. 이후 개시하는 사업연도로 이월되는 경우

  -해당 이월세액공제대상은 법 개정 전 규정에 따라 최저한세 적용대상에 해당하지 않는다고 판결하였음

2. 질의내용

 ○중소기업이 아닌 법인의 석･박사 인건비에 대한 R&D 세액공제대상이 ’11.12.31. ｢조세특례제한법｣ 제132조제1항제3호 개정에 의해 최저한세 적용대상으로 변경되었는데

  -법 개정 전 과세연도에 결손 등으로 공제받지 못하고 개정법 시행 후 개시하는 과세연도로 이월된 R&D 세액공제대상(석･박사 인건비)이 개정된 법에 따라 최저한세 적용대상에 해당하는지 여부

 (제1안) 최저한세 적용대상에 해당함

 (제2안) 최저한세 적용대상에 해당하지 아니함

3. 관련법령

○조세특례제한법 제144조【세액공제액의 이월공제】

    (2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것)

 ①제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 ② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다.

○조세특례제한법 제144조【세액공제액의 이월공제】

    (2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것)

 ①제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액 ⁠[제26조제1항 단서를 적용받아 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액을 포함한다] 은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 ②각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다.

○조세특례제한법 제132조【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것)

 ①내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 ｢법인세법｣ 제91조제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(｢법인세법｣ 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 14 ⁠[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적 기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]를 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

  1.제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구․인력개발준비금 및 특별감가상각비

  2.제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2제4항, 제60조제2항, 제61조제3항, 제63조의2제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액

  3.제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자의 해당 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 뺀 금액만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제31조제6항, 제32조제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 제104조의22에 따른 세액공제금액

  4.제6조, 제7조, 제12조의2, 제21조, 제31조제4항・제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제63조(수도권 밖으로 이전하는 경우는 제외한다), 제64조, 제68조(농업소득 외의 소득만 해당한다), 제85조의6, 제102조에 따른 법인세의 면제 및 감면

○조세특례제한법 시행령 제126조【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것)

 ③법 제132조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 지출한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액"이란 당해 과세연도의 세액공제대상금액에 당해 과세연도의 연구및인력개발비 중 석사 및 박사의 ｢소득세법｣ 제20조제2항의 규정에 의한 총급여액이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

○조세특례제한법 제132조【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것)

 ①내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 ｢법인세법｣ 제91조제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(｢법인세법｣ 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 14 ⁠[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]를 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

  1.제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구・인력개발준비금 및 특별감가상각비

  2.제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2제4항, 제60조제2항, 제61조제3항, 제62조제1항, 제63조의2제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액

  3.제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제31조제6항, 제32조제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22 및 제104조의25에 따른 세액공제금액

  4.제6조, 제7조, 제12조의2, 제21조, 제31조제4항・제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조(수도권 밖으로 이전하는 경우는 제외한다), 제64조, 제68조(농업소득 외의 소득만 해당한다), 제85조의6, 제102조 및 제121조의22에 따른 법인세의 면제 및 감면

출처 : 국세청 2021. 03. 31. 기준-2020-법령해석법인-0141[법령해석과-1134] | 국세법령정보시스템