요지

비영리내국법인이 보유하고 있는 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지로서 ⁠「법인세법 시행령」 제92조의3에 따른 기간 동안 ⁠「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 면제되는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니하는 것이나, 해당 토지에 재산세가 부과되는 경우에는 같은 법 제55조의2 제2항 제4호 가목에 해당하지 않음

회신

비영리내국법인이 보유하고 있는 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지로서 ⁠「법인세법 시행령」 제92조의3에 따른 기간 동안 ⁠「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 면제되는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니하는 것이나, 해당 토지에 재산세가 부과되는 경우에는 같은 법 제55조의2 제2항 제4호 가목에 해당하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은「00특별법」에 의해 설립된 재단법인이며,

- △△특구 내 부지를 매각하여 사후활용하여 투자자를 유치를 고유목적사업으로 하고 있으며, 해당 특구 내 일부 토지를 □□시에 매각 예정

- 해당 부지는「지방세특례제한법」§54⑤(1) 및「□□시 시세 감면 조례」에 따라 재산세가 100% 면제되나,「지방세특례제한법」§177의2①에 의해 85%의 감면율을 적용 받음

2. 질의내용

○ △△특구 내 재단 소유부지가 비사업용토지에 해당되는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액

가. 「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

나. 「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지

다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1.∼3. ⁠(생략)

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. ⁠「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

5. 「지방세법」 제106조제2항에 따른 주택 부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지

6. 별장의 부속토지. 다만, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 경우에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다.

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

④∼⑧ ⁠(생략)

○ 법인세법 시행령 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】

법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

○ 지방세특례제한법 제54조【관광단지 등에 대한 과세특례】

① ∼ ④ ⁠(생략)

⑤ 다음 각 호의 재단, 기업 및 사업시행자가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 지방자치단체가 조례로 정하는 바에 따라 각각 2019년 12월 31일까지 감면할 수 있다. 이 경우 감면율은 100분의 50(제1호의 경우에는 100분의 100) 범위에서 정하여야 한다.

1. ⁠「여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법」제4조에 따라 설립된 2012여수세계박람회재단

2. ⁠「여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법」제15조 제1항에 따라 지정ㆍ고시된 해양박람회특구에서 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외한다)하는 기업

3. 「여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법」 제17조에 따른 사업시행자

⑥ ⁠(생략)

○ 지방세특례제한법 제177조의2【지방세 감면 특례의 제한】

① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. ⁠「지방세법」에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 취득세: 200만원 이하

나. 재산세: 50만원 이하(「지방세법」 제122조에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다)

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조제1항, 제13조제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조제1호, 제29조, 제30조제3항, 제33조제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제57조의3제1항, 제62조, 제63조제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제76조제2항, 제77조제2항, 제82조, 제84조제1항, 제85조의2제1항제4호 및 제92조에 따른 감면

4. 관련예규 등

○ 서면인터넷방문상담2팀-1073, 2008.06.02.

「지방세법」또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지는 당해 토지를 보유하는 기간 동안은 「법인세법 시행령」제92조의3에 따른 ⁠‘비사업용 토지’로 보는 기간에서 제외하는 것입니다.

○ 법인세과-3380, 2008.11.14.

법인이 이미 법령의 규정으로 인하여 사용이 제한되어 있는 토지를 취득한 경우에는 법인세법 제55조의2제3항의 규정이 적용되지 않는 것이나, 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지로서 같은 법 시행령 제92조의3 규정에 의한 기간 동안 지방세법 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세 되거나 면제되는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니하는 것입니다.

귀 질의의 경우 지방세가 비과세 되는 면적에 한해 이를 적용하는 것입니다. 끝.

출처 : 국세청 2020. 04. 08. 서면-2020-법인-0054[법인세과-1231] | 국세법령정보시스템