요지

조세특례제한법 시행령 제12조의2제1항에 따른 내국법인이 개인투자조합을 통하여 ’19.1.1 이후 창업자, 신기술사업자, 벤처기업, 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분에 대해 조세특례제한법 제13조의2에 따른 세액공제를 적용받을 수 있는 것입니다.

회신

 ⁠(질의 1) 조세특례제한법 시행령 제12조의2제1항에 따른 내국법인이 개인투자조합을 통하여 ’19.1.1 이후 창업자, 신기술사업자, 벤처기업, 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분에 대해 조세특례제한법 제13조의2에 따른 세액공제를 적용받을 수 있는 것입니다.
 ⁠(질의 2) 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분에 대해 양도소득세 비과세 특례는 개인에게 적용되는 것이며 법인과는 관련이 없는 사항입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 국내외투자 경영컨설팅을 주업종으로 ’16년에 설립한 법인으로 ’17년에 중소벤처기업부에 창업기획자로 등록하고 중소창업기업에 대한 투자를 영위할 목적으로 함

 ○ 조특법 §13의2 ｢내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례｣의 적용을 받으려면 벤처기업 등에 직접출자하거나, 창투조합 등을 통해 간접출자해야 하는데, 동 기업은 간접출자 방식에 해당

  - ’16.12월「중소기업창업지원법」개정에 따라 창업기기획자는 초기창업자에 투자할 목적으로 ⁠「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」제13조에 따른 개인투자조합을 결성할 수 있게 됨

2. 질의내용

 ○ ⁠(질의1) 창업기획자가 개인투자조합을 통해 벤처기업등에 출자하는 경우 조특법§13조의2에 따른 출자지분 취득가액의 100분의 5를 법인세에서 세액공제받을 수 있는지 여부

 ○ ⁠(질의2) 법인이 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분에 대해 양도세에 대한 소득세법§94①(3)를 적용받지 않을 수 있는 지(양도세 비과세) 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제13조의2【내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례】

  ① 대통령령으로 정하는 내국법인이 2019년 12월 31일까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우 주식 또는 출자지분 취득가액의 100분의 5에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다. 다만, 대통령령으로 정하는 특수관계인의 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우 그 금액에 대해서는 공제하지 아니한다.

    1. 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

    2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제249조의23에 따른 창업ㆍ벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구(이하 "창업ㆍ벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구"라 한다) 또는 창투조합등을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  ② 제1항 각 호의 규정을 적용할 때 출자는 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

    1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

    2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

○ 조세특례제한법 부칙

제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제89조의2제1항의 개정규정은 2017년 4월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과 세연도 분부터 적용한다.

제6조(내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제13조의2의 개정규정은 이 법 시행 이후 출자하는 경우부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 제13조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다.

1. ⁠「중소기업창업 지원법」에 따른 중소기업창업투자회사(이하 "중소기업창업투자회사"라 한다) 및 창업기획자(이하 "창업기획자"라 한다)가 같은 법에 따른 창업자(이하 "창업자"라 한다), 벤처기업 또는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 신기술창업전문회사(「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업에 한정한다. 이하 "신기술창업전문회사"라 한다)에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2. ⁠「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)가 ⁠「기술보증기금법」에 따른 신기술사업자(이하 "신기술사업자"라 한다), 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

3. 중소기업창업투자회사, 창업기획자, ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제4조의3제1항제3호에 따른 ⁠「상법」상 유한회사(이하 이 조에서 "벤처기업출자유한회사"라 한다) 또는 신기술사업금융업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 "창투조합등"이라 한다)을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

가. ⁠「중소기업창업 지원법」에 따른 중소기업창업투자조합(이하 "중소기업창업투자조합"이라 한다)

나. ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제4조의3에 따른 한국벤처투자조합(이하 "한국벤처투자조합"이라 한다) 및 같은 법 제13조에 따른 개인투자조합

다. ⁠「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)

라. ⁠「소재ㆍ부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」에 따른 소재ㆍ부품전문투자조합(이하 "소재ㆍ부품전문투자조합"이라 한다)

마. ⁠「농림수산식품투자조합 결성 및 운용에 관한 법률」에 따른 농식품투자조합(이하 "농식품투자조합"이라 한다)

○ 조세특례제한법 부칙

제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제121조의2의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제126조의2의 개정규정(박물관ㆍ미술관 입장료와 관련된 부분에 한정한다)은 2019년 7월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

② 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.

③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다.

④ 이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 경우부터 적용한다.

⑤ 이 법 중 개별소비세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 제조장에서 반출하거나 수입신고하는 경우부터 적용한다.

⑥ 이 법 중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 수입신고하는 경우부터 적용한다.

⑦ 이 법 중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.

제3조(중소기업 등 투자 세액공제에 관한 적용례) 제5조제4항의 개정규정은 2018년 1월 1일 이후 지정 또는 선포된 위기지역의 지정일 또는 선포일이 속하는 과세연도의 과세표준을 이 법 시행 이후 신고하는 경우부터 적용한다.

제4조(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제12조의4제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 같은 항 제3호에 따른 사유가 발생하는 경우부터 적용한다.

제5조(중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세에 관한 적용례) 제13조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 제14조 【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는 「소득세법」 제94조제1항제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1. 중소기업창업투자회사 또는 ⁠「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2. 중소기업창업투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2의2. 한국벤처투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2의3. 농식품투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

3. 신기술사업투자조합이 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조에 따른 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

5. 창업기획자에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

6. 소재ㆍ부품전문투자조합이 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

7. 「증권거래세법」 제3조제1호나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식(「소득세법」 제104조제1항제11호가목의 대주주가 아닌 자가 양도하는 것으로 한정한다)

○ 중소기업창업 지원법 제19조의5 【개인투자조합의 결성 등】

① 액셀러레이터는 초기창업자에 투자할 목적으로 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조에 따른 개인투자조합을 결성할 수 있다.

② 제1항에 따른 개인투자조합의 운용 등에 관하여는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조제2항부터 제11항까지와 제13조의2 및 제13조의3을 준용한다. 이 경우 제13조제5항과 제13조의2에서의 "벤처기업과 창업자"는 "초기창업자"로 본다.

4. 관련사례

○ 법인세과-941(2019.4.22)

 조세특례제한법 제13조의2에 따른 과세특례는 중소기업창업투자조합 등을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업, 신기술창업전문회사에 ’17.1.1. 이후 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분에 대해 세액공제를 적용받을 수 있는 것입니다.

출처 : 국세청 2019. 07. 08. 서면-2018-법인-0057[법인세과-1802] | 국세법령정보시스템