요지

관리처분계획인가일 이후 철거하지 않는 기존주택에 거주하는 경우, 해당 거주기간은 장기보유특별공제 ⁠「표2」적용대상 여부를 판정함에 있어서는 포함하여 판정하는 것이나, ⁠「표2」의 거주기간별 공제율 산정시에는 해당 거주기간을 제외하는 것임

답변내용

1주택을 보유한 1세대가 해당 1주택의「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획인가로 취득한 조합원입주권의「소득세법」제95조제2항 단서의 표2 적용대상 여부를 판정함에 있어,
「도시 및 주거환경정비법｣에 따른 관리처분계획의 인가일 이후 철거되지 않은 기존주택에 거주하는 경우, 해당 거주기간을 포함하여 판정하는 것이나,
「소득세법」제95조제2항 ⁠「표2」의 거주기간별 공제율 산정시에는 해당 거주기간을 포함하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

○ ’01.5.12. 신청인은 쟁점주택(A)을 취득

  - 신청인은 A주택에서 ’10.05.04.~’11.06.30. 약14개월간 1차 거주

 ○ ’21.02.26~’22.02.09. 다시 쟁점주택에 전입하여 2차 거주

  - 2차 거주기간 중 ’21.7.4. 관리처분계획인가를 받게 됨에 따라 신청인은 조합원입주권을 취득하게 됨

 ○ ’23.1.4. 신청인은 쟁점 조합원입주권을 17억원에 양도함

  - 쟁점 조합원입주권 외 다른 주택을 보유하고 있지 아니함

2. 질의내용

 ○ 1주택을 보유한 1세대가, 해당 1주택의「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획인가일 이후 멸실 전까지, 거주한 기간(이하 ⁠“쟁점 거주기간”)을 장기보유특별공제 ⁠「표2」적용대상 여부 판정시 포함하여 계산할 수 있는지

  - 또한 쟁점 거주기간을 장기보유특별공제의 공제율 계산시에도 포함할 수 있는지 여부

3. 관련법령

□ 소득세법 제88조 【정의】

 9. "조합원입주권"이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조제6호의 토지등소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.

□ 소득세법 제89조 (’16.12.20. 법률 제143989호로 개정된 것, 소득령§155⑯→소득법§89①(4)로 조문 이동)【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

 4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일)현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

  가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것

  나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

□ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

 ②제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

 ③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

 ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

□ 소득세법 제159조의4 (’21.2.17. 소득령§159의3→ §159의4로 조번 변경) 【장기보유특별공제】

  법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

□ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

 4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 「건축법」 제22조제2항에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

□ 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】

 ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

  1. 청산금을 납부한 경우

  2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

   가. ⁠[양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-법 제97조 제1항제2호 및 제3호에 따른 필요경비]

   나. ⁠[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조제1항제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액]

 ② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

  1. 청산금을 납부한 경우

  2. 청산금을 지급받는 경우

   제1항제2호에 따른 가액

 ⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간의 계산은 다음 각 호에 따른다.

  1. 제1항제1호의 관리처분계획인가전양도차익 및 제1항제2호나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간

  2. 제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

   가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

   나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

□ 재산세과-1078, 2009.06.01.

1. 「소득세법 시행령」제155조 제17항의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 조합원입주권은 ⁠「소득세법」제95조 제2항 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 적용하여 장기보유특별공제액을 계산하는 것이나,

2. 당해 조합원입주권이 ⁠「소득세법시행령」제155조 제17항의 요건을 갖추지 못한 1조합원입주권으로서 「소득세법 시행령」제166조 제1항에 따라 양도차익을 계산하는 경우 장기보유특별공제액은 기존부동산분 양도차익에 기존부동산의 보유기간을 계산하여 ⁠「소득세법」제95조 제2항 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 적용하여 계산하는 것임

□ 사전-2018-법령해석재산-0017, 2018.02.28.

  1세대가「소득세법」제89조 제2항에 따른 1조합원입주권(A조합원입주권)과 1주택(B주택)을 소유하다 1주택(C주택)을 취득한 후 A조합원입주권과 B주택을 같은 날 양도하고 B주택을 먼저 양도한 것으로 선택한 경우로서, C주택을 취득한 날부터 3년 이내에 A조합원입주권을 양도하는 경우에는 같은 법 제89조제1항제4호나목에 따라 비과세(양도가액 9억원 초과분은 과세)가 되는 것이며, 1세대1주택에 해당하는 조합원입주권의 양도소득금액을 산정하는 경우에는 같은 법 제95조제2항 표2에 따른 공제율을 적용하는 것입니다.

□ 재산세과-736, 2009.11.16.

 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위(이하 ⁠‘입주권’이라 함)를 양도하는 경우 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어 장기보유특별공제는 기존부동산의 양도차익에 대하여 취득시부터 관리처분계획인가일(2005.5.30. 이전에「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행인가를 받은 재건축 입주권은 사업시행인가일)까지의 보유기간에 대한 공제율을 적용하여 계산하는 것임

출처 : 국세청 2023. 11. 30. 사전-2023-법규재산-0141[법규과-3004(2023.11.30.)] | 국세법령정보시스템