요지

｢조세특례제한법｣ 제100조의32 미환류소득 계산 시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계 받은 이월결손금을 이후 사업연도에도 계속하여 차감할 수 없음

회신

귀 과세기준의 경우 기획재정부 해석(기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24.)을 참조하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24.
｢조세특례제한법｣제100조의32 미환류소득에서 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계 받은 이월결손금을 이후 사업연도에도 계속하여 재차 차감할 수 있는지 여부
(1안) 매 사업연도마다 이월결손금 차감 가능
(2안) 매 사업연도마다 이월결손금 차감 불가능
질의의 경우 2안이 타당합니다.

1. 사실관계

○ A법인은 1981년 당초 사명을 OOOO개발㈜로 하여 설립된 후 IT･골프장･건설 등의 사업을 영위하는 법인으로

  -2018.8월 ⁠(舊)A를 흡수합병(이하 ⁠‘쟁점합병’, 적격합병)하여 사명을 현재 ⁠“A”로 변경

 ○A법인은 피합병법인 ⁠(舊)A와의 적격합병으로 피합병법인의 이월결손금 229억원^*을 승계하였으며

    * 피합병법인의 이월결손금(229억원)은 2018년 합병 이후 승계 받은 사업에서 소득금액이 발생하지 않아 변동 없음

  - 2018∼2020사업연도 미환류소득에 대한 법인세 신고를 이행하고 납부함

  [ 이월결손금 현황 ]

 ⁠(백만원)

○ A법인은 2018∼2020사업연도 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 기업소득에서 차감하지 않고 법인세 신고하였으나

  - 각 사업연도 개시일 전 10년 이내 개시한 사업연도에 발생한 결손금으로서 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액도 미환류소득 계산 시 차감하는 것이므로 경정청구 신청함

  [ 미환류소득 법인세 산정 내역 ]

(백만원)

2. 질의내용

 ○ ｢조세특례제한법｣ 제100조의32 미환류소득 계산 시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 이후 사업연도에도 계속하여 재차 차감할 수 있는지 여부

     매 사업연도마다 이월결손금 차감 가능

     매 사업연도마다 이월결손금 차감 불가능

3. 관련법령

○조세특례제한법 제100조의32【투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항제1호가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여「법인세법」제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

  1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다.

  가. 대통령령으로 정하는 중소기업

  나. 대통령령으로 정하는 비영리법인

  다. 제104조의31제1항 및「법인세법」제51조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인

  2. 각 사업연도 종료일 현재「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인

 ② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(「법인세법」제76조의17에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

  1. 해당 사업연도(2022년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "기업소득"이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법

     가.∼다. ⁠(생략)

  2. 기업소득에 100분의 10부터 100분의 20까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법 ⑤ 제1항 각 호에 따른 내국법인(제4항이 적용되는 법인은 제외한다)은 제2항에 따른 해당 사업연도 미환류소득의 전부 또는 일부를 다음 사업연도의 투자, 임금 등으로 환류하기 위한 금액(이하 이 조에서 "차기환류적립금"이라 한다)으로 적립하여 해당 사업연도의 미환류소득에서 차기환류적립금을 공제할 수 있다.

 ③(이하생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제100조의32【투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례】(2022.02.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것)

 ①~ ③ ⁠(생략)

 ④ 법 제100조의32제2항제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 ｢법인세법｣ 제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다. ⁠(단서 생략)

   1.(생략)

   2.다음 각 목에 따른 금액의 합계액

   라.｢법인세법｣ 제13조제1항제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)

 ㉓합병 또는 분할에 따라 피합병법인 또는 분할법인이 소멸하는 경우 합병법인 또는 분할신설법인은 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 법 제100조의32에 따른 미환류소득 및 초과환류액을 승계할 수 있다.

○조세특례제한법 시행규칙 제45조의9【투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례】

 ⑮영 제100조의32제23항에 따라 합병법인 등이 피합병법인 등의 미환류소득 또는 초과환류액(이하 이 항에서 "미환류소득등"이라 한다)을 승계할 때에는 다음 각 호의 구분에 따른다.

  1.피합병법인이 소멸하는 경우 : 피합병법인의 미환류소득등(합병등기일을 사업연도 종료일로 보고 계산한 금액으로서 법 제100조의32제2항제1호나목의 금액은 포함하지 아니하고 계산한 금액을 말한다)을 합병법인의 해당 사업연도말 미환류소득등에 합산

  2.분할법인이 소멸하는 경우 : 분할법인의 미환류소득등(분할등기일을 사업연도 종료일로 보고 계산한 금액으로서 법 제100조의32제2항제1호나목의 금액은 포함하지 아니하고 계산한 금액을 말한다)을 분할되는 각 사업부문의 영 제100조의32제1항에 따른 자기자본의 비율에 따라 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인의 해당 사업연도말 미환류소득등에 합산

○법인세법 제13조【과세표준】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[｢조세특례제한법｣ 제6조제1항에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.

  1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

  가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것

  나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나「국세기본법」제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

○법인세법 제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

 ③다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

  1.내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

  2.동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

○법인세법 제44조의3【적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례】

 ②적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1항제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

○법인세법 제45조【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】

 ①합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1항제1호에 따른 결손금 중 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 결손금을 제외한 금액은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

 ②제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

출처 : 국세청 2022. 08. 24. 기준-2021-법무법인-0264[법무과-4155] | 국세법령정보시스템