요지

1세대가 보유한 1주택(A)이 주택재건축사업으로 조합원입주권 2개로 전환되어 사업시행완료 후 2주택(B·C)을 취득한 경우로서 먼저 양도하는 1주택은 과세되는 것이며 종전주택(A)의 평가액 일부와 추가분담금으로 취득한 1주택(B)을 먼저 양도하는 경우 취득가액 산정방법은 기존해석(기획재정부 재산세제과-627의 질의2, 2023.05.02.)을 참고

회신

1세대가 보유한 ⁠「소득세법 시행령」 제154조제1항이 적용되는 1주택(주택부수토지 포함)이 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업으로 조합원입주권(같은 법 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위) 2개로 전환되어 사업시행완료 후 2주택(B·C)을 취득한 경우로서 해당 1세대가 먼저 양도하는 1주택은 양도소득세가 과세되는 것으로 종전주택(A)의 평가액 일부와 추가분담금으로 취득한 1주택(B)을 먼저 양도하여 양도차익을 계산하는 경우 그 취득가액 산정방법은 기존해석(기획재정부 재산세제과-627의 질의2, 2023.05.02.)을 참고하시기 바라며, 이 경우 B주택이 양도일 현재 조정대상지역에 있는 경우에는 ⁠「소득세법」(2020.8.18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것)제104조제7항제1호에 따른 세율이 적용되고 장기보유특별공제는 적용되지 않는 것입니다.

○ 기획재정부 재산세제과-627, 2023.05.02.
【질의내용】
｢도시 및 주거환경정비법｣ ⁠(이하 ⁠“도정법”)에 따른 관리처분계획인가로 조합원입주권 2개(1+1)를 취득한 경우

구주택 평가액만으로 취득한 B주택의 양도차익 계산 시 취득가액 산정방법
 ⁠(1안) A주택 취득가액(2억원)
 ⁠(2안) A주택 취득가액을 재개발사업 시행시 평가액으로 안분한 가액(2×5.5/5.7억원)

구주택 평가액과 추가분담금으로 취득한 C주택의 양도차익 계산 시 취득가액 산정방법
 ⁠(1안) 입주권 평가액(5억원)
 ⁠(2안) A주택 취득가액을 재개발사업 시행 시 평가액으로 안분한 가액(2×0.2/5.7억원)과 분담금(4.8억원)의 합계액

평가액만으로 취득한 B주택의 장기보유특별공제 계산을 위한 보유기간 기산일
 ⁠(1안) 신축주택(B주택) 사용승인일
 ⁠(2안) 멸실된 구 주택(A주택) 취득일

평가액과 추가분담금으로 취득한 C주택의 장기보유특별공제 계산을 위한 보유기간 기산일
 ⁠(1안) 신축주택(C주택) 사용승인일
 ⁠(2안) 멸실된 구 주택(A주택) 취득일

【회신내용】
귀 질의 1·2·3의 경우 제2안이 타당합니다. 귀 질의 4의 경우 ⁠「소득세법 시행령」제166조제5항제2호에 따라 기존주택분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 기존주택의 취득일부터 신축주택의 양도일까지의 기간으로 하고, 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 관리처분계획등 인가일부터 신축주택의 양도일까지의 기간으로 합니다

1. 사실관계

 ○ 1992.05.11. 서울 소재 A주택* 취득(245백만원)

     * 소득령§154①의 요건을 충족하는 1세대1주택임을 전제

 ○ 2016.03.22. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축 시행으로 관리처분인가 후 1+1 분양 신청함

 ○ 2020.08. B주택 임대계약

 ○ 2020.12.09. 재건축주택 완공으로 B주택, C주택 취득

 ○ 2021.01.06. B주택 부담부증여

    * 주택 소재 지역은 2017.08.03. 조정대상지역으로 지정됨

2. 질의내용

 ○ ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업으로 종전 1주택(A)이 관리처분계획인가에 따라 2개의 조합원입주권으로 전환되어 2주택*(B, C) 취득 후, A주택 평가액과 추가분담금으로 취득한 신축주택(B)을 양도(부담부증여의 채무승계액)하는 경우

 -1세대 1주택 비과세가 가능한지

 -과세된다면, 양도차익 산정시 취득가액 산정방법

 -조정대상지역 내 위치한 2주택으로 중과세율 적용 대상인지

 -관리처분인가일 전 양도차익에 대한 장기보유특별공제가 가능한지

    * B주택은 평가액+분담금으로 취득, C주택은 종전주택의 평가액만으로 취득

3. 관련법령

○소득세법 제88조【정의】

 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

   가. ⁠「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우

   나. ∼ 다. ⁠(생략)

○ 소득세법 시행령(2021.02.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제152조【환지등의 정의】

 ① 법 제88조제1호가목에서 환지처분이란 ⁠「도시개발법」에 따른 도시개발사업, ⁠「농어촌정비법」에 따른 농업생산기반 정비사업, 그 밖의 법률에 따라 사업시행자가 사업완료후에 사업구역 내의 토지 소유자 또는 관계인에게 종전의 토지 또는 건축물 대신에 그 구역 내의 다른 토지 또는 사업시행자에게 처분할 권한이 있는 건축물의 일부와 그 건축물이 있는 토지의 공유지분으로 바꾸어주는 것(사업시행에 따라 분할ㆍ합병 또는 교환하는 것을 포함한다)을 말한다.

○ 소득세법(2021.12.08. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제89조【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

   가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

   나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

○ 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. ⁠(이하 각 호 생략)

○ 소득세법 시행규칙 제72조 【1세대1주택의 특례】

 ② 영 제154조제1항을 적용할 때 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도(지분으로 양도하는 경우를 포함한다. 다만, 영 제154조제1항 본문에 해당하는 주택과 그 부수토지를 함께 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89조제1항제3호가목에 따른 1세대1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며 1주택을 2이상의 주택으로 분할하여 양도(영 제154조제1항 본문에 해당하는 주택을 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)한 경우에는 먼저 양도하는 부분의 주택은 그 1세대1주택으로 보지 아니한다. 이 경우 주택 및 그 부수토지의 일부가 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우의 해당 주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 그러하지 아니하다.

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】

 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 ⁠“양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 ⁠“양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

 ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

[표1]

[표2]

 ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다

○ 소득세법 제100조【양도차익의 산정】

 ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

 ④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

○ 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】

 ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

  1. 청산금을 납부한 경우

  2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

   가. ⁠[양도가액 - ⁠(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)
- 법 제97조 제1항제2호 및 제3호에 따른 필요경비]

   나. ⁠[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액 - 법 제97조제1항제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비)] × ⁠[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금) ÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

 ② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

  1. 청산금을 납부한 경우

  2. 청산금을 지급받는 경우

   　제1항제2호에 따른 가액

 ⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

  1. 제1항제1호의 관리처분계획 등 인가전 양도차익 및 제1항제2호나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간

  2. 제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

   가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

   나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

 ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

  1. 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

  2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

  3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

  4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

○ 소득세법 시행령 제167조의10 【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】

 ① 법 제104조제7항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. ⁠(이하 각호 생략)

○ 도시 및 주거환경정비법 제74조【관리처분계획의 인가 등】

 ① 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수등에게 신고하여야 한다.

  5. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물 명세 및 사업시행계획인가 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행계획인가 전에 제81조제3항에 따라 철거된 건축물은 시장ㆍ군수등에게 허가를 받은 날을 기준으로 한 가격)

○ 도시 및 주거환경 정비법제76조 【관리처분계획의 수립기준】

 ① 제74조제1항에 따른 관리처분계획의 내용은 다음 각 호의 기준에 따른다.

  7. 제6호에도 불구하고 다음 각 목의 경우에는 각 목의 방법에 따라 주택을 공급할 수 있다.

  라. 제74조제1항제5호에 따른 가격의 범위 또는 종전 주택의 주거전용면적의 범위에서 2주택을 공급할 수 있고, 이 중 1주택은 주거전용면적을 60제곱미터 이하로 한다. 다만, 60제곱미터 이하로 공급받은 1주택은 제86조제2항에 따른 이전고시일 다음 날부터 3년이 지나기 전에는 주택을 전매(매매ㆍ증여나 그 밖에 권리의 변동을 수반하는 모든 행위를 포함하되 상속의 경우는 제외한다)하거나 전매를 알선할 수 없다.

○ 도시 및 주거환경정비법 제79조 【관리처분계획에 따른 처분 등】

 ① 정비사업의 시행으로 조성된 대지 및 건축물은 관리처분계획에 따라 처분 또는 관리하여야 한다.

 ② 사업시행자는 정비사업의 시행으로 건설된 건축물을 제74조에 따라 인가받은 관리처분계획에 따라 토지등소유자에게 공급하여야 한다.

○ 도시 및 주거환경정비법 제86조 【이전고시 등】

 ② 사업시행자는 제1항에 따라 대지 및 건축물의 소유권을 이전하려는 때에는 그 내용을 해당 지방자치단체의 공보에 고시한 후 시장·군수등에게 보고하여야 한다. 이 경우 대지 또는 건축물을 분양받을 자는 고시가 있은 날의 다음 날에 그 대지 또는 건축물의 소유권을 취득한다.

○ 도시 및 주거환경정비법 제87조【대지 및 건축물에 대한 권리의 확정】

 ② 제1항에 따라 취득하는 대지 또는 건축물 중 토지등소유자에게 분양하는 대지 또는 건축물은 「도시개발법」 제40조에 따라 행하여진 환지로 본다.

○ 도시 및 주거환경정비법 제89조 【청산금 등】

 ① 대지 또는 건축물을 분양받은 자가 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 대지 또는 건축물의 가격 사이에 차이가 있는 경우 사업시행자는 제86조제2항에 따른 이전고시가 있은 후에 그 차액에 상당하는 금액(이하 "청산금"이라 한다)을 분양받은 자로부터 징수하거나 분양받은 자에게 지급하여야 한다.

○ 도시개발법 제42조 【환지처분의 효과】

 ① 환지 계획에서 정하여진 환지는 그 환지처분이 공고된 날의 다음 날부터 종전의 토지로 보며, 환지 계획에서 환지를 정하지 아니한 종전의 토지에 있던 권리는 그 환지처분이 공고된 날이 끝나는 때에 소멸한다.

출처 : 국세청 2023. 07. 14. 서면-2021-법규재산-1176[법규과-1856] | 국세법령정보시스템