요지

(질의1,2) A법인이 B법인을 재합병하는 경우 A법인 및 B법인이 적격물적분할로 손금산입한 압축기장충당금은 A법인의 압축기장충당금은 익금산입, B법인의 압축기장충당금은 A법인에게 승계됨

(질의3) B법인이 C법인을 재합병하는 경우 B법인이 적격물적분할로 손금산입한 압축기장충당금은 B법인이 물적분할한 자산의 일시상각충당금(압축기장충당금)으로 대체되는 것임

회신

내국법인(A법인)이 적격물적분할에 따라 분할신설법인(B법인)을 설립하고 분할신설법인(B법인)의 주식에 대해 압축기장충당금을 설정하여 손금산입한 후, 분할신설법인(B법인)이 적격물적분할에 따라 분할신설법인(C법인)을 설립하면서 분할신설법인(C법인)의 주식에 대해 압축기장충당금을 설정하여 손금에 산입한 경우로서
귀 질의 1, 2의 경우 내국법인(A법인)이 적격물적분할로 설정한 압축기장충당금은 익금에 산입하는 것이며, 분할신설법인(B법인)이 적격물적분할로 설정한 압축기장충당금은 익금에 산입하지 아니하고 합병법인인 내국법인(A법인)에게 승계되는 것입니다.
귀 질의 3의 경우 분할법인(B법인)이 당초 적격물적분할에 의하여 설정한 압축기장충당금은「법인세법 시행령」제84조 제6항 제1호 단서에 따라 분할법인(B)이 합병 시 승계하는 자산 중 당초 물적분할한 자산의 일시상각충당금(감가상각자산이 아닌 경우 압축기장충당금)으로 대체하는 것입니다.

1. 질의내용

○(질의1) 내국법인(A법인)이 분할신설법인(B법인)을 재합병하는 경우 내국법인(A법인)이 적격물적분할로 손금산입한 압축기장충당금의 익금산입 여부

○(질의2) 내국법인(A법인)이 분할신설법인(B법인)을 재합병하는 경우 분할신설법인(B법인)이 적격물적분할로 손금산입한 압축기장충당금의 익금산입 여부

○(질의3) 분할법인(B법인)이 분할신설법인(C법인)을 재합병하는 경우 분할법인(B법인)이 적격물적분할로 손금산입한 압축기장충당금의 익금산입 여부

2. 사실관계

○A법인은 ’05.10월 적격물적분할에 따라 B법인을 설립하여 물적분할에 따른 양도차익 1,013억원을 압축기장충당금으로 손금산입한 후

-B법인은 ’18.10월 다시 물적분할하여 C법인을 설립하여 물적분할에 따른 양도차익 1,175억원을 압축기장충당금으로 손금산입함

○B법인과 C법인 물적분할 시 A법인에서 B법인 분할을 거쳐 C법인까지 분할된 사업이 있으며 이와 관련된 A법인 압축기장충당금 총 1,013억원 중 148억원이고, 나머지 865억원은 B법인에서 계속 사업을 영위하고 있음

-A법인은 B법인을 ’20년 재합병하는 것을 고려하고 있으며, 이는 과세이연 요건을 갖춘 적격합병에 해당함

3. 관련법령

○ 법인세법 제47조【물적분할 시 분할법인에 대한 과세특례】

① 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 제46조제2항 각 호의 요건(같은 항 제2호의 경우 전액이 주식등이어야 한다)을 갖춘 경우 그 주식등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제46조제2항제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다.

② 분할법인이 제1항에 따라 손금에 산입한 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 사업연도에 해당 주식등과 자산의 처분비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액만큼 익금에 산입한다. 다만, 분할신설법인이 적격합병되거나 적격분할하는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 분할법인이 분할신설법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

2.분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 대통령령으로 정하는 자산을 처분하는 경우. 이 경우 분할신설법인은 그 자산의 처분 사실을 처분일부터 1개월 이내에 분할법인에 알려야 한다.

③ 제1항에 따라 양도차익 상당액을 손금에 산입한 분할법인은 분할등기일부터 3년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항에 따라 손금에 산입한 금액 중 제2항에 따라 익금에 산입하고 남은 금액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 분할법인이 분할신설법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 미만으로 주식등을 보유하게 되는 경우

3. 각 사업연도 종료일 현재 분할신설법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 "근로자"라 한다) 수가 분할등기일 1개월 전 당시 분할하는 사업부문에 종사하는 근로자 수의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우

○ 법인세법 시행령 제84조【물적분할로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입】

③ 법 제47조제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 제1호와 제2호를 더한 비율에서 제1호와 제2호를 곱한 비율을 뺀 비율을 직전 사업연도 종료일(분할등기일이 속하는 사업연도의 경우에는 분할등기일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 현재 분할신설법인주식등의 압축기장충당금 잔액에 곱한 금액을 말한다.

1. 분할법인이 직전 사업연도 종료일 현재 보유하고 있는 법 제47조제1항에 따라 취득한 분할신설법인의 주식등의 장부가액에서 해당 사업연도에 같은 조 제2항제1호에 따라 처분한 분할신설법인의 주식등의 장부가액이 차지하는 비율

2. 분할신설법인이 직전 사업연도 종료일 현재 보유하고 있는 법 제47조제1항에 따라 분할법인으로부터 승계받은 제4항에 해당하는 자산(이하 이 조에서 "승계자산"이라 한다)의 양도차익(분할등기일 현재의 승계자산의 시가에서 분할등기일 전날 분할법인이 보유한 승계자산의 장부가액을 차감한 금액을 말한다)에서 해당 사업연도에 처분한 승계자산의 양도차익이 차지하는 비율

④ 법 제47조제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 감가상각자산(제24조제3항제1호의 자산을 포함한다), 토지 및 주식등을 말한다.

⑤ 법 제47조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "분할신설법인이 적격합병되거나 적격분할하는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 분할법인 또는 분할신설법인이 최초로 적격합병, 적격분할, 적격물적분할, 적격현물출자, 「조세특례제한법」 제38조에 따라 과세를 이연받은 주식의 포괄적 교환등 또는 같은 법 제38조의2에 따라 과세를 이연받은 주식의 현물출자(이하 이 조 및 제84조의2에서 "적격구조조정"이라 한다)로 주식을 처분하거나 승계받은 사업을 폐지하는 경우를 말한다.

⑥ 분할법인이 제5항의 사유에 따라 법 제47조제2항 단서를 적용받는 경우 해당 분할법인이 보유한 분할신설법인주식등의 압축기장충당금은 다음 각 호의 구분에 따른 방법으로 대체한다.

1. 분할신설법인주식등의 압축기장충당금 잔액에 제3항제2호의 비율[비율을 산정할 때 처분한 승계자산은 적격구조조정으로 분할신설법인으로부터 분할신설법인의 자산을 승계하는 법인(이하 이 조에서 "자산승계법인"이라 한다)에 처분한 승계자산에 해당하는 것을 말한다]을 곱한 금액을 분할법인 또는 분할신설법인이 새로 취득하는 자산승계법인의 주식등(이하 이 조에서 "자산승계법인주식등"이라 한다)의 압축기장충당금으로 할 것. 다만, 자산승계법인이 분할법인인 경우에는 분할신설법인주식등의 압축기장충당금 잔액을 분할법인이 승계하는 자산 중 최초 물적분할 당시 양도차익이 발생한 자산의 양도차익에 비례하여 안분계산한 후 그 금액을 해당 자산이 감가상각자산인 경우 그 자산의 일시상각충당금으로, 해당 자산이 감가상각자산이 아닌 경우 그 자산의 압축기장충당금으로 한다.

2. 분할신설법인주식등의 압축기장충당금 잔액에 제3항제1호의 비율[비율을 산정할 때 처분한 주식은 적격구조조정으로 분할법인으로부터 분할신설법인주식등을 승계하는 법인(이하 이 조에서 "주식승계법인"이라 한다)에 처분한 분할신설법인주식등에 해당하는 것을 말한다]을 곱한 금액을 주식승계법인이 승계한 분할신설법인주식등의 압축기장충당금으로 할 것

⑦ 제6항에 따라 새로 압축기장충당금을 설정한 분할법인, 분할신설법인 또는 주식승계법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 제3항을 준용하여 계산한 금액만큼을 익금에 산입한다. 다만, 제6항제1호 단서에 해당하는 경우에는 제64조제4항 각 호의 방법으로 익금에 산입한다.

1. 분할법인 또는 분할신설법인이 적격구조조정에 따라 새로 취득한 자산승계법인주식등을 처분하거나 주식승계법인이 적격구조조정에 따라 승계한 분할신설법인주식등을 처분하는 경우

2. 자산승계법인이 적격구조조정으로 분할신설법인으로부터 승계한 제4항에 해당하는 자산을 처분하거나 분할신설법인이 승계자산을 처분하는 경우

⑧ 제6항에 따라 새로 압축기장충당금을 설정한 분할법인, 분할신설법인 또는 주식승계법인은 제10항에 따른 기간 내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 압축기장충당금 잔액 전부를 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

1. 자산승계법인이 분할신설법인으로부터 적격구조조정으로 승계받은 사업을 폐지하거나 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 분할법인 또는 분할신설법인이 보유한 자산승계법인주식등이 자산승계법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "자산승계법인지분비율"이라 한다)이 자산승계법인주식등 취득일의 자산승계법인지분비율의 100분의 50 미만이 되거나 주식승계법인이 보유한 분할신설법인주식등이 분할신설법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "분할신설법인지분비율"이라 한다)이 분할신설법인주식등 취득일의 분할신설법인지분비율의 100분의 50 미만이 되는 경우

⑨ 법 제47조제1항 단서 및 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제46조제2항제2호 또는 제47조제3항제2호와 관련된 경우: 분할법인이 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

2. 법 제46조제2항제3호 또는 제47조제3항제1호와 관련된 경우: 분할신설법인등이 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

3. 법 제46조제2항제4호 또는 제47조제3항제3호와 관련된 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 법 제46조제2항제4호와 관련된 경우: 분할신설법인이 제80조의2제1항제3호가목부터 다목까지의 규정 중 어느 하나에 해당하거나 분할등기일 1개월 전 당시 분할하는 사업부문에 종사하는 제82조의4제9항의 근로자가 5명 미만인 경우

나. 법 제47조제3항제3호와 관련된 경우: 분할신설법인이 제80조의2제1항제3호가목부터 다목까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 경우

⑩ 법 제47조제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년(같은 항 제3호의 경우에는 3년)을 말한다.

○ 법인세법 시행령 제80조의2【적격합병의 요건 등】

① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제44조제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 "해당 주주등"이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 않고, 해당 주주등이 합병법인 주식등을 처분하는 경우에는 합병법인이 선택한 주식등을 처분하는 것으로 본다.

나. 해당 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우

다. 해당 주주등이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 주식등을 처분한 경우

라. 해당 주주등이 「조세특례제한법」 제38조·제38조의2 또는 제121조의30에 따라 주식등을 현물출자 또는 교환·이전하고 과세를 이연받으면서 주식등을 처분한 경우

마. 해당 주주등이 ⁠「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식등을 처분하는 경우

바. 해당 주주등이 「조세특례제한법 시행령」 제34조제6항제1호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 주식등을 처분하는 경우

사. 해당 주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우

2. 법 제44조제2항제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 합병법인이 파산함에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우

나. 합병법인이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 사업을 폐지한 경우

다.합병법인이 「조세특례제한법 시행령」 제34조제6항제1호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우

라.합병법인이 ⁠「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

3. 법 제44조제2항제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 합병법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」 제193조에 따른 회생계획을 이행 중인 경우

나. 합병법인이 파산함에 따라 근로자의 비율을 유지하지 못한 경우

다. 합병법인이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 근로자의 비율을 유지하지 못한 경우

라. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 ⁠「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자가 5명 미만인 경우

○ 법인세법 시행령 제85조【합병 및 분할 시의 자산․부채의 승계】

내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우 외에는 법 제44조의2제1항 후단, 제44조의3제2항, 제46조의2제1항 후단, 제46조의3제2항 또는 물적분할에 따라 피합병법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(이하 이 조에서 "세무조정사항"이라 한다)의 승계는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 적격합병 또는 적격분할의 경우: 세무조정사항(분할의 경우에는 분할하는 사업부문의 세무조정사항에 한정한다)은 모두 합병법인등에 승계

2. 제1호 외의 경우: 법 제33조제3항·제4항 및 제34조제4항에 따라 퇴직급여충당금 또는 대손충당금을 합병법인등이 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계하고 그 밖의 세무조정사항은 모두 합병법인등에 미승계

4. 관련사례

○ 서면-2020-법령해석법인-1245, 2020.05.28.

｢법인세법｣ 제47조의2제1항에 따라 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 압축기장충당금으로 손금에 산입한 법인이 현물출자일로부터 3년이 경과한 후 피출자법인을 최초로 적격합병 하는 경우 기존의 압축기장충당금 잔액은 같은 법 시행령(2017.02.03. 대통령령 제27828호로 개정된 것) 제84조의2제6항제1호 단서에 따라 출자법인이 합병 시 승계하는 자산 중 최초 현물출자한 자산의 일시상각충당금(감가상각자산이 아닌 경우 압축기장충당금)으로 대체하는 것임

○ 서면-2016-법인-5913, 2017.04.27.

내국법인이 2010.6.30. 이전에 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액을「舊 법인세법」제47조 제1항(2009.12.31. 법률 제9898호 개정 전)에 따라 손금에 산입하고, 그 손금에 산입한 금액이 같은 조 제2항에 따른 익금산입 대상에 해당하지 아니하는 경우,

당초 물적분할에 의하여 새로이 설립된 분할신설법인이 최초로 적격분할하여 주식을 처분하거나 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 ⁠「법인세법」제47조제2항 단서에 따라 당초 손금에 산입한 양도차익에 상당하는 금액을 익금에 산입하지 아니하여도 되는 것임

○ 서면-2015-법인-1624, 2015.09.17.

내국법인이 2010.6.30. 이전에 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액을「舊 법인세법」제47조 제1항(2009.12.31. 법률 제9898호 개정 전)에 따라 손금에 산입하고, 그 손금에 산입한 금액이 같은 조 제2항에 따른 익금산입 대상에 해당하지 아니하는 경우,

당초 물적분할에 의하여 새로이 설립된 분할신설법인이 최초로 적격분할하여 주식을 처분하거나 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 ⁠「법인세법」제47조제2항 단서에 따라 당초 손금에 산입한 양도차익에 상당하는 금액을 익금에 산입하지 아니하여도 되는 것임

○ 기획재정부 법인세제과-30, 2016.01.08.

내국법인이 구 ⁠「조세특례제한법」(1999.12.28. 법률 제6045호로 개정되기 전의 것) 제38조 제1항에 따라 주식을 현물출자하여 신설법인을 설립하고, 같은 법 시행령 ⁠(2000.1.10. 대통령령 제16693호로 개정되기 전의 것) 제35조 제2항에 따라 그 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 취득한 신설법인 주식의 압축기장충당금 계상으로 손금에 산입하여 과세를 이연받은 후, 당해 내국법인이 다른 내국법인에 ⁠「법인세법」(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 제44조 제2항 각호의 요건을 모두 충족하는 합병으로 해산된 경우,

「법인세법」(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 제44조의3 제1항에 따라 합병법인은 피합병법인의 주식을 장부가액으로 양도받은 것으로 하는 것이고, ⁠「법인세법시행령」(2015.2.3. 대통령령 제26068호로 개정된 것) 제85조 제1호에 따라 피합병법인이 구「조세특례제한법」(1999.12.28. 법률 제6045호로 개정되기 전의것) 제38조 제1항을 적용하여 주식을 현물출자하고 취득한 신설법인의 주식에 계상한 압축기장충당금은 피합병법인의 각 사업연도의 소득 계산시 익금에 산입하지 아니하고 합병법인에게 승계되는 것입니다. 끝.

출처 : 국세청 2020. 07. 20. 서면-2020-법인-2933[법인세과-2576] | 국세법령정보시스템