요지

23.1.1 중소기업 유예기간이 경과하여 중소기업이 아니게 된 경우 종전 대여액에 대하여 ’23.1.1. 이후 인정이자를 계산하지 않음

회신

법인세법 제52조의 부당행위계산의 부인 규정을 적용함에 있어서 중소기업에 해당하는 내국법인이 직원(지배주주 등인 직원은 제외)에 대한 주택구입 또는 전세자금을 대여하는 경우에는 부당행위계산의 부인을 적용하지 않는 것입니다.
이 경우 부당행위계산의 부인 적용 여부는 행위당시를 기준으로 판단하는 것이므로 중소기업인 내국법인이 직원에 대한 주택구입 또는 전세자금을 대여한 이후 그 상환기일이 도래하기 전에 매출액 증가 등으로 중소기업에 해당하지 않게 되더라도 당초 대여한 대여계약의 상환기일이 도래할 때까지는 부당행위계산의 부인을 적용하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○중소기업이었던 질의법인은 2019년 매출액 증가로 중소기업이 아니게 되었으며 이후 3년의 중소기업 유예기간을 거쳐 2023년 일반기업이 되었음

 ○중소기업이었던 2020년부터 2022년까지 직원에게 주택구입자금을 대여(‘종전 대여액’)하였으며 해당 기간 대여액은 5년 균등분할 상환조건으로 현재까지 상환된 대여액은 없음

  -쟁점 대여액은 직원에 대한 주택구입자금 대여액으로 법인세법 시행규칙 제44조에 따라 2020년부터 2022년까지 인정이자를 계상하지 않았음

2. 질의내용

 ○중소기업이었던 2022년 이전에 발생하였으나 일반기업이 된 2023년 현재 상환되지 않은 직원 주택자금 대여액에 대해 2023년부터 인정이자를 계산하여야 하는지

  -(갑설)종전 대여액에 대해 인정이자를 계상하지 않고 ’23년 이후 신규 대여액에 대해서만 인정이자를 계산

  -(을설)’23년 이후 신규 대여액을 포함하여 ’22년 이전 종전 대여액에 대해서도 ’23년부터 인정이자를 계산

3. 관련법령

○ 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

 ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

 ③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】

 ①법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다

  6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

  7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우. 다만, 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공받은 경우는 제외한다.

 ②제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항제8호가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

○ 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위】

 ⑤제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다

○ 법인세법 시행규칙 제44조【인정이자 계산의 특례】

  영 제89조제5항 단서에서 "기획재정부령이 정하는 금전의 대여"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  7의2. ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조에 따른 중소기업에 근무하는 직원(지배주주등인 직원은 제외한다)에 대한 주택구입 또는 전세자금의 대여액(2020.3.13. 신설)

○ 법인세법 시행령 제46조(대통령령 제15967호로 개정된기 전의 것) 【법인의 부당한 행위 또는 계산】

 ② 법 제20조에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

  7. 출자자 등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때. 다만, 법인이 무주택 사용인에게 주택건설촉진법에 규정하는 국민주택규모 이하의 주택(그 주택에 부수된 토지를 포함한다)의 취득·임차에 소요된 자금(재정경제부령이 정하는 금액을 한도로 한다)을 대부하는 경우는 제외한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】

 ① 법 제6조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다

출처 : 국세청 2024. 08. 23. 서면-2024-법인-0531 | 국세법령정보시스템