요지

연구·인력개발비 세액공제 시 적용 배제한 정부출연금을 중도 포기의 사유로 전액 반환한 경우 해당 지출 비용이 동 세액공제 대상에 해당할 경우에는 국세기본법 제45조의 2에 따라 경정청구가 가능한 것임

회신

조세특례제한법 제10조의 규정에 따른 연구·인력개발비에 대한 세액공제 시 적용 배제한 정부출연금을 중도 포기의 사유로 전액 반환한 경우 해당 지출 비용이 동 세액공제 대상에 해당할 경우에는 국세기본법 제45조의 2에 따라 경정청구가 가능한 것입니다.

1. 사실관계

○ ㈜ㅇㅇㅇ(이하 ⁠“질의법인”이라 함)은 사무용가구, 부자재 제조 및 판매를 목적으로 20XX년 X월 설립된 법인으로 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소를 보유하고 있음

○질의법인은 중소기업기술개발사업에 따른 지원대상으로 선정되어 20XX년 및 20XX년에 정부출연금 수령하였고, 정부출연금을 재원으로 지출한 비용을 제외하고 당사가 부담한 비용에 대해 조세특례제한법 제10조 제1항에 따른 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 신청함

○ 당사는 상기 기술개발사업을 중도 포기 등의 사유로 수령한 정부출연금 전액을 반환함

2. 질의내용

○당초 연구·인력개발비에 대한 세액공제 적용 시 적용배제한 정부출연금을 추후 중도 포기의 사유로 전액 반환한 경우, 이를 질의법인이 연구개발 및 인력개발을 위해 지출한 비용으로 보아 연구인력개발비 세액공제 경정청구가 가능한지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제2조【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

11. "연구개발"이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하며, 대통령령으로 정하는 활동을 제외한다.

○ 조세특례제한법 제10조【연구･인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력ㆍ원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

가. 기업유형에 따른 비율

1) 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30

2) 그 밖의 경우: 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다) 중 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 "코스닥상장중견기업"이라 한다)의 경우 100분의 25]

나. 해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)을 한도로 한다.

○조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 법 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 ⁠「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

4. 관련예규

○ 서면2팀-452, 2006.03.03

연구 및 인력개발비세액공제를 최저한세가 적용되는 것으로 잘못 알고 세액공제 대상을 전액을 공제 받지 않은 경우 경정청구를 통하여 추가로 세액공제를 적용 받은 수 있음

○ 국심2003구2543, 2005.05.12.

연구 및 인력개발비의 세액공제를 적용함에 있어 세액공제 시기를 연구 및 인력개발비 발생시점이 속하는 사업연도로 보아야 함

○ 서면2팀-445, 2005.03.23.

자산으로 처리된 기술개발용역비도 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 되며 세액공제 시기는 동 비용이 발생한 각 사업연도마다 적용하는 것임

○ 서면2팀-615, 2008.04.04.

조세특례제한법 제10조의 규정에 의거 4년간 발생한 연구인력개발비의 연평균발생액을 계산함에 있어 연구인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구인력개발비가 없을 경우에는 연평균발생액을 기준으로 세액공제를 받을 수 없는 것이며, 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 각호를 적용함에 있어 기 신고한 세액공제방법보다 법인에 더 유리한 방법이 있을 경우에는 국세기본법 제45조의 2에 따라 경정청구가 가능한 것이나, 귀 질의의 경우 연평균발생액 기준을 적용할 수 없으므로 경정청구를 할 수 없는 것입니다.

○ 법인세과-797, 2011.10.26.

(질의2-1) 정부출연금과 자체부담금을 사용하여 연구개발과제를 수행하고, 기술개발 성공 시 기술료를 납부하는 조건으로 연구개발 결과물을 연구과제 수행기업이 소유하는 경우, 연구개발과제 수행기업이 실질적으로 부담하는 자체부담금은 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것임

다만, 자체연구개발의 경우 같은 법 시행규칙 제7조에 따른 전담부서에서 지출하는 연구개발비에 한하여 동 세액공제를 적용받을 수 있는 것임

(질의2-3) 연구개발 과정에서 정부출연금과 자체부담금이 혼합되어 지출되더라도 자체부담금에 상당하는 금액이 세액공제 적용 대상 비용의 지출에 해당하는 경우에는 동 세액공제를 적용하는 것임

다만, 세액공제 대상 비용은 연구과제 이행계약에 따른 정부출연금 집행 조건, 지출 비용의 성격 등 제반 사항을 종합적으로 고려하여 합리적인 방법으로 산출하는 것임

○ 서면2팀-1510, 2005.9.21.

법인이 ⁠「기술개발촉진법」제8조의 규정에 따라 정부로부터 기술개발에 소요되는 경비를 출연금 명목으로 지원받은 경우, 동 출연금은 추후 기술개발의 성공여부에 따른 출연금 일부의 반환의무 여부에 불구하고 출연금 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도에 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하는 것이며,

익금에 산입한 출연금 중 기술개발의 성공으로 출연금 일부의 반환통지 또는 기술료의 납부통지를 받은 날이 속하는 사업연도에 반환할 금액을 익금에서 차감하거나 손금에 산입하는 것입니다.

위 해석은 출연금의 귀속시기를 기술개발의 성공여부가 확정되는 날이 속하는 사업연도로 본 종전의 유권해석(법인46012-2377, 2000.12.15)을 변경한 것으로서, 본 문서 시행일이 속하는 사업연도에 지원받는 출연금부터 적용하는 것입니다.

출처 : 국세청 2020. 12. 01. 서면-2019-법인-3906[법인세과-4289] | 국세법령정보시스템