사업 일부 분할합병 시 연구개발비 세액공제 승계 기준

요지

분할 전에 발생한 연구개발비가 구분경리에 의해 사업별로 확인되고 그 중 일부 사업이 승계된 경우 분할 전에 발생한 연구개발비는 분할합병의 상대방법인에서 발생한 것으로 보는 것임

회신

분할합병의 상대방법인이 ⁠「조세특례제한법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정된 것)」제9조 제5항에 따른 ⁠‘4년간의 일반연구․인력개발비의 연평균발생액’을 계산함에 있어 분할법인에서 분할 전에 각 사업연도별로 발생한 연구 및 인력개발비가 구분경리에 의해 사업별로 확인되고 그 중 일부 사업이 승계된 경우 분할 전에 당해 승계사업에서 발생한 연구 및 인력개발비는 분할합병의 상대방법인에서 발생한 것으로 보는 것임

 ○질의법인은 1987.1.14. 설립되어 시스템 통합 및 유지보수, IT 아웃소싱, 소프트웨어의 설계 및 개발, 정보처리용역의 제공 등을 주된 사업으로 영위하고 있으며

  -2013.1.1. 경영효율성 증대 및 경쟁력 제고를 목적으로 100% 종속기업인 분할법인의 금융자동화사업부문을 분할합병함

    * 분할법인은 분할 전 금융자동화부문과 IT인프라부문의 사업을 영위함

 ○질의법인은 2013 사업연도 법인세 신고시 ⁠「조세특례제한법」 제10조 제1항 제3호 가목(이하 ⁠‘증분기준’)에 따라 연구․인력개발비에 대한 세액공제를 적용하였으며

  -이때 직전 3개연도 발생액은 질의법인 자체 발생분과 승계사업(금융자동화부문)에서 발생된 연구․인력개발비를 단순 합산하여 산정함

 ○한편, 질의법인은 2013 사업연도 증분기준에 따른 연구․인력개발비 세액공제 산정 시 직전 3개연도 연구․인력개발비를 질의법인 자체 발생분과

  -분할법인의 총발생액에서 승계사업부문(‘금융자동화부문’)이 차지하는 비율(‘매출비율과 자산비율 중 큰 비율’)을 곱한 금액을 합산하여 산정한 후 연구․인력개발비 세액공제액을 재산정하여 경정을 청구함

2. 질의내용

 ○분할법인으로부터 사업 일부를 분할합병한 경우 승계사업에서 발생한 연구․인력개발비의 구분가능 여부와 무관하게 승계사업의 매출액 및 자산가액 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 분할합병의 상대방 법인에서 발생한 연구․인력개발비로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】(2013.01.01. 법률 제11614호로 개정된 것)

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

 1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

 2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액 1) 중소기업인 경우: 100분의 25 2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10 3) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8 4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 3을 한도로 한다) 100분의 2 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 부칙 제36조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제에 대한 특례)

  제10조제1항제3호가목의 개정규정 중 ⁠“직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를"은 2013년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지 개시하는 과세연도까지는 ⁠“해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을"로, 2014년 1월 1일부터 2014년 12월 31일까지 개시하는 과세연도까지는 ⁠“해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을"로 본다.

○ 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】(2013.01.01. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)

   (중략)

 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

○ 조세특례제한법시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ⁠(2013.2.15 대통령령 제24368호로 개정된 것)

⑤ 법 제10조제2항에 따른 4년간의 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

   해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구・인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다) × 해당 과세연도의 개월 수/12

⑥제5항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반연구・인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구・인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구・인력개발비로 본다.

   * 2013.2.15. 대통령령 개정으로 항 번호 변경(④→⑤, ⑤→⑥)

○ 조세특례제한법시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ⁠(2015.2.3 대통령령 제26070호로 개정된 것)

⑥제5항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반연구・인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우로서 합병등을 하기 전에 피합병법인등의 해당 승계사업에서 발생한 일반연구・인력개발비를 구분하기 어려운 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구・인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구・인력개발비로 본다.

○ 조세특례제한법시행령 부칙

  제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제112조의5 및 제112조의6의 개정규정은 2015년 4월 1일부터 시행하고, 제63조제6항ㆍ제14항, 제106조의9제1항 및 제121조의3제12항의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하며, 제71조 및 제80조의3의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행한다.

  제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행[2015.1.1.] 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

출처 : 국세청 2017. 05. 22. 기준-2016-법령해석법인-0316[법령해석과-1323] | 국세법령정보시스템