요지

지배주주등이 주식을 처분하여 지배주주등의 주식 처분에 대한 사후관리요건 위반여부를 판단하는 경우에는 법인이 선택한 주식등이 처분된 것으로 볼 수 있는 것임

회신

내국법인이 인적분할과 현물출자의 방법을 통하여 지주회사 체제로 전환하면서 ｢법인세법｣ 제46조 및 ｢조세특례제한법｣ 제38조의2의 과세특례를 적용받은 경우로서 ｢법인세법 시행령｣ 제80조의2제5항 및 제82조의2제8항에 따른 주주등(이하 ⁠“지배주주등”)이 내국법인의 지주회사 체제로 전환하는 과정에서 취득한 주식 중 일부를 처분함에 따라 지배주주등의 주식 처분에 대한 사후관리요건 위반여부를 판단하는 경우 ｢법인세법 시행령｣ 제80조의2제1항제1호가목 후단에 따라 사후관리 요건 충족 등을 위하여 지주회사가 선택한 주식등이 처분된 것으로 볼 수 있는 것임

1. 사실관계

 ○분할법인은 분할법인의 사업부문을 분할하여 법인을 신설하고 그 신설법인을 지주회사로 내세워 계열사의 지배구조를 지주회사 체제로 전환하는 계획을 수립함

 ○[지주회사 전환 1단계] 적격인적분할의 요건을 갖추어 로봇/투자 사업부문, 전기전자 및 건설장비 사업부문을 각각 인적분할(2017.4.1.)하여

  -갑법인, 을법인, 병법인을 신설하였으며 갑법인은 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣(이하 ⁠“공정거래법”) 제8조 및 같은 법 시행령 제15조에 의거하여 지주회사로 설립신고하였음

 ○지주회사 전환을 위한 현물출자 시 과세특례를 적용받기 위해서는 현물출자하는 법인이 상장사의 경우 20%(비상장사 40%) 이상을 보유하여야 하는바

  -2단계 현물출자 시 현물출자에 대한 과세특례 요건을 충족^*하기 위하여 갑법인은 분할법인이 보유한 자기주식을 승계받았음

   * ｢조세특례제한법｣ 제38조의2②(1)의 요건을 충족하기 위하여 분할법인의 자기주식을 갑법인이 승계함

 ○[지주회사 전환 2단계] 갑법인은 공정거래법상 지주회사 행위제한 요건 중 자회사 지분율 요건(상장사 : 20% 이상, 비상장사 : 40% 이상 소유)을 충족하기 위하여

  -분할법인의 기명식 보통주식, 을법인의 기명식 보통주식 및 병법인의 기명식 보통주식 보유자(분할법인, 갑법인 및 을법인의 주주)들로부터

  -｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제133조에 따른 공개매수 방식에 의거 현물출자^*받고 갑법인의 신주를 발행·배정하는 방식의 유상증자를 실시하였음

   * 현물출자 과세특례요건 충족

 ○갑법인의 지배주주등은 지주회사 체제로 전환과정에서 갑법인의 주식을 취득하였음

2. 질의내용

 ○내국법인의 지배주주가 보유한 주식이 적격인적분할로 취득한 주식과 적격현물출자로 취득한 주식으로 구성되어 있는 경우

  - 지배주주등이 해당 주식의 일부를 처분함에 따라 ｢법인세법 시행령｣ 제80조의2제1항제1호가목 후단에 따라 법인이 처분할 주식을 선택하는 방법

3. 관련법령

○ 법인세법 제46조【분할 시 분할법인등에 대한 과세】

  ① 내국법인이 분할로 해산하는 경우[물적분할(物的分割)은 제외한다. 이하 이 조 및 제46조의2부터 제46조의4까지에서 같다]에는 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할신설법인등"이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할법인등"이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

   1. 분할법인등이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액

   2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액

  ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 분할(이하 "적격분할"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호·제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격분할로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

   1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

    가. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

    나. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

    다. 분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

○ 법인세법 제46조의3【적격 분할 시 분할신설법인등에 대한 과세특례】

  ③ 적격분할을 한 분할신설법인등은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제46조의2제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 분할법인등으로부터 승계받아 공제한 감면·세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면·세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

   1. 분할신설법인등이 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

   2. 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 주식을 처분하는 경우

   3. 각 사업연도 종료일 현재 분할신설법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 "근로자"라 한다) 수가 분할등기일 1개월 전 당시 분할하는 사업부문에 종사하는 근로자 수의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우. 다만, 분할합병의 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

    가. 각 사업연도 종료일 현재 분할합병의 상대방법인에 종사하는 근로자 수가 분할등기일 1개월 전 당시 분할하는 사업부문과 분할합병의 상대방법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우

    나. 각 사업연도 종료일 현재 분할신설법인에 종사하는 근로자 수가 분할등기일 1개월 전 당시 분할하는 사업부문과 소멸한 분할합병의 상대방법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우

○ 법인세법 시행령 제82조의4【적격분할 과세특례에 대한 사후관리】

  ③ 법 제46조의3제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년(같은 항 제3호의 경우에는 3년)을 말한다.

  ⑥ 법 제46조의3제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 법 제46조의3제3항제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 분할신설법인등이 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

   2. 법 제46조의3제3항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 제8항에 따른 주주가 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

   3. 법 제46조의3제3항제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 분할신설법인등이 제80조의2제1항제3호가목부터 다목까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 경우

  ⑧ 법 제46조의3제3항제2호에서 "대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주"란 제82조의2제8항에 따른 주주를 말한다.

○ 조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

  ① 내국법인의 내국인 주주가 2021년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

   1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

   2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

  ② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(｢법인세법｣ 제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 "분할"이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "전환지주회사"라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2021년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 "자기주식교환"이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 "지주회사"는 "전환지주회사"로, "자회사"는 "지분비율미달자회사"로, "현물출자"는 "현물출자 또는 자기주식교환"으로 본다.

   1. 전환지주회사의 주식소유비율이 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 "지분비율미달자회사"라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

    가. 전환지주회사가 될 당시 해당 전환지주회사가 출자하고 있는 다른 내국법인

    나. 전환지주회사의 분할로 신설ㆍ합병되는 법인 및 분할 후 존속하는 법인

   2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

   3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것

  ③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

   1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

   2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

   3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

   4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

  ⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항제3호ㆍ제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의3【지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례】

  ① 내국법인의 주주인 법인(내국법인 및 ｢법인세법｣ 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 "현물출자등"이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(｢법인세법｣ 제52조제2항의 규정에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 "주식양도차익"이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

  ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 처분(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 처분하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다.

  ④ 법 제38조의2제1항제1호 및 같은 조 제3항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주주"란 현물출자등의 대상이 된 주식을 발행한 법인의 주주 중 ｢법인세법 시행령｣ 제80조의2제5항에 해당하는 주주등을 말한다.

  ⑪ 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

  ⑬ 법 제38조의2제5항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 법 제38조의2제1항제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사, 전환지주회사 및 제4항에 따른 주주등이 ｢법인세법 시행령｣ 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

   2. 법 제38조의2제1항제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사 및 전환지주회사의 자회사가 ｢법인세법 시행령｣ 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의4【지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례】

  ① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」 제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 "거주자등"이라 한다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 "주식과세이연금액"이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

○ 법인세법 시행령 제80조의2【적격합병의 요건 등】

  ① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 법 제44조제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

    가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 "해당 주주등"이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 않고, 해당 주주등이 합병법인 주식등을 처분하는 경우에는 합병법인이 선택한 주식등을 처분하는 것으로 본다.

    나. 해당 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우

    다. 해당 주주등이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 주식등을 처분한 경우

    라.해당 주주등이 ｢조세특례제한법｣ 제38조ㆍ제38조의2 또는 제121조의30에 따라 주식등을 현물출자 또는 교환ㆍ이전하고 과세를 이연받으면서 주식등을 처분한 경우

    마.해당 주주등이 ｢채무자 회생 및 파산에 관한 법률｣에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식등을 처분하는 경우

    바.해당 주주등이 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제34조제6항제1호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 주식등을 처분하는 경우

    사. 해당 주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우

  ⑤법 제44조제2항제2호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등”이란 피합병법인의 제43조제3항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주등을 말한다.

   1. 제43조제8항제1호가목의 친족 중 4촌 이상의 혈족 및 인척

   2. 합병등기일 현재 피합병법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

   3. ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령｣ 제6조제4항제14호 각 목의 요건을 갖춘 기업인수목적회사와 합병하는 피합병법인의 지배주주둥인 자

  ⑧ 제1항제1호가목 후단을 적용받으려는 법인은 납세지 관할 세무서장이 해당 법인이 선택한 주식 처분 순서를 확인하기 위해 필요한 자료를 요청하는 경우에는 그 자료를 제출해야 한다.

○ 법인세법 시행령 제43조【상여금 등의 손금불산입】

  ③ 법인이 지배주주 등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일 직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

  ⑦ 제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 "지배주주등"이라 한다)을 말한다.

출처 : 국세청 2019. 10. 09. 서면-2019-법령해석법인-0974[법령해석과-2625] | 국세법령정보시스템