BTO 방식 기숙사 기부채납과 부가가치세 면제 여부

요지

사업자가 ’22.12.31.까지 실시협약을 체결한 후 BTO 방식을 준용하여 기숙사를 국립대학 법인에 기부채납하고 시설관리운영권을 부여받아 기숙사를 운영하는 경우
기숙사 운영 용역은 ’20.1.1. 이후 공급분부터 면세되는 것이며 면세사업을 위한 기부채납은 면세사업에 부수되는 재화의 일시적·우발적 공급에 해당하여 부가가치세가 면제되는 것임

회신

｢한국사학진흥재단법｣에 따른 한국사학진흥재단이 설립한 특수목적 법인(이하 ⁠“사업자”)이 2022.12.31.까지 실시협약을 체결한 후 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제4조제1호의 방식을 준용하여 기숙사를 국립대학 법인에 기부채납하고 시설관리운영권을 부여받아 기숙사 운영 사업을 하는 경우
국립대학 법인이 제공하는 시설관리운영권 및 사업자의 기숙사 운영 용역은 ｢조세특례제한법｣ 제106조제1항제8호의3에 따라 2020.1.1. 공급분부터 부가가치세가 면제되는 것이며, 면세사업을 위한 기부채납은 ｢부가가치세법｣ 제14조제2항제1호에 따라 면세사업에 부수되는 재화의 일시적·우발적 공급에 해당하여 부가가치세가 면제되는 것입니다.

 질의요지

 ○사업자가 BTO 방식을 준용하여 기숙사를 국립대학 법인에 기부채납하고 시설관리운영권을 부여받아 기숙사를 운영하는 경우

  - 국립대학법인이 ｢국세기본법｣ 제13조제8항에 의거 종전 공립학교 지위로서 사업자에게 받는 기숙사 기부채납의 부가가치세 면제 여부

 사실관계

  ○국립대학 법인 ○○대학교(이하 ⁠“신청법인”)는 한국사학진흥재단(이하 ⁠“본건 재단”)과 행복기숙사(연합) 사업을 추진하고 있으며

  - 사업방식은 민자사업방식(BTO)으로 본건 재단이 전액 출자한 특수목적법인(이하 ⁠“SPC”)이 사업시행자가 되어 기숙사 건립 및 운영을 전담하기로 함

 ○ SPC는 기숙사 건립 후 신청법인에 기부채납하고 기숙사에 대한 관리운영권(30년)을 획득한 후 관리운영기간 동안 기숙사비 수입으로 융자원리금을 상환하기로 하였음

 ○ 행복기숙사 사업의 향후 사업계획은 다음과 같음

 관련 법령

  ○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2020년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호, 제4호의5 및 제9호는 2021년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하고, 제8호의3은 2015년 1월 1일부터 2022년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

   8. 교육부장관의 추천이나 교육부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자가 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제4조제1호의 방식을 준용하여 건설한 학교시설(｢고등교육법｣ 제2조에 따른 학교의 시설로서 대통령령으로 정하는 것으로 한정한다)에 대하여 학교가 제공하는 시설관리운영권 및 그 추천을 받은 자가 그 학교시설을 이용하여 제공하는 용역

   8의2. ｢한국사학진흥재단법｣에 따른 한국사학진흥재단이 설립한 특수 목적 법인이 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제4조제1호의 방식을 준용하여 건설한 기숙사에 대하여 국가 및 지자체가 제공하는 시설관리운영권 및 그 법인이 그 기숙사를 이용하여 제공하는 용역

   8의3. 다음 각 목의 법인이 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제4조제1호에 따른 방식을 준용하여 건설한 기숙사에 대하여 국가, 지방자치단체 또는 ｢고등교육법｣ 제2조에 따른 학교(이하 이 호에서 "학교"라 한다)가 제공하는 시설관리운영권 및 그 법인이 그 기숙사를 이용하여 제공하는 용역 2019.12.31. 신설>

    가. ｢한국사학진흥재단법｣에 따른 한국사학진흥재단이 설립한 특수 목적 법인

○ 조세특례제한법 부칙

  제1조(시행일) 이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다.

  제2조(일반적 적용례) ② 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.

  제31조(기숙사 운영사업 등에 대한 부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 시설관리운영권 및 용역을 제공하는 분부터 적용한다.

○ 부가가치세법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

   2. "용역"이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제2조【재화의 범위】

  ② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

  ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제18조【재화 공급의 범위】

  ① 법 제9조제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

   3. 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제14조【부수 재화 및 부수 용역의 공급】

  ② 주된 사업에 부수되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 별도의 공급으로 보되, 과세 및 면세 여부 등은 주된 사업의 과세 및 면세 여부 등을 따른다.

   1. 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제45조 【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

  법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

   4. 공익을 목적으로 기획재정부령으로 정하는 기숙사를 운영하는 자가 학생이나 근로자를 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 음식 및 숙박 용역

○ 부가가치세법 시행규칙 제34조 【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

  ② 영 제45조제4호에서 ⁠“기획재정부령으로 정하는 기숙사를 운영하는 자”란 다음 각 호의 자를 말한다.

   1. 교육부장관이나 교육부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자로서 학생을 위하여 기숙사를 운영하는 자

○ 국세기본법 제13조【법인으로 보는 단체 등】

  ⑧ 세법에서 규정하는 납세의무에도 불구하고 전환 국립대학 법인(｢고등교육법｣ 제3조에 따른 국립대학 법인 중 같은 법 제3조, 제18조 및 제19조에 따른 국립학교 또는 공립학교로 운영되다가 법인별 설립근거가 되는 법률에 따라 국립대학 법인으로 전환된 법인을 말한다. 이하 이 항에서 같다)에 대한 국세의 납세의무(국세를 징수하여 납부할 의무는 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 적용할 때에는 전환 국립대학 법인을 별도의 법인으로 보지 아니하고 국립대학 법인으로 전환되기 전의 국립학교 또는 공립학교로 본다. 다만, 전환 국립대학 법인이 해당 법인의 설립근거가 되는 법률에 따른 교육·연구 활동에 지장이 없는 범위 외의 수익사업을 하는 경우의 납세의무에 대해서는 그러하지 아니하다. 2019.12.31. 신설>

○ 국세기본법 부칙

  제3조(국립대학 법인의 납세의무에 대한 적용례) ① 제13조제8항의 개정규정은 이 법 시행 전에 전환된 국립대학 법인에 대해서도 적용한다.

○ 고등교육법 제2조【학교의 종류】

  고등교육을 실시하기 위하여 다음 각 호의 학교를 둔다.

   1. 대학

   2. 산업대학

   3. 교육대학

   4. 전문대학

   5. 방송대학·통신대학·방송통신대학 및 사이버대학(이하 ⁠“원격대학”이라 한다)

   6. 기술대학

   7. 각종학교

○ 고등교육법 제3조【국립·공립·사립 학교의 구분】

  제2조 각 호의 학교(이하 ⁠“학교”라 한다)는 국가가 설립·경영하거나 국가가 국립대학 법인으로 설립하는 국립학교, 지방자치단체가 설립·경영하는 공립학교(설립주체에 따라 시립학교·도립학교로 구분할 수 있다), 학교법인이 설립·경영하는 사립학교로 구분한다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조【민간투자사업의 추진방식】

  민간투자사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

   1. 사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우는 제외한다)

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제26조【사회기반시설의 관리운영권】

  ① 주무관청은 제4조제1호 또는 제2호에 따른 방식으로 사회기반시설사업을 시행한 사업시행자가 제22조에 따라 준공확인을 받은 경우에는 제25조제1항에 따라 무상으로 사용·수익할 수 있는 기간 동안 해당 시설을 유지·관리하고 시설사용자로부터 사용료를 징수할 수 있는 사회기반시설관리운영권(이하 "관리운영권"이라 한다)을 그 사업시행자에게 설정할 수 있다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제27조【관리운영권의 성질 등】

  ① 관리운영권은 물권(物權)으로 보며, 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 ｢민법｣ 중 부동산에 관한 규정을 준용한다.

출처 : 국세청 2021. 11. 11. 서면-2021-법령해석부가-5507[법령해석과-3935] | 국세법령정보시스템