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이월 초과환류액과 결손금 동시 적용 시 공제 순서

서면-2023-법규법인-1344[법규과-1905]  ·  2023. 07. 20.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 이월결손금과 이월된 초과환류액이 동시에 있을 때 공제 순서는 어떻게 되나요?

S요약

국세청은 이월된 초과환류액이월결손금이 공제된 뒤 산정된 미환류소득에서 공제되어야 하며, 미환류소득 산정 과정에서 이월결손금으로 인해 음수(초과환류액이 발생)인 경우에는 이월된 초과환류액은 별도 공제 없이 소멸함을 명확히 하였습니다. 따라서 이 두 항목이 동시에 존재할 때는 이월결손금을 우선 공제한 후 초과환류액이 미환류소득에 남아 있다면 공제가 이루어집니다.
#이월결손금 #초과환류액 #미환류소득 #공제순서 #법인세 #조세특례제한법
핵심 정리

R회신 내용 서면-2023-법규법인-1344[법규과-1905]  ·  2023. 07. 20.

  • 국세청 서면-2023-법규법인-1344[법규과-1905](2023.7.20.) 회신에 따르면, 이월된 초과환류액은 이월결손금이 차감된 후의 미환류소득에서 차감하는 것이 원칙임을 밝혔습니다.
  • 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목에 따라, 이월결손금을 공제한 후 산정된 미환류소득 금액이 음수로서 초과환류액이 발생한 경우, 이월된 초과환류액은 별도 추가 공제 없이 소멸됩니다.
  • 결과적으로 이월결손금과 이월된 초과환류액이 한 사업연도에 동시에 있는 경우라면, 이월결손금을 먼저 공제하고, 공제 후에도 미환류소득이 남아 있을 때에만 이월 초과환류액을 추가로 공제하는 방식이 맞습니다.
  • 회신 사례에서는 피합병법인 승계 결손금을 순차적으로 차감한 결과, 해당 사업연도에 미환류소득 산정액이 음수(=초과환류액이 발생)라면, 이월 초과환류액은 더 이상 공제받지 못하고 소멸된다고 판단하였습니다.
  • 적용 법령 및 해석 순서에 따라 합병, 결손금 이월, 초과환류액 이월 등 특수한 사정이 있는 경우에도 동일하게 적용된다는 점을 유의하셔야 합니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제100조의32(투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례): 미환류소득 및 초과환류액 이월·공제 규정
  • 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제4항: 기업소득 산정 시 이월결손금 및 초과환류액 차감 순서
  • 조세특례제한법 제100조의32 제2항: 미환류소득과 초과환류액의 산정·공제 방식
  • 조세특례제한법 제100조의32 제7항: 해당 사업연도 초과환류액의 차기 사업연도 공제 규정
  • 법인세법 제13조: 각 사업연도 과세표준 계산 시 결손금 공제 규정
사례 Q&A
1. 법인세 미환류소득 계산 시 이월된 결손금과 초과환류액의 공제 순서는?
답변
미환류소득 계산에서는 이월결손금을 먼저 공제하고, 남은 미환류소득에 이월 초과환류액을 차감하도록 판단됩니다.
근거
국세청 회신 및 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제4항에 따라 순서가 명확히 정해져 있습니다.
2. 이월 초과환류액이 남았으나 미환류소득이 음수일 경우 어떻게 되나요?
답변
이월결손금 공제 후 미환류소득이 음수(초과환류액 발생)가 되면, 이월된 초과환류액은 공제되지 않고 소멸됩니다.
근거
국세청 서면-2023-법규법인-1344 회신 및 관련 조세특례제한법 시행령 해석에 따른 결과입니다.
3. 합병으로 인한 결손금과 초과환류액이 동시에 있는 경우 처리 방법은?
답변
합병 등 특수사유가 있어도 이월결손금을 우선 공제 후, 이월 초과환류액은 남은 미환류소득이 있을 때만 공제가 가능합니다.
근거
관련 국세청 유권해석조세특례제한법·법인세법 규정에 근거합니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

이월된 초과환류액은 「이월결손금이 공제된 후에 산정된 미환류소득」에서 공제되는 것임

회신

해당 사업연도로 이월된 구 「조세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제100조의32 제2항의 초과환류액과 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금(이하 ⁠‘이월결손금’)이 동시에 있는 경우로서, 「조세특례제한법 시행령」 제100조의32 제4항 제2호 라목에 따라 이월결손금이 차감된 같은 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 기업소득을 기준으로 같은 항 본문에 따라 산정한 금액이 음수로서 초과환류액이 발생한 경우 해당 사업연도로 이월된 초과환류액은 공제되지 않고 소멸하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○질의법인은 ’20 사업연도의 미환류소득에 대한 법인세 신고 시 피합병법인으로부터 승계한 결손금을 차감하지 않고 신고함

 ○이후 피합병법인으로부터 승계한 결손금을 차감함과 동시에, 매 사업연도 마다 재차 공제하는 방식으로 미환류소득을 재계산하여 ’20 사업연도의 미환류소득 법인세에 대한 감액경정을 청구하였고, 관할세무서장은 감액경정을 통해 경정청구세액 전액을 환급

 ○한편, 이월결손금을 재차 공제할 수 없다는 내용의 기획재정부 해석이 생산됨에 따라, 질의법인은 피합병법인으로부터 승계한 결손금을 1회만 차감하여 ’20 사업연도의 미환류소득 법인세를 수정신고하였으며

  - 수정신고내용에 따르면, ’18 사업연도에 피합병법인으로부터 승계한 결손금을 ’18~’19 사업연도에 순차적으로 차감한 결과 ’18 사업연도의 경우 초과환류액(소득)이 발생함에 따라 ’18 사업연도로 이월된 초과환류액(’17년 발생)은 공제받지 못한 채 소멸됨

2. 질의내용

 ○미환류소득에 대한 법인세를 계산함에 있어, 이월결손금과 이월된 초과환류액이 동시에 있는 경우 공제 순서

3. 관련법령

조세특례제한법 제100조의 32【투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례】

  * 2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항제1호가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」 제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

 1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다.

  가. 대통령령으로 정하는 중소기업

  나. 대통령령으로 정하는 비영리법인

  다. 제104조의31제1항 및 「법인세법」 제51조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인

 2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인

② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(「법인세법」 제76조의17에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

 1. 해당 사업연도(2022년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "기업소득"이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법

  가. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 자산에 대한 투자 합계액

  나. 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 해당 사업연도 임금증가금액으로서 다음 구분에 따른 금액이 있는 경우 그 금액을 합한 금액

   1) ~ 3) ⁠(생략)

  다. 「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제2조제3호에 따른 상생협력을 위하여 지출하는 금액 등 대통령령으로 정하는 금액에 100분의 300을 곱한 금액

 2. 기업소득에 100분의 10부터 100분의 20까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법

⑥ 직전 사업연도에 제5항에 따라 차기환류적립금을 적립한 경우 다음 계산식에 따라 계산한 금액(음수인 경우 영으로 본다)을 해당 사업연도의 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

⑦ 해당 사업연도에 초과환류액(제6항에 따라 초과환류액으로 차기환류적립금을 공제한 경우에는 그 공제 후 남은 초과환류액을 말한다)이 있는 경우에는 그 초과환류액을 다음 사업연도(해당 사업연도 종료 이후 최초로 개시하는 사업연도로 한정한다)로 이월하여 다음 사업연도의 미환류소득에서 공제할 수 있다.

조세특례제한법 시행령 제100조의32【투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례】 * 2021.2.17. 대통령령 제31444호 개정되기 전의 것

④ 법 제100조의32제2항제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「법인세법」 제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 「법인세법」 제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다.

3천억원

×

해당 연결법인의 기업소득

각 연결법인의 기업소득 합계액

 1. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

  가. 「법인세법」 제18조제4호에 따른 환급금에 대한 이자

  나. 「법인세법」 제18조의2에 따른 수입배당금액 중 익금에 산입하지 아니하는 금액

  다. 「법인세법」 제24조제5항에 따라 이월되어 해당 사업연도의 손금에 산입한 금액

  라. 해당 사업연도에 법 제100조의32제2항제1호 가목을 적용받은 자산에 대한 감가상각비로서 해당 사업연도에 손금으로 산입한 금액

 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

  가. 해당 사업연도의 기획재정부령으로 정하는 법인세액(괄호생략), 법인세 감면액에 대한 농어촌특별세액 및 기획재정부령으로 정하는 법인지방소득세액

  나. 「상법」 제458조에 따라 해당 사업연도에 의무적으로 적립하는 이익준비금

  다. 법령에 따라 의무적으로 적립하는 적립금으로서 기획재정부령으로 정하는 금액

  라. 「법인세법」 제13조제1항제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(괄호생략)

  마. 「법인세법」 제16조제1항제5호에 해당하는 금액(합병대가 중 주식등으로 받은 부분만 해당한다)으로서 해당 사업연도의 익금에 산입한 금액(같은 법 제18조의2에 따른 익금불산입을 적용하기 전의 금액을 말한다)

  바. 「법인세법」 제16조제1항제6호에 해당하는 금액(분할대가 중 주식으로 받은 부분만 해당한다)으로서 해당 사업연도에 익금에 산입한 금액(같은 법 제18조의2에 따른 익금불산입을 적용하기 전의 금액을 말한다)

  사. 「법인세법」 제24조제2항에 따라 기부금 손금산입 한도를 넘어 손금에 산입하지 아니한 금액

  아. 「법인세법」 제44조제1항에 따른 양도손익으로서 해당 사업연도에 익금에 산입한 금액

  자. 「법인세법」 제46조제1항에 따른 양도손익으로서 해당 사업연도에 익금에 산입한 금액

  차. 법 제104조의31제1항 또는「법인세법」제51조의2제1항에 따라 배당한 금액

  카. 삭제

  타. 외국법인이 발행한 주식등을 보유하는 내국법인 중 기획재정부령으로 정하는 요건을 충족하는 내국법인이 그 보유주식등을 발행한 외국법인으로부터 받는 배당소득으로서 해당 사업연도에 익금에 산입한 금액

  파. 「공적자금관리 특별법」 제2조제1호에 따른 공적자금의 상환과 관련하여 지출하는 금액으로서 기획재정부령으로 정하는 금액

법인세법 제59조【감면 및 세액공제액의 계산】

① 이 법 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음 각 호의 순서에 따른다. 이 경우 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액, 「조세특례제한법」 제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액 및 가산세는 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다.

 1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액 감면(면제를 포함한다)

 2. 이월공제(移越控除)가 인정되지 아니하는 세액공제

 3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

 4. 제58조의3에 따른 세액공제. 이 경우 해당 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

법인세법 제13조【과세표준】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 80[「조세특례제한법」 제6조제1항에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.

 1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

  가.   각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것

  나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

 2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득

 3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액

② 제1항의 과세표준을 계산할 때 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 이후로 이월하여 공제할 수 없다.

 1. 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 비과세소득 및 소득공제액

 2. 「조세특례제한법」 제132조에 따른 최저한세의 적용으로 인하여 공제되지 아니한 소득공제액

출처 : 국세청 2023. 07. 20. 서면-2023-법규법인-1344[법규과-1905] | 국세법령정보시스템