부가가치세 환급 시 법인세 손금불산입 부과제척기간 적용

요지

내국법인이 제기한 소송에 따른 법원의 조정권고안을 과세관청이 받아들여 부가가치세 매입세액을 공제한 후 그에 상당하는 금액을 다시 법인세 손금불산입하는 것은 부가가치세 환급에 따른 후속처분으로 ⁠「국세기본법」 제26조의2 제2항에 따른 ⁠“경정결정이나 그 밖에 필요한 처분임

회신

귀 과세자문의 경우, 당초 과세관청이 내국법인(이하 ⁠“갑법인”이라 한다)에 대한 통합조사를 실시하여 부가가치세 매입세액을 불공제하고 그에 상당하는 금액을 손금산입하였으나, 이후 갑법인이 제기한 소송에 따른 법원의 조정권고안을 과세관청이 받아들여 부가가치세 매입세액을 공제한 후 그에 상당하는 금액을 다시 법인세 손금불산입하는 것은 부가가치세 환급에 따른 후속처분으로 ｢국세기본법｣ 제26조의2 제2항에 따른 ⁠“경정결정이나 그 밖에 필요한 처분”에 해당하는 것입니다. 끝.

1. 사실관계

 ○ 2014년 oo지방국세청에서 자문대상법인의 2008사업연도부터 2013사업연도에 대한 법인세통합조사를 실시

  - 부가가치세 매입세액을 과다 공제 받은 사유로 2008사업연도부터 2013사업연도 부가가치세를 고지하고 당해 부가가치세에 대해 법인세 손금산입 처분함

  - 이에 자문대상법인이 소송 신청하여 2018년 6월 oo고등법원으로부터 ⁠‘세무조사 결과에 따른 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분 중 xx% 취소’하라는 조정권고안에 따라 처분청은 당해 부가가치세에 대해 부과취소함

2. 질의내용

○ 조정권고안에 따라 부가가치세 감액결정시 법인세 손금불산입처분의 부과제척기간 특례 적용 가능 여부

3. 관련법령

 ○ 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】

  ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 ｢국제조세조정에 관한 법률｣ 제25조에서 정하는 바에 따른다.

    (중간생략)

  ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

   1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, ｢감사원법｣에 따른 심사청구 또는 ｢행정소송법｣에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우 : 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

출처 : 국세청 2019. 03. 29. 기준-2019-법령해석기본-0003[법령해석과-785] | 국세법령정보시스템