요지

각 연결법인의 소득금액에서 결손금을 공제한 연결법인이 다른 연결법인에 합병되어 소멸한 경우로서, 합병법인이 연결납세에서 배제된 경우 합병법인은 결손금 상당액을 전액 손금산입함

답변내용

연결납세방식을 적용받는 내국법인(이하 ⁠“연결배제법인”)이 다른 연결법인(이하 ⁠“합병법인”)에 흡수합병된 후, 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 결손금이 발생하여 각 연결법인들의 소득금액과 합한 경우로서
이후, 합병법인이 연결모법인의 연결지배를 받지 아니하게 되어 ｢법인세법｣ 제76조의12 제1항에 따라 연결납세방식을 적용하지 않게 된 경우
합병법인은 다른 연결법인의 소득금액과 합한 연결배제법인의 결손금을 연결배제 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 전액 손금에 산입하는 것임

1. 사실관계

○****관리 주식회사(“신청법인”)는 자회사의 제반 사업내용을 지배ㆍ경영지도ㆍ정리ㆍ육성하는 지주사업, 자회사 등에 대한 자금 및 업무 지원사업 및 자회사 등에 대한 자금지원을 위한 자금조달사업, 하수 및 폐수종말처리장의 수탁운영, 오폐수처리시설 및 관련 부대시설의 건설 및 환경신기술개발사업 등의 목적으로 2018. *. **. 설립됨

○******플랜트㈜는, 친환경 사업 강화를 위해 신청법인을 인수하여 소각·매립·수처리 중심의 사업 구조를 구축할 목적으로 2020. 12. 투자법인(SPC)인 ******* 주식회사(******플랜트㈜의 100% 출자 자회사)를 설립한 후,

 -2020. 12. 31.을 간주취득일(사업결합일)로 하여 신청법인 및 신청법인의 완전자회사들에 대한 지배력을 획득하고, 2021년부터 신청법인 및 신청법인의 완전자회사들에 대하여 연결납세방식을 적용하고 있었음

○ 한편 신청법인은, 2021. 12. 1.을 합병기일로 하여 모회사인 ****** 주식회사와 자회사인 ***** 주식회사 및 ***** 주식회사를 흡수합병 하여, ***** 주식회사, ***** 주식회사, ***** 주식회사는 소멸함

○ 2023년 중 *****플랜트㈜가 신청법인 주식 일부를 타사에 매각하여 신청법인이 *****플랜트㈜의 연결자법인에서 배제됨에 따라 2023년부터 신청법인 및 신청법인의 완전자회사들은 연결납세방식을 적용하지 않음

○한편, 법인세법 제76조의12 제1항 단서에 의거, 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에도 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있는데, 2021년 합병으로 소멸된 법인인 ****** 주식회사에서 22,113,442,057원 및 ***** 주식회사에서 *,***,***,***원의 결손이 발생하였고,

 -해당 결손금은 2021년 ****플랜트㈜의 각 연결법인(연결사업연도 소득금액이 발생한 연결법인으로 한정)으로 배분됨

2. 질의요지

○연결사업연도에 발생한 결손금을 다른 연결법인의 소득금액에서 공제한 법인(******(주) 및 *****(주), 이하 ⁠“피합병법인”)이 다른 연결법인(“신청법인”, ⁠“합병법인”)에 흡수합병되어 소멸된 후,

-합병법인(“신청법인”)이 연결배제되는 경우, 연결배제일이 속하는 사업연도의 각 사업연도 소득금액 계산 시

 -종전 다른 연결법인의 소득금액에서 공제한 피합병법인의 결손금을 합병법인이 손금에 산입할 수 있는지 여부

전액 손금에 산입할 수 있음

손금에 산입할 수 있으나, 합병으로 소멸된 법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득의 범위에서 공제 가능함

손금에 산입할 수 없음

3. 관련 법령

○ 법인세법 제2조【 정의 】

6."연결납세방식"이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고ㆍ납부하는 방식을 말한다.

 7. "연결법인"이란 연결납세방식을 적용받는 내국법인을 말한다.

 8. "연결집단"이란 연결법인 전체를 말한다.

 9. "연결모법인"(連結母法人)이란 연결집단 중 다른 연결법인을 연결지배하는 연결법인을 말한다.

 10. "연결자법인"(連結子法人)이란 연결모법인의 연결지배를 받는 연결법인을 말한다.

 10의2. "연결지배"란 내국법인이 다른 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 90 이상을 보유하고 있는 경우를 말한다. 이 경우 그 보유비율은 다음 각 목에서 정하는 바에 따라 계산한다.

  가. 의결권 없는 주식 또는 출자지분을 포함할 것

  나. 「상법」 또는 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 보유하는 자기주식은 제외할 것

  다. ⁠「근로복지기본법」에 따른 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 주식으로서 발행주식총수의 100분의 5 이내의 주식은 해당 법인이 보유한 것으로 볼 것

  라. 다른 내국법인을 통하여 또 다른 내국법인의 주식 또는 출자지분을 간접적으로 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 합산할 것

 11. "연결사업연도"란 연결집단의 소득을 계산하는 1회계기간을 말한다.

○ 법인세법 시행령 제2조 【정의】

   (중략)

⑥법 제2조제10호의2라목에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 법 제76조의8제1항에 따른 연결가능모법인(이하 "연결가능모법인"이라 한다)이 같은 항에 따른 연결가능자법인(이하 "연결가능자법인"이라 한다)을 통해 또 다른 내국법인의 주식 또는 출자지분을 보유하는 경우를 말한다.

⑦법 제2조제10호의2라목에 따라 연결가능모법인이 연결가능자법인을 통해 보유하고 있는 또 다른 내국법인에 대한 주식 또는 출자지분의 보유비율은 다음 계산식에 따라 계산한다. 이 경우 연결가능자법인이 둘 이상인 경우에는 각 연결가능자법인별로 다음 계산식에 따라 계산한 비율을 합산한다.

○ 법인세법 제45조 【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】

①합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금 중 제44조의 3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 결손금을 제외한 금액은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

②제44조의 3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

○ 법인세법 제76조의 9 【연결납세방식의 취소】

② 연결납세방식을 적용받은 각 연결법인은 연결납세방식을 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도 중에 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 다음 각 호의 구분에 따라 소득금액이나 결손금을 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 사업연도의 익금 또는 손금에 각각 산입하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 연결사업연도 동안 제76조의 14 제1항에 따라 다른 연결법인의 결손금과 합한 해당 법인의 소득금액: 익금에 산입

 2. 연결사업연도 동안 제76조의 14 제1항에 따라 다른 연결법인의 소득금액과 합한 해당 법인의 결손금: 손금에 산입

○ 법인세법 제76조의 12 【연결자법인의 배제】

①연결모법인의 연결지배를 받지 아니하게 되거나 해산한 연결자법인은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니한다. 다만, 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있다.

②연결납세방식을 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도 중에 제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우 다음 각 호의 구분에 따라 소득금액 또는 결손금을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 각각 산입하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1.연결사업연도 동안 제76조의 14 제1항에 따라 다른 연결법인의 결손금과 합한 연결배제법인(제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하게 된 개별법인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 소득금액: 연결배제법인의 익금에 산입

 2. 연결사업연도 동안 제76조의 14 제1항에 따라 다른 연결법인의 소득금액과 합한 연결배제법인의 결손금: 연결배제법인의 손금에 산입

 3.연결사업연도 동안 제76조의 14 제1항에 따라 연결배제법인의 결손금과 합한 해당 법인의 소득금액: 해당 법인의 익금에 산입

 4. 연결사업연도 동안 제76조의 14 제1항에 따라 연결배제법인의 소득금액과 합한 해당 법인의 결손금: 해당 법인의 손금에 산입

○ 법인세법 제76조의 13 【연결과세표준】

①각 연결사업연도의 소득에 대한 과세표준은 각 연결사업연도 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 제3항 제1호에 따른 연결소득 개별귀속액의 100분의 80(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 연결법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다.

 1. 각 연결사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 연결사업연도의 결손금(연결법인의 연결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금을 포함한다)으로서 그 후의 각 연결사업연도(사업연도를 포함한다)의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액

 2. 이 법과 ⁠「조세특례제한법」에 따른 각 연결법인의 비과세소득의 합계액

 3. 이 법과 ⁠「조세특례제한법」에 따른 각 연결법인의 소득공제액의 합계액

② 제1항 제1호에서 ⁠“연결사업연도의 결손금”이란 제76조의 14 제1항에 따른 각 연결사업연도의 소득이 0보다 적은 경우 해당 금액으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금과 제76조의 14 제2항 각 호 외의 부분 후단에 따라 해당 연결사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니하는 처분손실을 말한다.

③ 제1항 제1호에 따라 결손금을 공제하는 경우 다음 각 호의 결손금은 해당 각 호의 금액을 한도로 공제한다.

 1.연결법인의 연결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금: 각 연결사업연도의 소득 중 해당 연결법인에 귀속되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득금액(이하 이 조에서 ⁠“연결소득 개별귀속액”이라 한다)

 2. 연결모법인이 적격합병에 따라 피합병법인의 자산을 양도받는 경우 합병등기일 현재 피합병법인(합병등기일 현재 연결법인이 아닌 법인만 해당한다)의 제13조제1항제1호의 결손금: 연결모법인의 연결소득 개별귀속액 중 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득

 3. 연결모법인이 적격분할합병에 따라 소멸한 분할법인의 자산을 양도받는 경우 분할등기일 현재 소멸한 분할법인의 제13조제1항제1호의 결손금 중 연결모법인이 승계받은 사업에 귀속하는 금액: 연결모법인의 연결소득 개별귀속액 중 소멸한 분할법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득

    (이하 생략)

○ 법인세법 제76조의 14 【각 연결사업연도의 소득】

    (중략)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 처분손실은 해당 호에 따른 금액을 한도로 해당 연결사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 한도를 초과하여 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 제76조의 13 제1항 제1호의 결손금으로 보고 해당 호에 따른 금액을 한도로 이후 연결사업연도의 과세표준에서 공제한다.

1. 내국법인이 다른 내국법인의 연결가능자법인이 된(설립등기일부터 연결가능자법인이 된 경우는 제외한다) 이후 연결납세방식을 적용한 경우 연결납세방식을 적용한 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도에 발생한 자산(연결납세방식을 적용하기 전 취득한 자산으로 한정한다)의 처분손실: 다음 각 목의 구분에 따른 금액(해당 처분손실을 공제하기 전 귀속액을 말하되, 이 항 각 호 외의 부분 후단을 적용할 때에는 그러하지 아니하다)

 가. 연결모법인의 자산처분 손실의 경우 해당 연결모법인의 연결소득개별귀속액

 나. 연결자법인의 자산처분 손실의 경우 해당 연결자법인의 연결소득개별귀속액

 2. 연결모법인이 다른 내국법인(합병등기일 현재 연결법인이 아닌 법인으로 한정한다)을 적격합병(연결모법인을 분할합병의 상대방 법인으로 하여 적격분할합병하는 경우를 포함한다)하는 경우 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 연결사업연도에 발생한 합병 전 연결모법인 및 연결자법인(이하 이 항에서 ⁠“기존연결법인”이라 한다)과 피합병법인(분할법인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 합병 전 각각 보유하던 자산의 처분손실(합병등기일 현재 해당 자산의 시가가 장부가액보다 낮은 경우로서 그 차액을 한도로 한다): 다음 각 목의 구분에 따른 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전 소득금액을 말하되, 이 항 각 호 외의 부분 후단을 적용할 때에는 그러하지 아니하다)

 가. 기존연결법인의 자산처분 손실의 경우 기존연결법인의 소득금액(연결모법인의 연결소득개별귀속액 중 합병 전 연결모법인의 사업에서 발생한 소득금액 및 연결자법인의 연결소득개별귀속액을 말한다)

 나. 피합병법인이 합병 전 보유하던 자산의 처분손실의 경우 연결모법인의 연결소득개별귀속액 중 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액

○ 법인세법 시행령 제120조의 17 【과세표준】

   (중략)

④법 제76조의 13 제3항 제1호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 소득금액”이란 다음 계산식에 따라 계산한 금액(이하 이 장에서 ⁠“연결소득개별귀속액”이라 한다)을 말한다.

○ 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

② ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」의 적용을 받는 법인은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 신탁재산에 귀속되는 소득과 그 밖의 소득을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

 1. 합병등기일 현재 제13조 제1항 제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조 제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간

 2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간

④ 내국법인이 분할합병하는 경우 분할신설법인등은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 분할법인등으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 분할합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

 1. 제46조의 4 제2항에 따라 분할법인등의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 이월결손금을 공제받는 기간

 2. 그 밖의 경우: 분할 후 5년간

⑤ 연결모법인이 다른 내국법인(합병등기일 현재 연결법인이 아닌 경우만 해당한다)을 합병(연결모법인을 분할합병의 상대방 법인으로 하는 분할합병을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인(분할법인을 포함한다)으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

 1. 합병등기일 현재 제76조의 13 제1항 제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제76조의 13 제3항 제2호에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간

 2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간

⑥ 법인과세 수탁자는 법인과세 신탁재산별로 신탁재산에 귀속되는 소득을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

⑦ 제50조의 2에 해당하는 다른 내국법인의 사업을 양수하는 내국법인은 사업양수일 현재 제13조 제1항 제1호에 해당하는 결손금이 있는 경우 그 결손금을 공제받는 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 양도법인으로부터 양수한 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 사업을 양수하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

⑧ 제1항부터 제7항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

출처 : 국세청 2024. 05. 31. 사전-2024-법규법인-0241 | 국세법령정보시스템