요지

경영회생지원 농지매입사업에 따라 환매한 후 다시 양도한 경우 양도소득금액 계산 시 취득시기와 취득가액은 조특법 제70조의2제2항에 따라 계산하는 것임

회신

(질의1) ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제1항에 따라 농지등을 한국농어촌공사에 양도한 후 해당 농지등을 같은 법 제24조의3제3항에 따라 환매한 농업인이 환매한 농지등을 같은 법제24조의3제1항에 따라 한국농어촌공사에 재양도하는 경우, 양도소득금액 계산 시 취득시기 및 취득가액은 ⁠「조세특례제한법」제70조의2제2항 각호에 따른 취득시기와 취득가액을 적용하는 것입니다.
(질의2) ⁠(질의1)에서 한국농어촌공사에 농지등을 재양도한 농업인이 해당 농지등을 재환매하여 제3자에게 양도하는 경우, 양도소득금액 계산 시 ⁠「조세특례제한법」제70조의2제2항제1호의 취득시기는 농업인이 최초로 한국농어촌공사에 양도하기 전 해당 농지등의 취득일을 적용하는 것이며, 같은 항 제2호의 취득가액은 동 취득일의 취득가액을 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

○1991.3월 A농지 취득

○2012.5월 A농지를 한국농어촌공사에 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제1항에 따라 농어촌공사에 양도

   * 조특법§70의2 특례 충족 전제 ** 거래가액 579백만원

○2022.5월 A농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제3항에 따라 농어촌공사로부터 환매로 취득

  * 거래가액 609백만원

○2023.4월 A농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제1항에 따라 한국농어촌공사에 다시 양도

○향후 A농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제3항에 따라 환매로 재취득 예정

○향후 A농지를 제3자에 양도 예정

2. 질의내용

(1)농업인이 쟁점농지를 한국농어촌공사로부터 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제3항에 따라 환매 취득하고, 다시 한국농어촌공사에 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제1항에 따라 재차 양도하는 경우 양도소득금액 계산 시 쟁점농지의 취득시기 및 취득가액

(2)한국농어촌공사에 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제1항에 따라 재차 양도한 농지를 임차기간 내에 환매한 후 제3자에게 양도하는 경우 양도소득금액 계산 시쟁점농지의 취득시기 및 취득가액

3. 관련법령 및 관련사례

□ 조세특례제한법 제70조의2 【경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례】

①「농지법」 제2조에 따른 농업인(이하 이 조에서 "농업인"이라 한다)이 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제1항에 따라 직접 경작한 농지 및 그 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 같은 법 제3조에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 후 같은 법 제24조의3제3항에 따라 임차하여 직접 경작한 경우로서 해당 농지등을 같은 법 제24조의3제3항에 따른 임차기간 내에 환매한 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 농지등의 양도소득에 대하여 납부한 양도소득세를 환급받을 수 있다.

②제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 해당 농지등을 다시 양도하는 경우 그 농지등에 대한 양도소득세액은 ⁠「소득세법」 제95조제4항, 제97조제1항제1호, 제98조 및 제104조제2항에도 불구하고 다음 각 호의 취득가액 및 취득시기를 적용하여 계산한다.

1. 취득가액: 한국농어촌공사에 양도하기 전 농업인의 해당 농지등 취득 당시의 취득가액

2. 취득시기: 한국농어촌공사에 양도하기 전 해당 농지등의 취득일

③제1항에 따라 환급받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급신청을 하여야 한다.

④제1항 및 제2항을 적용할 때 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면의 적용방법 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 조세특례제한법시행령 제67조의2 【경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제70조의2제3항에 따라 환급을 받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 환급신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 농지등을 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 매매계약서 사본

2. 해당 농지등을 한국농어촌공사로부터 환매한 환매계약서 사본

② 제1항에 따라 환급신청서를 제출받은 납세지 관할 세무서장이 환급을 하는 경우에 관하여는 「국세기본법」 제51조를 준용한다. 이 경우 같은 법 제52조의 국세환급가산금에 관한 규정은 적용하지 아니한다.

③법 제70조의2제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제3항에 따른 임차기간 내에 경작한 기간은 해당 농업인이 직접 농지등을 경작한 것으로 보아 제66조를 적용한다.

④ 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령」 제19조의6제2항에 따라 농지등의 일부에 대하여 환매를 신청한 경우 제2항에 따른 환급세액은 환매한 농지등에 대하여 납부한 양도소득세에 상당하는 금액으로 한다.

□ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.(이하 표 생략)

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

□ 소득세법제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

□ 소득세법제98조 【양도 또는 취득의 시기】

자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

□ 소득세법제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

2. 제94조제1항제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것

　양도소득 과세표준의 100분의 40[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다), 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 60]

3. 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것

　양도소득 과세표준의 100분의 50(주택, 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 70)

② 제1항제2호ㆍ제3호 및 제11호가목의 보유기간은 해당 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각각 그 정한 날을 그 자산의 취득일로 본다.

1. 상속받은 자산은 피상속인이 그 자산을 취득한 날

2. 제97조의2제1항에 해당하는 자산은 증여자가 그 자산을 취득한 날

3. 법인의 합병ㆍ분할[물적분할(物的分割)은 제외한다]로 인하여 합병법인, 분할신설법인 또는 분할ㆍ합병의 상대방 법인으로부터 새로 주식등을 취득한 경우에는 피합병법인, 분할법인 또는 소멸한 분할ㆍ합병의 상대방 법인의 주식등을 취득한 날

□ 조세특례제한법제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 ⁠「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다. 2009.6.26, 2010.2.18, 2012.2.2, 2013.2.15, 2015.2.3., 2016.1.22.>(각 호 생략)

〈관련 법률〉

□ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제1조 【목적】 이 법은 한국농어촌공사를 설립하고 농지관리기금을 설치하여 농어촌정비사업과 농지은행사업을 시행하고 농업기반시설을 종합관리하며 농업인의 영농규모적정화를 촉진함으로써 농업생산성의 증대 및 농어촌의 경제ㆍ사회적 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

□ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제2조 【정의】

3. "농지"란 「농지법」 제2조제1호에 따른 농지를 말한다.

4. "농업인"이란 「농지법」 제2조제2호에 따른 농업인을 말한다.

□ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법제24조의3 【경영회생 지원을 위한 농지 매입 등】

① 공사는 자연재해, 병충해, 부채의 증가 또는 그 밖의 사유로 일시적으로 경영위기에 처한 농업인 또는 농업법인의 경영회생을 지원하기 위하여 그 농업인 또는 농업법인이 소유한 농지 및 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 매입하여 그 농업인 또는 농업법인에게 임대할 수 있다.

② 공사는 제1항에 따라 매입한 농지등을 임대하는 경우 임대기간 중에는 그 농지등을 제3자에게 매도하여서는 아니 된다.

③ 제1항에 따라 농지등을 공사에 매도하고 다시 임차한 그 농지등의 전 소유자 또는 포괄승계인은 임차기간이 끝나기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사에 대하여 그 농지등의 환매(還買)를 요구할 수 있고, 공사는 그 농지등이 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 없으면 요구에 따라야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 농지등의 매입가격ㆍ환매가격 및 지급방법, 임대기간ㆍ임대료 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령제19조의3 【매입한 농지의 매도ㆍ임대 등】

① 공사는 법 제24조의2제2항에 따라 소유하고 있는 농지를 전업농업인, 농업법인, 그 밖에 농림축산식품부령으로 정하는 자에게 매도하거나 임대할 수 있다.

② 공사가 법 제24조의2제2항에 따라 소유 농지를 매도하는 경우 그 매도가격은 ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 금액으로 한다.

③ 공사가 법 제24조의2제2항에 따라 농지를 임대하는 경우 그 임대료는 해당 지역 농지의 임대료 수준을 고려하여 임차인과 합의하여 정한다.

□ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의4 【경영회생 지원을 위한 농지의 매입 등】

① 법 제24조의3제3항에 따라 농지등의 매도 당시 소유자 또는 그 포괄승계인(이하 "환매권자"라 한다)이 그 농지등에 대하여 환매(還買)를 요구하려는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 공사에 환매를 신청하여야 한다.

② 환매권자가 제1항에 따라 환매신청을 하는 경우에는 매도한 농지등의 전부에 대하여 환매를 신청하여야 한다. 다만, 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 있는 농지등은 제외하고 환매를 신청할 수 있다.

③ 공사가 법 제24조의3제1항에 따라 농지등을 매입하는 경우 그 매입가격은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 농지: ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 금액

2. 농지에 딸린 농업용시설: ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 임대기간 만료 시점을 기준으로 평가한 금액

□ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령제19조의5 【임대기간ㆍ임대료】

① 공사가 법 제24조의3제1항에 따라 매입한 농지등을 해당 농업인 또는 농업법인에 임대하는 경우 그 임대기간은 7년으로 한다.

② 공사는 법 제24조의3제1항에 따라 농지등을 매도한 농업인 또는 농업법인이 제1항에 따른 임대기간에 경영회생을 하기 어려운 사유가 있다고 인정되는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 3년을 초과하지 아니하는 범위에서 임대기간을 연장할 수 있다.

③ 공사가 제1항에 따라 매입한 농지등을 해당 농업인 또는 농업법인에 임대하는 경우 연간 임대료는 그 농지등의 매입가격에 1천분의 10의 범위에서 농림축산식품부장관이 정하는 비율을 곱하여 산정한 금액으로 하며, 월할(月割) 또는 일할(日割)로 계산할 수 있다.

□ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의6 【농지등의 환매】

① 법 제24조의3제3항에 따라 농지등의 매도 당시 소유자 또는 그 포괄승계인(이하 "환매권자"라 한다)이 그 농지등에 대하여 환매(還買)를 요구하려는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 공사에 환매를 신청하여야 한다.

② 환매권자가 제1항에 따라 환매신청을 하는 경우에는 매도한 농지등의 전부에 대하여 환매를 신청하여야 한다. 다만, 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 있는 농지등은 제외하고 환매를 신청할 수 있다.

③ 제2항 본문에도 불구하고 환매권자는 제2항 단서에 따라 수용된 농지등을 제외한 면적 중에서 매도 당시의 매도가격(제2항 단서에 따라 수용된 농지등을 제외한 면적의 매도가격을 말한다)의 100분의 50 이상에 해당하는 면적에 대하여 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 환매를 신청할 수 있다.

④ 공사가 법 제24조의3제3항에 따라 매입한 농지등을 환매하는 경우 그 환매가격은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 농지: 다음 각 목의 금액 중 낮은 금액. 다만, 제3항에 따른 환매의 경우에는 가목에 따른 금액으로 한다.

가. ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 금액

나. 농지 매입가격과 농지 매입가격에 환매일까지 농림축산식품부장관이 농업 정책자금의 이자율 등을 고려하여 정하는 요율을 적용하여 산출한 금액을 합산한 금액

2. 농지에 딸린 농업용시설: 해당 농업용시설의 매입가격

⑤ 환매권자는 제19조의5제1항 또는 제2항에 따른 임대기간 중에 제1항에 따라 환매를 신청하는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 환매대금을 분할하여 납입 할 수 있다.

⑥ 환매권자는 제1항에 따른 환매 신청 전에 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 환매대금을 미리 납입할 수 있다.

⑦ 공사는 환매권자가 법 제24조의3제3항에 따른 농지등의 임대기간 만료일까지 공사에 환매를 요구하지 아니하는 경우에는 임대기간이 끝난 후 그 농지등을 제3자에게 매도하거나 임대할 수 있다. 이 경우 그 농지등의 매도 또는 임대에 관하여는 제19조의3을 적용한다.

□ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행규칙 제19조의4 【경영회생 지원을 위한 농지의 매입 대상자 평가기준】

영 제19조의4제2항에서 "농림축산식품부령으로 정하는 평가기준"은 별표와 같다.

□ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행규칙제19조의5 【임차기간의 연장】

① 영 제19조의5제2항에 따라 임차기간을 연장하려는 농업인 또는 농업법인은 영 제19조의5제1항에 따른 임차기간이 끝나기 6개월 전까지 공사에 임차기간의 연장을 신청하여야 한다.

② 공사는 제1항에 따른 임대기간 연장신청을 받으면 임대기간 연장의 사유 등을 검토하여 그 처리결과를 신청인에게 통지하여야 한다.

□ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행규칙제19조의6 【환매신청】

① 영 제19조의6제1항에 따른 농지등의 매도 당시 소유자 또는 그 포괄승계인(이하 "환매권자"라 한다)은 임차기간 만료일(영 제19조의5제2항에 따라 임차기간을 연장한 경우에는 그 연장한 임차기간의 만료일을 말한다)까지 공사에 환매(還買)를 신청하여야 한다.

② 영 제19조의6제3항에 따라 환매를 신청하려는 경우 필지단위로 신청하여야 하고, 환매하려는 농지에 시설물이 있는 경우에는 농지와 시설물을 함께 환매신청하여야 한다.

③ 그 밖에 환매의 신청에 관하여 필요한 사항은 농림축산식품부장관이 정한다.

출처 : 국세청 2023. 08. 21. 서면-2023-법규재산-1179[법규과-2135] | 국세법령정보시스템