요지

코로나19 관련 전담병원으로 지정되어 수령한 손실보상금은 운용소득에 포함되지 않음

회신

의료업을 영위하는 공익법인이「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률｣에 따라 코로나19 관련 전담병원으로 지정되어 발생한 손실 등에 대해 수령한 손실보상금은 ⁠「상속세 및 증여세법｣ 제48조 제2항 제3호에 따른 운용소득에 해당하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 의료법인 ○○○○○○(이하 ⁠‘질의법인’이라 함)은 ’00.12월에 의료기관을 설치·운영하고 보건의료에 관한 연구 개발 등을 목적으로 설립된 공익법인임

 ○ 질의법인은「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」에 따라 코로나19 전담병원으로 지정되어 ’00년 손실보상금 △△△억 원을 수령함

  - ’00사업연도 법인세 신고 시 손실보상금을 익금에 산입하였으나 ’00.0월 경정청구를 신청하여 해당 손실보상금을 익금불산입함

2. 질의내용

 ○ 코로나19 관련 전담병원으로 지정되어 수령한 손실보상금이 운용소득에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○법인세법 제4조【과세소득의 범위】

 ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

  1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

  7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

 ① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다

  1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)ㆍ조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업

    (중략)

 ③ 법 제4조제3항제7호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란「소득세법」 제46조제1항에 따른 채권등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것은 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권등의 매각익에서 채권 등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제1항제8호에 따른 사업에 귀속되는 채권 등의 매매익을 제외한다.

○법인세법 기본통칙 4-3…3【수익사업과 비수익사업의 구분】

  비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다. 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것을 예시하면 다음과 같다.

   1. 수익사업에 속하는 것

   가. 학교법인의 임야에서 발생한 수입과 임업수입

   나. 학교부설연구소의 원가계산 등의 용역수입

     (중략)

  2. 비수익사업에 속하는 것

   가. 징발보상금

   나. 일시적인 저작권의 사용료로 받은 인세수입

   다. 회원으로부터 받는 회비 또는 추천수수료(간행물 등의 대가가 포함된 경우에는 그 대가상당액을 제외한다)

   라. 외국원조수입 또는 구호기금수입

   마. 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액

○ 상속세 및 증여세법 제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

     (중략)

  3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제38조【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】

     (중략)

 ⑤ 법 제48조제2항제5호에서 운용소득과 관련된 "대통령령으로 정하는 기준금액"이란 제1호에 따라 계산한 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액(이하 이 항에서 "운용소득"이라 한다)의 100분의 80에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "사용기준금액"이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조제9항에 따른 가산세를 뺀 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다.

  1. 해당 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(「법인세법」 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업준비금과 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함하며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액은 제외한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액

  가. 출연재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액

  나. 법 제48조제2항제4호에 따른 출연재산 매각금액

  다. 「법인세법」 제16조제1항제5호 또는 「소득세법」 제17조제2항제4호에 해당하는 금액(합병대가 중 주식등으로 받은 부분으로 한정한다)으로서 해당 과세기간 또는 사업연도의 소득금액에 포함된 금액

  라. 「법인세법」 제16조제1항제6호 또는 「소득세법」 제17조제2항제6호에 해당하는 금액(분할대가 중 주식으로 받은 부분으로 한정한다)으로서 해당 과세기간 또는 사업연도의 소득금액에 포함된 금액

  2. 해당 소득에 대한 법인세 또는 소득세ㆍ농어촌특별세ㆍ주민세 및 이월결손금

 ⑥ 법 제48조제2항제5호에 따른 운용소득의 사용은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적(제5항제1호에 따라 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 해당 과세기간 또는 사업연도와 직전 4과세기간 또는 사업연도와의 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있으며 사업개시 후 5년이 경과되지 아니한 경우에는 사업개시 후 5년이 경과한 때부터 이를 계산한다.

○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제36조【감염병관리기관의 지정 등】

 ① 보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라「의료법」제3조에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정하여야 한다.

 ② 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 ⁠「의료법」에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정할 수 있다.

 ③ 제1항 및 제2항에 따라 지정받은 의료기관(이하 "감염병관리기관"이라 한다)의 장은 감염병을 예방하고 감염병환자등을 진료하는 시설(이하 "감염병관리시설"이라 한다)을 설치하여야 한다. 이 경우 보건복지부령으로 정하는 일정규모 이상의 감염병관리기관에는 감염병의 전파를 막기 위하여 전실(前室) 및 음압시설(陰壓施設) 등을 갖춘 1인 병실을 보건복지부령으로 정하는 기준에 따라 설치하여야 한다.

 ④ 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 감염병관리시설의 설치 및 운영에 드는 비용을 감염병관리기관에 지원하여야 한다.

 ⑤ ⁠(이하생략)

○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제70조【손실보상】

 ① 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 및 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 손실을 입은 자에게 제70조의2의 손실보상심의위원회의 심의ㆍ의결에 따라 그 손실을 보상하여야 한다.

  1. 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실

  1의2. 제39조의3에 따른 접촉자 격리시설의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실

   2. 이 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료한 의료기관의 손실

   3. 이 법에 따른 의료기관의 폐쇄 또는 업무 정지 등으로 의료기관에 발생한 손실

   4. 제47조제1호, 제4호 및 제5호, 제48조제1항, 제49조제1항제4호, 제6호부터 제10호까지, 제12호 및 제13호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실

   5. 감염병환자등이 발생ㆍ경유하거나 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 그 사실을 공개하여 발생한「국민건강보험법」 제42조에 따른 요양기관의 손실로서 제1호부터 제4호까지의 손실에 준하고, 제70조의2에 따른 손실보상심의위원회가 심의ㆍ의결하는 손실

 ② 제1항에 따른 손실보상금을 받으려는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 손실보상 청구서에 관련 서류를 첨부하여 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 청구하여야 한다.

 ③ 제1항에 따른 보상액을 산정함에 있어 손실을 입은 자가 이 법 또는 관련 법령에 따른 조치의무를 위반하여 그 손실을 발생시켰거나 확대시킨 경우에는 보상금을 지급하지 아니하거나 보상금을 감액하여 지급할 수 있다.

 ④ 제1항에 따른 보상의 대상ㆍ범위와 보상액의 산정, 제3항에 따른 지급 제외 및 감액의 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 제28조【손실보상의 대상 및 범위 등】

 ① 법 제70조제1항에 따른 손실보상의 대상 및 범위는 별표 2의2와 같다.

 ② 법 제70조의2제1항에 따른 손실보상심의위원회는 법 제70조제1항에 따라 손실보상액을 산정하기 위하여 필요한 경우에는 관계 분야의 전문기관이나 전문가로 하여금 손실 항목에 대한 감정, 평가 또는 조사 등을 하게 할 수 있다.

 ③ 심의위원회는 법 제70조제1항제1호부터 제3호까지의 손실에 대하여 보상금을 산정하는 경우에는 해당 의료기관의 연평균수입 및 영업이익 등을 고려하여야 한다.

○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 [별표 2의2]

 1. 법 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치․운영으로 발생한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 손실

  가. 감염병관리시설의 설치․운영으로 발생하는 비용

  나. 감염병환자, 감염병의사환자 등의 치료․진료․격리로 시설․장비․인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용

 2. 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료한 의료기관의 손실: 해당 의료기관이 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료․치료․격리함에 따라 발생하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  가. 치료․진료․격리로 시설․장비․인력 등을 사용하게 되는 경우 그 소요비용

  나. 치료․진료․격리로 인해 시설․장비․인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용

출처 : 국세청 2023. 09. 26. 서면-2022-법인-4970[공익중소법인지원팀-1176] | 국세법령정보시스템