근로복지공단 석면 건강영향조사 용역 부가가치세 면제 여부

요지

근로복지공단이 환경부에 석면 건강영향조사 용역을 제공하는 경우 근로복지공단은 ⁠「의료법」상 의료기관이나「조세특례제한법」상 정부업무대행단체에 해당하지 아니하므로 부가가치세 면제대상에 해당하지 아니함

답변내용

「산업재해보상보험법」 제10조에 따라 설립된 근로복지공단이 환경부가 공고한 ⁠‘석면 건강영향조사 민간대행사업’의 입찰에 참여하여 환경부와 위수탁계약을 체결하고 근로복지공단의 의료사업본부와 소속병원에서 해당 석면 건강영향조사 용역을 제공하는 경우 근로복지공단은 ⁠「의료법」에 따른 의료기관이나 ⁠「조세특례제한법 시행령」 제106조제7항의 정부업무대행단체에 해당하지 아니하므로 ⁠「부가가치세법」 제26조제1항제5호 및 ⁠「조세특례제한법」 제106조제1항제6호에 따른 부가가치세 면제대상에 해당하지 아니하는 것임
다만, 근로복지공단이 자기 고유의 사업목적을 위하여 해당 석면 건강영향조사 용역을 일시적으로 공급하거나 실비로 공급하는 경우에는 ⁠「부가가치세법」 제26조제1항제18호 및 같은 법 시행령 제45조제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 것이나, 해당 용역이 근로복지공단 고유의 사업목적에 해당하는지, 일시적인 공급이거나 실비에 해당하는지 여부는 관련사실을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항임

 ○ 근로복지공단(이하 ⁠“신청공단”)은「산업재해보상보험법」(이하 ⁠“산재보상법”)에 따라 업무상 재해를 신속‧공정하게 보상하고, 재해근로자의 재활 및 사회복귀를 촉진하며, 재해 예방과 근로자의 복지증진을 위해 설립된 고용노동부 산하기관으로

  - 산재보상법에 따라 근로자의 요양과 재활 및 근로자의 건강진단 등 예방사업, 정부로부터 위탁받은 사업을 영위하며 의료기관(10개 병원) 및 연구기관(2개 연구소) 등을 설치‧운영하고 있음

 ○ 신청공단은 환경부에서「석면피해구제법」에 따라 실시중인 ⁠“석면 건강영향조사 민간대행사업”(이하 ⁠“본건 사업”)의 제한경쟁 입찰에 참여하여 낙찰됨에 따라

 - 2017.8.30. 환경부와 용역계약을 체결하여 용역을 수행중이며, 환경부의 과업지시서에 따르면 신청공단이 수행하는 해당 용역의 구체적인 내용은 다음과 같음

 ○ 신청공단은 본건 사업을 위해 신청공단의 의료사업본부에서 업무의 총괄 및 행정지원을 하며, 소속병원(AA, BB, CC병원)에서 검진을 실시하고 있는바

  - 신청공단이 환경부에 제출한 사업 제안서에 따르면 본건 사업의 수행인력은 총 21명으로 의사 6명, 간호사 6명, 임상병리사 2명, 홍보 및 행정지원 4명, 총괄 및 행정지원 3명으로 구성됨

 ○ 신청공단의 정관상 목적과 사업내용은 다음과 같음

2. 질의내용

 ○ 근로복지공단이 환경부의 ⁠‘석면 건강영향조사 민간대행사업’에 참여하여 제공하는 용역이 부가가치세 면제대상인지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

 ○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

   18.종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

 ○ 부가가치세법 시행령 제35조【면세하는 의료보건 용역의 범위】

  법 제26조제1항제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(「의료법」또는「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

   1.「의료법」에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 간호사가 제공하는 용역. 다만,「국민건강보험법」제41조제4항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 다음 각 목의 진료용역은 제외한다.(각목생략)

   3.「의료기사 등에 관한 법률」에 따른 임상병리사, 방사선사, 물리치료사, 작업치료사, 치과기공사 또는 치과위생사가 제공하는 용역

 ○ 부가가치세법 시행령 제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

  법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

   1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

 ○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조【공익법인등의 범위】

  법 제16조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업을 하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다.

   9.「법인세법 시행령」제36조제1항제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체등 및「소득세법 시행령」제80조제1항제5호에 따른 기부금대상민간단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.

 ○ 법인세법 시행규칙 제18조【지정기부금단체등의 범위】

  ① 영 제36조제1항제1호아목에서 "기획재정부령이 정하는 지정기부금단체등"이란 별표 6의2에 따른 비영리법인 및 단체를 말한다.

 ○ 별표 6의2【지정기부금단체등의 범위】

   30.「산업재해보상보험법」에 따른 근로복지공단

 ○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

   6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

 ○ 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】

  ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

   1.「별정우체국법」에 의한 별정우체국

   2.「우체국창구업무의 위탁에 관한 법률」에 의하여 우체국창구업무를 위탁받은 자

   4.「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사

   5.「농업협동조합법」에 의한 조합, 조합공동사업법인 및 중앙회(같은 법에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 포함한다)

   6.「수산업협동조합법」에 따른 수산업협동조합ㆍ중앙회, 조합공동사업법인 및 어촌계

   7.「엽연초생산협동조합법」에 의한 엽연초생산협동조합 및 중앙회

   9.「인삼산업법」에 의한 백삼 및 태극삼의 지정검사기관

   10.「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사

   11.「한국도로공사법」에 의한 한국도로공사

   12.「한국산업인력공단법」에 의한 한국산업인력공단

   14.「한국조폐공사법」에 의한 한국조폐공사

   15.「산림조합법」에 의한 조합ㆍ중앙회 및 산림계

   20.「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」에 따라 농수산물도매시장의 개설자로부터 지정을 받은 도매시장법인, 시장도매인 및 비상장품목 취급 중도매인

   21.「지방공기업법」에 의하여 농수산물도매시장사업을 수행하기 위하여 지방자치단체가 설립한 지방공사

   22.「지방공기업법」 제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단

   22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 「지방공기업법」 제49조에 따라 설립된 지방공사

    가. 시ㆍ군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것

    나. 제21호에 따른 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사일 것

    다. 해당 지방자치단체에 제22호에 따른 지방공단이 없을 것

   23.「한국농수산식품유통공사법」에 따른 한국농수산식품유통공사

   24.「선박안전법」에 따른 선박안전기술공단

   27.「전파법」 제66조에 따른 한국방송통신전파진흥원

   28.「한국산업안전보건공단법」에 따른 한국산업안전보건공단

   32.「집행관법」에 의하여 집행관의 업무를 수행하는자

   33.「공증인법」에 의한 공증인의 업무를 수행하는 자

   36.「상공회의소법」에 따른 대한상공회의소, ⁠「원자력안전기술원법」에 따른 한국원자력기술원,「영화 및 비디오물의 진흥에 관한 법률」에 따른 영화진흥위원회,「문화산업진흥 기본법」에 따른 한국콘텐츠진흥원 및「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」에 따른 한국광해관리공단

   37.「한국수자원공사법」에 의한 한국수자원공사

   39.「항만공사법」제4조제2항의 규정에 의하여 설립된 항만공사

   40.「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조제10호의 규정에 의한 공공부문중 도로의 건설이나 운영에 대한 전문성을 보유한 법인과 장기적 투자자금을 제공하는 재무적 투자자가 각각 100분의 40 이상을 공동으로 출자하여 설립된 동조제7호의 사업시행자

   41.「중소기업협동조합법」에 따른 중소기업중앙회

   43.「국세기본법」제46조의2에 따른 국세납부대행기관

   44.「국제경기대회 지원법」에 따라 설립된 조직위원회로서 기획재정부장관이 효율적인 준비와 운영을 위하여 필요하다고 인정하여 고시하는 조직위원회

   45.「2011대구세계육상선수권대회, 2013충주세계조정선수권대회, 2014인천아시아경기대회, 2014인천장애인아시아경기대회 및 2015광주하계유니버시아드대회 지원법」제3조에 따른 2014인천아시아경기대회조직위원회, 2014인천장애인아시아경기대회조직위원회 및 2015 광주하계유니버시아드대회조직위원회

   46.「건설산업기본법」제50조에 따라 설립된 건설업자단체인 대한건설협회

   47.「한국환경공단법」에 따른 한국환경공단

   48.「도로교통법」제120조에 따른 도로교통공단

   49.「지방회계법 시행령」제62조제3호에 해당하는 자

   52.「2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회 지원 등에 관한 특별법」제5조에 따른 2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회 조직위원회

   53. ⁠「포뮬러원 국제자동차경주대회 지원법」제4조에 따른 포뮬러원국제자동차경주대회조직위원회

   54.「2015세계물포럼 지원 특별법」제3조에 따른 2015세계물포럼조직위원회

   55.「2015경북문경세계군인체육대회 지원법」제3조에 따른 2015경북문경세계군인체육대회조직위원회

   56.「수입인지에 관한 법률」제9조제2항에 따라 전자수입인지의 관리와 판매계약의 체결 등에 관한 업무를 위탁받은 전문기관

 ○ 의료법 제2조【의료인】

  ① 이 법에서 "의료인"이란 보건복지부장관의 면허를 받은 의사·치과의사·한의사·조산사 및 간호사를 말한다.

 ○ 산업재해보상보험법 제1조【목적】

  이 법은 산업재해보상보험 사업을 시행하여 근로자의 업무상의 재해를 신속하고 공정하게 보상하며, 재해근로자의 재활 및 사회 복귀를 촉진하기 위하여 이에 필요한 보험시설을 설치ㆍ운영하고, 재해 예방과 그 밖에 근로자의 복지 증진을 위한 사업을 시행하여 근로자 보호에 이바지하는 것을 목적으로 한다.

 ○ 산업재해보상보험법 제10조【근로복지공단의 설립】

  고용노동부장관의 위탁을 받아 제1조의 목적을 달성하기 위한 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 근로복지공단(이하 "공단"이라 한다)을 설립한다.

 ○ 산업재해보상보험법 제11조【공단의 사업】

  ① 공단은 다음 각 호의 사업을 수행한다.

   5의2. 업무상 재해를 입은 근로자 등의 진료ㆍ요양 및 재활

   5의5. 근로자 등의 건강을 유지ㆍ증진하기 위하여 필요한 건강진단 등 예방 사업

   7. 그 밖에 정부로부터 위탁받은 사업

   8. 제5호ㆍ제5호의2부터 제5호의5까지ㆍ제6호 및 제7호에 따른 사업에 딸린 사업

  ② 공단은 제1항제5호의2부터 제5호의5까지의 사업을 위하여 의료기관, 연구기관 등을 설치ㆍ운영할 수 있다.

 ○ 산업재해보상보험법 제25조【업무의 지도ㆍ감독】

  ① 공단은 대통령령으로 정하는 바에 따라 회계연도마다 사업 운영계획과 예산에 관하여 고용노동부장관의 승인을 받아야 한다.

  ② 공단은 회계연도마다 회계연도가 끝난 후 2개월 이내에 사업 실적과 결산을 고용노동부장관에게 보고하여야 한다.

  ③ 고용노동부장관은 공단에 대하여 그 사업에 관한 보고를 명하거나 사업 또는 재산 상황을 검사할 수 있고, 필요하다고 인정하면 정관을 변경하도록 명하는 등 감독상 필요한 조치를 할 수 있다.

 ○ 석면피해구제법 제31조【석면피해구제분담금】

  ① 환경부장관은 이 법에 따른 구제급여의 지급 등에 드는 재원을 확보하기 위하여 다음 각 호의 자에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 석면피해구제분담금(이하 "분담금"이라 한다)을 징수하여 기금에 납입하여야 한다.

   1.「산업재해보상보험법」에 따른 산업재해보상보험의 보험관계가 성립되어 있는 모든 사업 또는 사업장의 사업주

   2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 자

 ○ 석면피해구제법 제47조【조사 및 지원】

  ① 환경부장관은 이 법에 따른 업무의 효과적인 수행을 위하여 필요한 조사 및 연구를 할 수 있다.

  ② 환경부장관과 지방자치단체의 장은 석면으로 인한 건강피해가 우려되거나 의심되는 다음 각 호의 지역에 거주하였거나 거주 중인 사람 또는 그 밖에 대통령령으로 정하는 사람에 대하여 석면 관련 건강영향조사 등을 할 수 있다.

   1. 석면광산이 운영되었던 지역

   2. 석면 및 석면함유제품을 다량으로 제조ㆍ사용한 사업장이 운영되었던 지역

   3. 그 밖에 환경부령으로 정하는 지역

  ③ 환경부장관은 제2항에 따른 조사를 원활히 수행하기 위하여 필요하다고 인정하면 제44조제1항 각 호에 따른 의료기관을 석면환경보건센터로 지정하고, 건강영향 조사비용 등을 지원할 수 있다.

  ④ 제3항에 따른 석면환경보건센터 지정 방법ㆍ절차, 지원조건 및 그 밖에 필요한 사항은 환경부령으로 정한다.

 ○ 석면피해구제법 제51조【권한의 위임ㆍ위탁】

  이 법에 따른 환경부장관의 권한은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 일부를 소속 기관의 장 또는 시ㆍ도지사 및 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 위임할 수 있으며, 제31조에 따른 분담금의 부과ㆍ징수에 관한 사무를「산업재해보상보험법」에 따른 근로복지공단 및「국민건강보험법」에 따른 국민건강보험공단에 위탁할 수 있다.

 ○ 석면피해구제법 시행령 제45조【업무의 위탁】

  ① 환경부장관이 법 제26조제5항에 따라 공단에 위탁하는 업무는 다음 각 호와 같다.

   1. 법 제25조제1호에 따른 구제급여의 지급

   2. 법 제25조제6호에 따른 석면피해 예방을 위한 사업

   3. 법 제26조제2항제1호부터 제5호까지에 따른 기금 관리·운영에 관한 사항

  ② 환경부장관은 법 제51조에 따라 분담금의 부과·징수에 관한 사무를「산업재해보상보험법」에 따른 근로복지공단 및「국민건강보험법」에 따른 국민건강보험공단에 위탁한다.

 ○ 한국환경공단법 제17조【업무의 위탁】

  ① 공단은 다음 각 호의 사업을 한다.

   16. 석면피해 구제ㆍ예방 및 석면안전관리 사업

출처 : 국세청 2018. 01. 16. 사전-2017-법령해석부가-0837[법령해석과-135] | 국세법령정보시스템