요지

사회복지법인이 수익사업에서 발생한 소득의 50%를 고유목적사업준비금으로 손금산입한 경우, 해당 사회복지법인이 지급하는 인건비에 대해 법인령§56⑪은 적용되지 아니함

회신

귀 서면질의의 경우, 기획재정부 해석(기획재정부 법인세제과-268, 2024.5.14.)을 참고하시기 바랍니다.

1. 사실관계

 ○질의법인은 조특법§74①(2)에서 규정하고 있는 ｢사회복지사업법｣에 따른 사회복지법인임

 ○비영리법인이 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액은 ｢고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액｣에 해당하는 것이나(법인령§56⑥)

  - ｢조특법§74①(2)에 해당하여 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 50%*를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하는 비영리법인｣에 대해서는 인건비 제한규정이 적용됨으로써(법인령§56⑪(2))

   * 사회복지법인의 경우 ｢수익사업에서 발생한 소득 전액｣을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있음(조특법§74①)

  - 8천만원(연간 임직원별)을 초과하는 인건비의 경우 ｢그 초과하는 금액｣은, 고유목적사업에 지출한 금액으로 보지 아니하고, 다만 주무관청의 승인을 받은 경우에는 인건비 제한규정이 적용되지 않음

 ○질의법인은 수익사업에서 발생하는 소득의 50%를 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 예정이며, 해당 사업연도에 8천만원을 초과하여 직원인건비를 지급할 예정임(주무관청의 승인을 받지 않음)

2. 질의요지

 ○사회복지법인이 수익사업에서 발생한 소득의 50%를 고유목적사업준비금으로 손금산입한 경우, 해당 사회복지법인이 지급하는 인건비에 대해 법인령§56⑪(이하 ⁠‘인건비 제한규정’)이 적용되는지

3. 관련 법령

○ 법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

 1. 다음 각 목의 금액

  가. ｢소득세법｣ 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

  나. ｢소득세법｣ 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, ｢상속세 및 증여세법｣ 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

  다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

 2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(｢공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률｣에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액(제5호의 경우에는 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 금액을 말하며, 이하 이 조에서 같다)은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

 1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

 2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

 3. 법인으로 보는 단체가 ｢국세기본법｣ 제13조제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

 4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

 5. 고유목적사업준비금을 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 경우

⑥ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 그 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입할 수 있다. 이 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 본다.

⑦ 제5항제4호ㆍ제5호 및 제6항에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑥ 법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

 1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

⑪ 해당 사업연도에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 임원 및 직원이 지급받는 ｢소득세법｣ 제20조제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(이하 "총급여액"이라 하며, 해당 사업연도의 근로기간이 1년 미만인 경우에는 총급여액을 근로기간의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 개월 수는 태양력에 따라 계산하되, 1개월 미만의 일수는 1개월로 한다)이 8천만원을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 제6항제1호에 따른 인건비로 보지 아니한다. 다만, 해당 법인이 해당 사업연도의 법 제60조에 따른 과세표준을 신고하기 전에 해당 임원 및 종업원의 인건비 지급규정에 대하여 주무관청으로부터 승인받은 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 법 제29조제1항제2호에 따라 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인

 2. ｢조세특례제한법｣ 제74조제1항제2호 및 제8호에 해당하여 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인

○ 조세특례제한법 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 ｢법인세법｣ 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당하고, 제6호의 체육단체의 경우에는 국가대표의 활동과 관련된 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

  가. ｢사립학교법｣에 따른 학교법인

  나. ｢산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률｣에 따른 산학협력단

  다. ｢평생교육법｣에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 ｢민법｣ 제32조에 따른 비영리법인

  라. ｢국립대학법인 서울대학교 설립ㆍ운영에 관한 법률｣에 따른 국립대학법인 서울대학교 및 발전기금

  마. 삭제

  바. ｢국립대학법인 인천대학교 설립ㆍ운영에 관한 법률｣에 따른 국립대학법인 인천대학교 및 발전기금

 2. ｢사회복지사업법｣에 따른 사회복지법인

 8. ｢공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률｣에 따라 설립된 법인으로서 해당 과세연도의 고유목적사업이나 ｢법인세법｣ 제24조제3항제1호에 따른 일반기부금에 대한 지출액 중 100분의 80 이상의 금액을 장학금으로 지출한 법인

출처 : 국세청 2024. 05. 16. 서면-2023-법규법인-0003 | 국세법령정보시스템