요지

「소득세법 시행령」제167조의3제1항제2호 각 목에 따른 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제155조 제20항 각 호의 요건을 모두 충족하는 해당 1주택(거주주택)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조 제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하는 것입니다

회신

귀 질의의 경우「소득세법 시행령」제167조의3제1항제2호 각 목에 따른 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제155조 제20항 각 호의 요건을 모두 충족하는 해당 1주택(거주주택)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조 제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하는 것이며,
거주주택이「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업으로 멸실되어 재건축완공 후 해당주택을 양도하는 경우에는 멸실된 주택 및 신축한 주택에서의 거주기간을 통산하는 것입니다

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

 ○ 사실관계

 -1988.09.30. 甲은 ⁠‘서울 성동구 하왕십리동 ○○○-○ ’ A토지 193㎡ 취득

  -2001.08.02. 甲은 상기 A토지 위에 소재하는 B주택 85.95㎡ 를 母로부터 증여로 취득

 -2015.02.02. 왕십리뉴타운 주택재개발사업 완공으로 甲은 C아파트(84.96㎡) 와 D아파트(59.95㎡) 2개를 분양 취득.

  - 2016.03.25 D아파트 세무서 및 ○○구청에 임대사업자 등록

 ※ 甲과 甲의 배우자는 C,D아파트 외 다른 주택을 소유하지 않으며,
B주택 거주사실 없음.

 ○ 질의내용

  D아파트를 주택임대사업자로 등록하여 임대중인 경우 C아파트 양도시 1세대 1주택 비과세 적용 요건

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것

나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)
② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
○ 소득세법 시행령 제155조【1세대 1주택의 특례】
① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조제1항제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다
(이하 생략)
제167조의3제1항제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.
1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것
2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것
1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 제20항을 적용한다.
1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다.
1. 납부할 양도소득세 계산식　거주주택 양도 당시 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보지 아니할 경우에 납부하였을 세액 - 거주주택 양도 당시 제20항을 적용받아 납부한 세액
2. 임대기간요건 산정특례
가. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 해당 임대기간요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의무호수를 임대하지 아니하게 된 때에는 해당 임대주택을 계속 임대하는 것으로 본다.
나. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업(이하 "주택재건축사업"이라 한다) 또는 같은 법에 따른 주택재개발사업(이하 "주택재개발사업"이라 한다)의 사유가 있는 경우에는 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간을 계산할 때 해당 주택의 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 아니한다.
제20항을 적용받으려는 자는 거주주택을 양도하는 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고서와 기획재정부령으로 정하는 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
1. 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제4항에 따른 임대사업자 등록증
2. 장기임대주택의 임대차계약서 사본
3. 임차인의 주민등록표 등본 또는 그 사본
4. 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 서류
제23항에 따라 신고서를 제출받은 납세지 관할 세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 하며, 신청인이 제1호의 서류 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 제출하도록 하여야 한다.
1. 주민등록표 등ㆍ초본
2. 거주주택의 토지ㆍ건축물대장 및 토지ㆍ건물 등기부 등본3. 장기임대주택의 등기부등본 또는 토지ㆍ건축물대장 등본
○ 소득세법 시행령 제167조의3【1세대3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】
① 법 제104조제4항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1.「수도권정비계획법」 제2조제1호의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그 밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

가. 광역시에 소속된 군 및 「지방자치법」 제3조제3항·제4항의 규정에 의한 읍·면

나. 수도권중 당해 지역의 주택보급률·주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 지역

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택

나. 유사사례 ⁠(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면-2016-부동산-5025, 2016.10.17

1. 「소득세법 시행령」 제155조 제19항에 따른 거주주택 특례를 적용할 때 거주주택이 멸실 등으로 재건축되는 경우로서 재건축 후 해당 주택을 양도하는 경우에는 멸실된 주택 및 신축한 주택에서의 실제 거주기간을 통산하여 거주기간을 계산하는 것입니다.

  2. 한편, 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 ⁠“임대기간요건” 이라 함)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 「소득세법 시행령」제155조제19항에 따른 거주주택 특례을 적용받을 수 있는 것이나, 거주주택 특례를 적용받은 후에 임대기간요건을 충족하지 못하게 된(임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6개월을 지난 경우 포함) 때에는 같은 조 제21항에 따라 양도소득세를 신고・납부하는 것입니다

○ 부동산납세과-365, 2014.05.22

「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 제2호 각 목에 따른 장기임대주택과 같은 영 제155조제19항 각 호의 요건을 모두 갖춘 거주주택을 소유하고 있는 1세대가 거주주택을 양도할 경우 같은 영 제154조제1항에 따른 1세대1주택 비과세 적용을 받을 수 있는 것임

  ○ 서면-2015-부동산-22586, 2015.03.13

   ⁠「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」제6조에 따른 임대사업자 등록(이하 ⁠“사업자등록 등”이라 함)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 「소득세법 시행령」제167조의 3제1항제2호각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 ⁠“장기임대주택”이라 함)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제155조제19항각호의 요건을 모두 충족하고 해당 1주택(이하 ⁠“거주주택”이라 함)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항에 따른 1세대 1주택 비과세를 적용하는 것입니다.

출처 : 국세청 2018. 01. 24. 서면-2017-부동산-3143[부동산납세과-114] | 국세법령정보시스템