요지

신기술사업투자조합이 신기술사업자에 출자함으로써 주식 또는 출자지분을 취득하지 못한 경우에는「조세특례제한법」제14조제1항제3호에 따른 특례규정을 적용하지 않는 것임

답변내용

신기술사업투자조합이 신기술사업자에「조세특례제한법」제13조제2항 각 호의 해당하는 방법으로 취득한 주식 또는 출자지분의 양도로 발생하는 소득은「조세특례제한법」제14조제1항제3호에 따른 특례규정을 적용하는 것입니다.
다만, 귀 사전답변의 사실관계와 같이 개인이 신기술사업투자조합에 출자하였으나 신기술사업투자조합이 신기술사업자에 출자함으로써 주식 또는 출자지분을 취득하지 못한 경우에는「조세특례제한법」제14조제1항제3호에 따른 특례규정을 적용하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

○ ’21.10.05. 신청인은 신기술사업투자조합에 00억원 출자하여 조합의 000좌를 보유

  - 신기술사업투자조합은 신기술사업자의 전환사채를 투자

 ○ ’23.01.19. 상기 신기술사업투자조합의 출자지분을 일부 양도하여 양도차익 발생

  - 신기술사업투자조합은 신기술사업자의 전환사채로 보유

2. 질의요지

 ○ 개인이 신기술사업투자조합을 통해 신기술사업자의 전환사채를 취득한 경우에도「조세특례제한법」제14조제1항제3호 특례적용이 가능한지

3. 관련 법령

 ○ 조세특례제한법 제13조【벤처투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다.

  1.「벤처투자 촉진에 관한 법률」에 따른 벤처투자회사(이하 "벤처투자회사"라 한다) 및 창업기획자(이하 "창업기획자"라 한다)가 ⁠「중소기업창업 지원법」에 따른 창업기업(이하 "창업기업"이라 한다), 벤처기업 또는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 신기술창업전문회사(「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업에 한정한다. 이하 "신기술창업전문회사"라 한다)에 2025년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  2.「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)가 ⁠「기술보증기금법」에 따른 신기술사업자(이하 "신기술사업자"라 한다), 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2025년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  3. 벤처투자회사, 창업기획자, 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제50조제1항제5호에 따른 ⁠「상법」상 유한회사(이하 이 조에서 "벤처기업출자유한회사"라 한다) 또는 신기술사업금융업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 "창투조합등"이라 한다)을 통하여 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2025년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  가.「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 개인투자조합(이하 "개인투자조합"이라 한다) 및 같은 법 제2조제11호에 따른 벤처투자조합(이하 "벤처투자조합"이라 한다)

  나. 삭제

  다.「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)

  라.「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력 강화 및 공급망 안정화를 위한 특별조치법」에 따른 전문투자조합(이하 "전문투자조합"이라 한다)

  마.「농림수산식품투자조합 결성 및 운용에 관한 법률」에 따른 농식품투자조합(이하 "농식품투자조합"이라 한다)

  4. 기금을 관리ㆍ운용하는 법인 또는 공제사업을 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "기금운용법인등"이라 한다)이 창투조합등을 통하여 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2025년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  5. 벤처투자회사 또는 신기술사업금융업자가 코넥스시장(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 및 같은 법 시행령에 따른 코넥스시장을 말한다)에 상장한 중소기업(이하 이 조, 제16조의2, 제46조의7 및 제117조에서 "코넥스상장기업"이라 한다)에 2025년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  6. 벤처투자회사, 벤처기업출자유한회사 또는 신기술사업금융업자가 창투조합등을 통하여 코넥스상장기업에 2025년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  7.「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제12호에 따른 민간재간접벤처투자조합(이하 "민간재간접벤처투자조합"이라 한다)의 업무집행조합원으로서 대통령령으로 정하는 자가 민간재간접벤처투자조합을 통하여 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2025년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

 ② 제1항제1호부터 제4호까지 및 제7호를 적용할 때 출자는 벤처투자회사, 창업기획자, 벤처기업출자유한회사ㆍ신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등은 직접 또는 창투조합등을 통하여, 민간재간접벤처투자조합의 업무집행조합원은 민간재간접벤처투자조합을 통하여 각각 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 한다. 다만, 제1호부터 제4호까지의 규정의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

  1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

  2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자(有償增資)하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

  3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입(轉入)하는 방법

  4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법

  5. 제2호에 따라 유상증자의 증자대금을 납입한 날부터 6개월 이내에 제16조제1항에 따라 거주자가 소득공제를 적용받아 소유하고 있는 해당 유상증자 기업의 주식 또는 출자지분으로서 해당 거주자의 출자일 또는 투자일부터 3년이 지난 것을 매입하는 방법. 다만, 제2호에 따라 납입한 증자대금의 100분의 30을 한도로 한다.

○ 조세특례제한법 제14조【창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는「소득세법」제94조제1항제3호를 적용하지 아니한다. 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3ㆍ제3호부터 제6호까지 및 제8호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

  1. 벤처투자회사 또는 ⁠「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  2. 벤처투자조합이 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2의2. 민간재간접벤처투자조합이 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2의3. 농식품투자조합이 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  3. 신기술사업투자조합이 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(개인투자조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

  5. 창업기획자에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  6. 전문투자조합이 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  7.「증권거래세법」 제3조제1호나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식(「소득세법」 제104조제1항제11호가목의 대주주가 아닌 자가 양도하는 것으로 한정한다)

  8.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제117조의10에 따라 온라인소액투자중개의 방법으로 모집하는 창업 후 3년 이내의 기술우수중소기업 등 대통령령으로 정하는 기업에 출자함으로써 취득한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

출처 : 국세청 2024. 06. 20. 사전-2023-법규재산-0587 | 국세법령정보시스템