요지

사업자가 과․면세사업에 공통으로 사용되는 감가상각자산을 취득하면서 관련한 매입세액을 안분계산하고 이후 과세기간에 과세사업으로 전환함에 있어 재계산하는 과세기간의 면세공급가액 비율과 취득일이 속하는 과세기간에 적용하였던 비율 간의 차이가 5% 이상인 경우 당초 안분계산한 공통매입세액은 부가법 §41 및 같은 법 시행령 §83에 따라 납부세액을 재계산하는 것임

회신

과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 ｢소득세법 시행령｣ 제62조제2항에 따른 감가상각자산을 취득하면서 발생한 매입세액을 ｢부가가치세법｣ 제40조 및 같은 법 시행령 제81조에 따라 안분계산하고 이후 과세기간에 과세사업으로 전환한 경우로서, 공통매입세액의 안분계산에 따라 매입세액이 공제된 후 공통매입세액 안분기준에 따른 비율과 감가상각자산의 당초 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때는 그 재계산한 과세기간)에 적용되었던 공통매입세액 안분기준에 따른 비율이 5퍼센트 이상 차이가 나는 경우 당초 안분계산한 공통매입세액은 같은 법 제41조 및 같은 법 시행령 제83조에 따라 재계산하는 것입니다.

 질의요지

 ○ 사업자가 과․면세사업에 공통으로 사용되는 자산을 취득하면서 관련한 매입세액을 안분계산하고 이후 과세기간에 과세사업으로 전환하는 경우 당초 안분계산한 공통매입세액의 재계산방법 문의

 사실관계

 ○ 사업자(이하 ⁠“질의인”)는 과세사업과 면세사업을 겸영하는 마트업 운영 사업자로 ’22.1기 중에 사업용 건물을 매입하고 부가가치세 신고시 공통매입세액을 안분계산하여 신고함

 ○ 질의인은 ’22.11월 업종을 겸영사업(마트)에서 과세사업(부동산임대업)으로 전환하면서 당초 면세사업과 관련하여 공제받지 못한 매입세액에 대하여 공제세액을 계산하는 경우

  - ｢부가가치세법｣ 제41조(공통매입세액 재계산)를 적용하여야 하는지 또는 같은 법 제43조(과세전환시 매입세액공제 특례)를 적용하여야 하는지에 어려움이 있음

 관련법령

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

  사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 제41조 【공통매입세액 재계산】

  감가상각자산에 대하여 공통매입세액의 안분계산에 따라 매입세액이 공제된 후 공통매입세액 안분기준에 따른 비율과 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때는 그 재계산한 과세기간)에 적용되었던 공통매입세액 안분기준에 따른 비율이 5퍼센트 이상 차이가 나면 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부세액 또는 환급세액을 다시 계산하여 제49조에 따른 해당 과세기간의 확정신고와 함께 관할 세무서장에게 신고ㆍ납부하여야 한다.

○ 부가가치세법 제43조【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】

  사업자는 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제83조 【납부세액 또는 환급세액의 재계산】

  ① 법 제41조에 따른 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제38조제1항, 이 영 제81조 및 제82조에 따라 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 해당 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산하였을 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율 간의 차이가 5퍼센트 이상인 경우에만 적용한다.

  ② 제1항에 따른 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 따라 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단을 준용한다.

   1. 건물 또는 구축물

  ③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 해당 취득일이 속하는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분하여 계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율에 따라 재계산하고, 해당 취득일이 속하는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율로 안분하여 계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율에 따라 재계산한다.

  ⑤ 제2항에 따른 경과된 과세기간의 수를 계산할 때 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 해당 재화가 제1항에 해당하게 된 경우에는 그 과세기간의 개시일에 해당 재화를 취득하거나 해당 재화가 제1항에 해당하게 된 것으로 본다.

○ 부가가치세법 시행령 제85조【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】

  ① 사업자가 법 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 법 제43조에 따라 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단을 준용한다.

   1. 건물 또는 구축물

  ⑤ 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비할 때에는 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 작성하여 각 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 소득세법 시행령 제62조 【감가상각액의 필요경비계산】

  ① 법 제33조제1항제6호에 따른 감가상각비(이하 "상각액"이라 한다)는 사업용 유형자산 및 무형자산(투자자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)의 상각액을 필요경비로 계상한 경우에 각 과세기간마다 감가상각자산별로 관할세무서장에게 신고한 방법에 따라 계산한 금액(이하 "상각범위액"이라 한다)을 한도로 하여 이를 소득금액을 계산할 때 필요경비로 계상한다. 이 경우 해당 과세기간 중에 사업을 개시하거나 폐업한 경우 또는 해당 과세기간 중에 감가상각자산을 취득 또는 양도한 경우에는 상각범위액에 해당 과세기간 중에 사업에 사용한 월수를 곱한 금액을 12로 나누어 계산한 금액을 상각범위액으로 하며, 월수의 계산은 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다.

  ② 제1항에서 "감가상각자산"이란 해당 사업에 직접 사용하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산(시간의 경과에 따라 그 가치가 감소되지 아니하는 것을 제외한다)을 말한다.

   1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 유형자산

   가. 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물(이하 "건축물"이라 한다)(이하 생략)

○ 법인세법 시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】

  ① 법 제23조제1항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

  1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 유형자산

   가. 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물(이하 "건축물"이라 한다)

출처 : 국세청 2023. 05. 09. 서면-2022-법규부가-5730[법규과-1202] | 국세법령정보시스템