요지

지주회사의 주식을 상속하는 경우에는 처분에 해당하는 것으로 현물출자가액을 양도가액으로 하는 과세이연금액에 상당하는 세액을 납부해야 하는 것임

답변내용

내국법인의 주주인 거주자가 보유주식을 현물출자하고「조세특례제한법」제38조의2 제1항에 따라 현물출자로 발생한 양도차익에 상당하는 금액(이하“과세이연금액”)을 과세이연 받은 후, 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 상속하는 경우에는 과세이연금액에 대한 양도소득세를 납부하여야 하는 것입니다.

1. 사실관계

○갑(피상속인)은 2001.12. 및 2002.9. 보유하고 있던 ㈜00 등 주식을 현물출자하여 지주회사 ㈜**의 주식(쟁점주식)을 취득하고 ｢조세특례제한법｣ 제38조의2에 따른 양도소득세 과세이연 과세특례를 적용 받음

○ 을(상속인)은 피상속인이 보유하고 있던 지주회사 주식 중 쟁점주식을 상속받음

2. 질의내용

○(질의1)｢조세특례제한법｣제38조의2의 요건을 충족한 주식을‘상속’하는 경우 과세이연 중단사유인‘처분’에 해당하는지 여부

○(질의2)상속이‘처분’에 해당하는 경우 양도소득세 신고 시 양도가액이 현물출자가액인지 여부

3. 관련법령

○조세특례제한법 제2조【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1.～6. ⁠(생략)

  7.“과세이연”이란 공장의 이전 등을 위하여 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 ⁠“종전사업용고정자산등”이라 한다)을 양도하고 그 양도가액으로 다른 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 ⁠“신사업용고정자산등”이라 한다)을 대체 취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다. 이하 이 호에서 ⁠“과세이연금액”이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도할 때 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보고 양도소득세를 과세하는 것을 말한다. 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 × ⁠(신사업용고정자산등의 취득가액 / 종전사업용고정자산등의 양도가액)

 (이 하 생 략)

○조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

①내국법인의 내국인 주주가 2018년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 ⁠“지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

 1.지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

  2.현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 ⁠“자회사”라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

② ⁠(생 략)

③내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 ⁠“현물출자등”이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

  1.제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만,「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

  2.전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

  3.자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

  4.지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

④(생략)

⑤제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항제3호ㆍ제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

⑥제1항부터 제5항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제35조의3【지주회사의 설립 등에 대한 법인세 과세특례】

①내국법인의 주주인 법인(내국법인 및「법인세법」제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 ⁠“현물출자등”이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(「법인세법」제52조제2항의 규정에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서“주식양도차익”이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

②제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 양도하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다.

 (이 하 생 략)

○조세특례제한법 시행령 제35조의4【지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례】

①내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는「법인세법」제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 ⁠“거주자등”이라 한다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서“주식과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

 ②～③ 삭제

 (이 하 생 략)

○조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것)

①내국법인의 주주(현물출자의 경우에는 내국인 주주에 한정한다)가 2012년 12월 31일까지 주식의 현물출자,「상법」제360조의2의 주식의 포괄적 교환 및 같은 법 제360조의15의 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 ⁠“현물출자등”이라 한다)에 따라「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 ⁠“지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우(주식의 포괄적 교환에 의하여「금융지주회사법」제2조제1항제1호에 따른 금융기관 및 금융업의 영위와 밀접한 관련이 있는 회사를 기존의 금융지주회사의 자회사로 편입시키는 경우를 포함한다) 그 현물출자등으로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자등으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

②(생 략)

③제1항 또는 제2항에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다. 이 경우 제3호 및 제4호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 양도소득세 또는 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

  1.제1항의 지주회사 또는 제2항의 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만,「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

  2.양도소득세의 과세를 이연받은 주주가 현물출자 등 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우

 3.전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

  4.전환지주회사의 발행주식총수 중 해당 주주 및 그 친족이 소유한 주식 수의 합계가 자기주식교환일(자기주식교환이 여러 차례에 걸쳐 이루어진 경우에는 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날부터 2년이 되는 날) 현재 가장 많은 경우 그 주주 및 그 친족(이하 이 항에서 ⁠“최대주주”라 한다)이 자기주식교환을 한 경우로서 그 최대주주가「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 자회사의 임원으로 취임하게 된 경우

④제1항에 따라 주식을 다른 금융지주회사의 지배를 받는 금융지주회사(이하 이 항에서 ⁠“중간지주회사”라 한다)에 이전하거나 중간지주회사의 주식과 교환함에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주가 2012년 12월 31일까지 그 주식교환 또는 주식이전의 대가로 받은 중간지주회사의 주식을 그 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환하는 경우 당초 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 제1항에도 불구하고 해당 주주가 그 주식교환의 대가로 받은 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다.

⑤제1항부터 제4항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제35조의4【지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례】(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것)

①내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는「법인세법」제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 ⁠“거주자등”이라 한다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자 또는 이전하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 ⁠“주식과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

②거주자등은 법 제38조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 주식과세이연금액중 해당 사유가 발생한 날 현재 양도하지 아니한 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식에 상당하는 금액에 현물출자 또는 자기주식교환 당시의「소득세법」제104조제1항의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다. 이 경우 법 제38조의2제3항제1호 단서를 적용할 때 이 영 제35조의3제6항을 준용한다.

③거주자등이 법 제38조의2제3항 각호외의 부분 후단의 규정에 의하여 양도소득세에 가산하여 납부하여야 하는 이자상당액은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

  1.법 제38조의2제3항제3호 또는 제4호에 해당되는 사유로 제2항에서 정하는 바에 따라 계산하여 납부하여야 하는 세액

  2.과세의 이연을 받은 과세연도의 종료일 다음날부터 법 제38조의2제3항제3호 또는 제4호의 사유가 발생한 과세연도 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

④법 제38조의2제4항에 따른 양도소득세의 과세의 이연에 관하여는 제1항을 준용한다. 이 경우 과세의 이연을 받는 금액은 제1항에 따라 과세의 이연을 받은 금액과 그 과세의 이연을 받은 중간지주회사의 주식을 해당 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환함으로써 발생한 양도차익의 합계액으로 하고, 그 중간지주회사의 주식과 교환함으로써 취득한 금융지주회사의 주식을 양도하는 때에 양도소득세를 과세한다.

⑤지주회사 또는 전환지주회사는 제1항에 따라 자법인의 주주인 거주자등의 현물출자등에 따른 주식과세이연금액에 대하여 양도소득세를 과세하지 아니한 경우 현물출자등으로 취득한 자법인의 주식을 자법인의 주주인 거주자등의 취득가액으로 취득한 것으로 한다. 이 경우 자법인의 주주인 거주자등의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

  1. 현물출자의 경우: 주주인 거주자등의 취득가액

  2.주식의 포괄적 교환 또는 이전의 경우: 제35조의2제10항에 따른 금액

 (이 하 생 략)

출처 : 국세청 2018. 12. 10. 사전-2018-법령해석재산-0673[법령해석과-3198] | 국세법령정보시스템