요지

비영리내국법인인 종교단체가 상가를 임대하고 임대료를 수취하는 경우와 유형자산의 처분으로 인해 발생하는 수입은 수익사업에 해당하는 것이나, 유형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우에는 수익사업에 해당하지 않는 것임

회신

비영리내국법인인 종교단체가 상가를 임대하고 임대료를 수취하는 경우와 유형자산의 처분으로 인해 발생하는 수입은 ⁠「법인세법」제4조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따라 수익사업에 해당하므로 법인세를 신고․납부할 의무가 있는 것입니다.
다만, 당해 유형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(「법인세법 시행령」제3조 제1항에 따른 수익사업은 제외)에 직접 사용한 유형자산을 양도하는 경우에는 수익사업에 해당하지 않는 것입니다.

1. 질의내용

○(질의1) 비영리내국법인인 종교단체가 상가를 증여받아 상가 임대소득이 발생하는 경우 법인세 신고․납부의무가 있는지 여부

○(질의2) 비영리내국법인인 종교단체가 증여받은 상가를 교회형편(교회 확장이나 교회 건축 등)에 의거 매각하는 경우 법인세 신고․납부의무가 있는지 여부

2. 사실관계

○질의법인은 교회 성도로부터 임대하고 있는 상가를 증여받을 예정임

3. 관련법령

○법인세법 제4조【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

② 제1항제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2.「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

3.「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6.「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

(이하생략)

○법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)ㆍ조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업

2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

(중간 생략)

② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

③ 법 제4조제3항제7호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 「소득세법」 제46조제1항에 따른 채권등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것은 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권등의 매각익에서 채권등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제1항제8호에 따른 사업에 귀속되는 채권등의 매매익을 제외한다.

4. 관련사례

○ 서면인터넷방문상담2팀-681, 2004.04.01.

귀 질의1의 경우 부가가치세 과세여부 등에 대한 우리청의 기 질의회신사례(부가46015-2772, 1993.11.26.)를 붙임과 같이 보내드리니 참고하시기 바랍니다.

질의2의 경우 주무관청에 등록된 종교단체가 고유목적사업을 위한 훈련원을 신축하였으나, 임대사업을 목적으로 그 신축 건물의 일부를 상가로 임대하는 경우에는 수익사업에 해당하므로 「법인세법」 제3조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 납세의무가 있는 것입니다.

○ 서면인터넷방문상담2팀-194, 2008.01.29.

귀 질의1)의 경우 비영리내국법인이 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 법인세법 시행령 제2조 제1항 각호의 사업을 제외한 사업의 경우에는 법인세법 제3조 제2항의 수익사업에 해당되는 것이며,

질의2)의 경우 비영리법인이 국가 등으로부터 출연금품의 형태로 지원받는 보조금 등을 ⁠「법인세법」제3조 제2항의 비영리법인의 수익사업에 해당하지 않는 고유목적 사업의 수행에 사용한 경우에는 당해 출연금품은 비영리법인의 수익사업 소득에 해당되지 아니하는 것이나, 국가 등으로부터 지원받은 출연금품을 ⁠「법인세법」제3조 제2항의 수익사업의 수행에 사용된 경우에는 그러하지 아니하는 것으로, 우리청 기 질의 회신문 서면상담2팀-1188, 2006.06.22 호를 참고하시기 바랍니다

○ 법인세과-50, 2010.01.15.

비영리내국법인이 고정자산을 처분하여 생기는 수입은 수익사업에 해당하는 것이나, 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외)에 직접 사용한 것은 수익사업에 해당되지 않는 것임

위에서 ⁠“3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용”이라 함은 처분일로부터 소급하여 3년 이상 중단 없이 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우를 말하는 것이므로, 보유기간 중 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 부득이한 사유발생은 동 규정 적용의 고려요소가 아님

○ 서이46012-10409, 2003.03.04.

귀 질의의 경우 사실관계 및 질의요지가 불분명하여 정확한 답변이 어려우나, 비영리법인의 고정자산 양도소득에 대한 법인세 과세여부 등에 대한 우리센터의 기 질의회신사례【서이46012-10352(2002.02.28.)】를 붙임과 같이 보내드리니 참고하시기 바랍니다.

※ 서이46012-10352, 2002.02.28

질의 1)의 경우, 비영리내국법인에 해당하고 수익사업을 영위하는 종교단체가 고유목적사업에 사용하지 않던 부동산을 양도하는 경우 법인세법 제3조 제2항 제5호에 의하여 고정자산의 처분으로 생긴 수입에 대한 소득에 대한 법인세와 법인세법 제55조의 2의 규정에 의하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부할 의무가 있는 것이며

○ 법인세과-411, 2009.04.08.

비영리내국법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(｢법인세법 시행령｣ 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업은 제외)에 직접 사용한 고정자산을 양도한 경우에는 ｢법인세법｣ 제3조제3항제5호 및 같은 법 시행령 제2조제2항의 규정에 따라 법인세를 과세하지 아니하는 것이며, 공부상 등기가 법인의 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 보는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항임

출처 : 국세청 2019. 10. 31. 서면-2019-법인-3361[법인세과-3114] | 국세법령정보시스템