요지

｢조세특례제한법｣ 제99조의4에 따른 1세대가 별도세대인 직계존속으로부터 같은 조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택과 다른 주택을 동일한 날 증여받은 경우에는 같은 조에 따른 과세특례가 적용되지 아니하는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 아래 ｢기획재정부 재산세제과-1093, 2023.09.15.｣를 참고하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 재산세제과-1093, 2023.09.15.
【질의】동일한 날에 직계존속으로부터 일반주택과 ｢조세특례제한법｣ 제99조의4 제1항제1호에 따른 농어촌주택을 증여받은 후 일반주택을 양도하는 경우, ｢조세특례제한법｣ 제99조의4에 따른 특례(이하 ⁠“쟁점특례”)를 적용받을 수 있는지 여부
 ⁠(제1안) 쟁점특례 적용 가능
 ⁠(제2안) 쟁점특례 적용 불가
【회신】｢조세특례제한법｣ 제99조의4에 따른 1세대가 별도세대인 직계존속으로부터 같은 조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택과 다른 주택을 동일한 날 증여받은 경우에는 같은 조에 따른 과세특례가 적용되지 아니 하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○2017.2.**. 甲은 직계존속으로부터 일반주택(A)과 조특법§99의4에 따른 농어촌주택(B)^*을 증여받음

 * B주택은 본건 쟁점 이외 조특법§99의4①(1)에 따른 농어촌주택의 다른 요건은 모두 충족하는 것으로 전제함

○2022.11.**. 甲은 일반주택(A)을 양도함

2. 질의내용

 ○동일한 날에 직계존속으로부터 일반주택과 ｢조세특례제한법｣ 제99조의4제1항제1호에 따른 농어촌주택을 증여받은 후 일반주택을 양도하는 경우, ｢조세특례제한법｣ 제99조의4에 따른 특례(이하 ⁠“쟁점특례”)를 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정된 것) 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 ⁠“1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2025년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 ⁠“농어촌주택등취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 ⁠“농어촌주택등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 ⁠“일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 ｢소득세법｣ 제89조제1항제3호를 적용한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 ⁠“농어촌주택”이라 한다)

   가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 ｢지방자치법｣ 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍․면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

    1) 수도권지역. 다만, ｢접경지역 지원 특별법｣ 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

    2) ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제6조에 따른 도시지역. 다만, ｢국가균형발전 특별법｣ 제2조제9호에 따른 인구감소지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

    3) ｢주택법｣ 제63조의2에 따른 조정대상지역

    4) ｢부동산 거래신고 등에 관한 법률｣ 제10조에 따른 허가구역

    5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

   나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(｢소득세법｣ 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

  2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 ⁠“고향주택”이라 한다)

   가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것

   나. 취득 당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역(다음의 지역은 제외한다)에 소재할 것

    1) 수도권지역

    2) ｢주택법｣ 제63조의2에 따른 조정대상지역

    3) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

   다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(｢소득세법｣ 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

○ 조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 ⁠“1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2022년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 ⁠“농어촌주택등취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 ⁠“농어촌주택등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 ⁠“일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 ｢소득세법｣ 제89조제1항제3호를 적용한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 ⁠“농어촌주택”이라 한다)

   가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 ｢지방자치법｣ 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍․면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

    1) 수도권지역. 다만, ｢접경지역 지원 특별법｣ 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

    2) ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제6조에 따른 도시지역

    3) ｢주택법｣ 제63조의2에 따른 조정대상지역

    4) ｢부동산 거래신고 등에 관한 법률｣ 제10조에 따른 허가구역

    5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

   나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(｢소득세법｣ 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

  2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 ⁠“고향주택”이라 한다)

   가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것

   나. 취득 당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역(다음의 지역은 제외한다)에 소재할 것

    1) 수도권지역

    2) ｢주택법｣ 제63조의2에 따른 조정대상지역

    3) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

   다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(｢소득세법｣ 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

○ 조세특례제한법 시행령 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대”란 ｢소득세법｣ 제88조제6호에 따른 1세대를 말한다.

 ②법 제99조의4제1항제1호가목1)부터 4)까지 외의 부분에서 ⁠“대통령령으로 정하는 동”이란 별표 12에 따른 시 지역에 속한 동으로서 보유하고 있던 일반주택이 소재하는 동과 같거나 연접하지 아니하는 동을 말한다.

 ③ 법 제99조의4제1항제1호가목1) 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 지역”이란 다음 각 호에 모두 해당하는 지역으로서 부동산가격동향 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 지역을 말한다.

  1. ｢접경지역 지원 특별법｣ 제2조제1호에 따른 접경지역

  2. ｢국가균형발전 특별법｣ 제2조제9호에 따른 인구감소지역

 ④ 법 제99조의4제1항제1호가목2) 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 지역”이란 다음 각 호에 모두 해당하는 지역으로서 부동산가격동향 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 지역을 말한다.

  1. ｢국가균형발전 특별법｣ 제2조제9호에 따른 인구감소지역

  2. ｢기업도시개발 특별법｣ 제2조제2호에 따른 기업도시개발구역

 ⑤ 법 제99조의4제1항제1호가목5) 및 같은 항 제2호나목3)에서 ⁠“대통령령으로 정하는 지역”이란 ｢관광진흥법｣ 제2조에 따른 관광단지를 말한다.

○ 조세특례제한법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33264호로 개정되기 전의 것) 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대”란 ｢소득세법｣ 제88조제6호에 따른 1세대를 말한다.

 ②법 제99조의4제1항제1호가목1)부터 4)까지 외의 부분에서 ⁠“대통령령으로 정하는 동”이란 별표 12에 따른 시 지역에 속한 동으로서 보유하고 있던 일반주택이 소재하는 동과 같거나 연접하지 아니하는 동을 말한다.

 ③ 법 99조의4제1항제1호가목(1) 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 지역”이란 경기도 연천군, 인천광역시 옹진군 및 그 밖에 지역특성이 이와 유사한 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역을 말한다.

 ④ 법 제99조의4제1항제1호가목5) 및 같은 항 제2호나목3)에서 ⁠“대통령령으로 정하는 지역”이란 ｢관광진흥법｣ 제2조에 따른 관광단지를 말한다.

 ⑤ 삭제

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 ⁠“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 ⁠“주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

   가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

   나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

○ 소득세법 시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 ⁠“대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 ｢주택법｣ 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 ⁠“조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

  1.～5. ⁠(생략)

 ⑨ 법 제89조제1항제3호의 규정을 적용함에 있어서 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우에는 당해 거주자가 선택하는 순서에 따라 주택을 양도한 것으로 본다.

출처 : 국세청 2023. 09. 19. 서면-2022-법규재산-5201[법규과-2421] | 국세법령정보시스템