요지

무증자합병 시 포합주식에 대하여 합병신주를 교부하지 않더라도 포합주식에 대하여 합병신주를 발행한 후 자기주식으로 소각되는 것과 그 실질이 동일함

회신

귀 질의 1,5의 경우, 아래 질의회신을 참고하시기 바랍니다.
○ 서면-2019-법령해석법인-0084 ⁠(2019.7.19.)
완전모회사가「조세특례제한법」 제38조제2항(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것)에 따라 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전자회사의 주식을 장부가액으로 취득하여 과세특례를 적용받은 후 완전자회사를 합병하는 경우로서 합병법인이 보유하고 있던 피합병법인의 주식(이하 ⁠“포합주식”)에 대하여 합병신주를 교부하지 않는 경우 해당 포합주식에 대해 합병신주를 발행한 후 자기주식으로 소각되는 것과 그 결과는 실질적으로 동일하므로 합병법인이 취득한 피합병법인의 주식에 대하여 자산조정계정으로 손금에 산입한 금액은 ⁠「조세특례제한법 시행령」 제35조의2제9항(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것)에 따라 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것임
귀 질의 3,4의 경우「조세특례제한법 시행령」제35조의2 제1항에 따라 압축기장충당금을 손금에 산입한 완전자회사의 주주인 법인이 완전모회사의 주식을 처분하는 사업연도에 같은조 제2항에 따라 익금에 산입하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ A법인은 B법인과 C법인의 발행주식 총수를 보유하고 있는 지주회사로서

  - 2013년 ⁠「상법」제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환을 실시하여 A법인은 C법인 주식 전부를 B법인에게 양도하고 그 대가로 B법인 신주를 교부받았으며, 주식의 포괄적 교환 결과 C법인은 B법인의 완전자회사가 되었음

 ○ A법인(완전자회사의 주주)은 ⁠「조세특례제한법」제38조에 따라 B법인의 주식을 장부가액으로 회계처리하였고, 주식의 포괄적 교환에 따른 양도차익에 대해서 압축기장충당금을 설정하여 과세이연을 받았음

  ※ A법인 회계처리 및 세무조정내역

     (C법인 주식 시가 953억원, 장부가액 135억원, 차이금액 818억원)

   -〔회계처리〕 ⁠(차) B법인 주식 135억 ⁠(대) C법인 주식 135억원

   -〔세무조정〕 ⁠(익금산입) 주식의 포괄적 교환 818억 ⁠(유보)

                 (손금산입) 압축기장충당금 818억 ⁠(△유보)

 ○ 또한, B법인(완전모회사)은 주식의 포괄적교환을 통해 취득한 C법인(완전자회사) 주식에 대해 「조세특례제한법 시행령」제35조의2 제9항 규정에 따라 시가와 장부가액의 차이를 자산조정계정을 계상하였음

  ※ B법인 회계처리 및 세무조정내역

   -〔회계처리〕 ⁠(차) C법인 주식 135억 ⁠(대) 자본금 및 자본잉여금 135억원

   -〔세무조정〕 ⁠(익금산입) 주식의 포괄적 교환 818억 ⁠(유보)

                 (손금산입) 자산조정계정 818억 ⁠(△유보)

2. 질의내용

 ○(질의1) 완전모회사(B법인)가 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전자회사(C법인) 주식을 취득하여 과세특례를 적용받은 후 완전자회사(C법인)를 합병하는 경우로서 포합주식에 대하여 신주를 교부하지 않는 무증자합병을 하는 경우,

 - 자기주식으로 소각되는 경우에 해당하는 것으로 보아 당초 자산조정계정으로 손금산입한 금액을 익금에 산입하지 않을 수 있는지 여부

 ○(질의3, 질의4) 완전모회사(B법인)가 완전자회사(C법인)을 흡수합병하는 경우 또는 완전모회사(B법인)가 완전자회사(C법인) 주식을 외부에 매각하는 경우 ⁠(A법인은 B법인 주식을 계속 보유)

 - 완전자법인의 법인주주(A법인)가 당초 압축기장충당금을 손금산입하였던 금액을 익금에 산입해야 하는지 여부

 ○(질의5) 완전자회사의 법인주주(A법인)가 완전모회사(B법인)을 흡수합병하는 경우로서 포합주식에 대하여 신주를 교부하지 않는 무증자합병을 하는 경우

  - 자기주식으로 소각되는 경우에 해당하는 것으로 보아 당초 압축기장충당금으로 손금산입한 금액을 익금에 산입하지 않을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제38조【주식의 포괄적 교환･이전에 대한 과세 특례】(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것)

 ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

   1. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.

   2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환·이전대가를 받은 경우 그 교환·이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

   3. 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

 ② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 장부가액으로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전자회사 주식의 장부가액과 주식의 포괄적 교환·이전일 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입한다.

   1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우

   2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

 ③ 제1항제2호 및 제3호와 제2항제1호 및 제2호를 적용할 때 법령에 따라 불가피하게 주식을 처분하는 경우 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 주식양도차익의 계산, 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 완전자회사 주식의 장부가액의 산정방식, 주식의 포괄적 교환등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의2【자산의 포괄적 교환･이전에 대한 법인의 과세특례】(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것)

 ① 내국법인(이하 이 조에서 "완전자회사"라 한다)의 주주인 법인(내국법인 및 「법인세법」 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 다른 내국법인(이하 이 조에서 "완전모회사"라 한다)에 주식의 포괄적 교환 또는 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 상당하는 금액을 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 손금에 산입하는 금액은 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

   1. 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식의 가액, 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액(이하 이 조에서 "교환·이전대가"라 한다)에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사의 주식의 취득가액을 뺀 금액

   2. 제1호의 금액과 교환·이전대가로 받은 완전모회사의 주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액 중 작은 금액

 ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 법인이 완전모회사의 주식을 처분하는 사업연도에 다음 계산식에 따른 금액을 익금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사의 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.

 ⑦ 완전자회사의 주주에게 교환·이전대가로 받은 완전모회사의 주식을 교부할 때에는 제6항에 따른 주주에게 다음 계산식에 따른 금액 이상의 완전모회사의 주식을 교부하여야 한다.

 ⑧ 법 제38조제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 따른 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지 여부를 판정할 때 완전자회사가 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 보유하는 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 사업을 폐지한 것으로 본다.

 ⑨ 완전모회사는 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에 따라 완전자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전자회사의 주식의 가액을 주식의 포괄적 교환·이전일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 완전자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 계산식에 따른 금액을 해당 주식을 처분하는 사업연도에 익금 또는 손금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다.

 ⑩ 제9항에 따른 완전자회사의 주식의 장부가액 합계액은 다음 각 호의 금액을 합한 금액으로 한다.

   1. 제6항에 따른 주주 및 지분비율이 100분의 1 이상인 주주가 보유하던 주식: 「소득세법」 제97조제1항제1호에 따른 취득가액

   2. 제1호의 주주 외의 주주가 보유하던 주식: 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 완전자회사의 순자산장부가액에 해당 주주의 지분비율을 곱한 금액

 ⑪ 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

 ⑫ 완전모회사가 법 제38조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제9항에 따라 계상한 자산조정계정의 잔액(잔액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 잔액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)을 익금에 산입한다. 이 경우 제9항에 따라 계상한 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다.

 ⑬ 법 제38조제3항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 법 제38조제1항제2호 및 같은 조 제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 완전모회사 및 제6항에 따른 주주가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

   2. 법 제38조제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 완전자회사가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

 ⑭ 법 제38조제1항을 적용받으려는 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 완전모회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 주식의 포괄적 교환등 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑮ 법 제38조제2항을 적용받으려는 완전모회사는 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 자산조정계정 명세서 및 완전자회사 주식의 장부가액 합계액 계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 상법 제360조의2【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】

 ① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 "완전모회사"라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 "완전자회사"라 한다.

 ② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 "주식교환"이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받거나 그 회사 자기주식의 이전을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.

4. 관련사례

○ 서면-2019-법령해석법인-0084, 2019.7.19.

  완전모회사가「조세특례제한법」 제38조제2항(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것)에 따라 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전자회사의 주식을 장부가액으로 취득하여 과세특례를 적용받은 후 완전자회사를 합병하는 경우로서 합병법인이 보유하고 있던 피합병법인의 주식(이하 ⁠“포합주식”)에 대하여 합병신주를 교부하지 않는 경우 해당 포합주식에 대해 합병신주를 발행한 후 자기주식으로 소각되는 것과 그 결과는 실질적으로 동일하므로 합병법인이 취득한 피합병법인의 주식에 대하여 자산조정계정으로 손금에 산입한 금액은 「조세특례제한법 시행령」 제35조의2제9항(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것)에 따라 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것임

○ 대법원2012두6247, 2014.7.24.

  합병법인이 피합병법인을 흡수합병할 때 보유하고 있던 피합병법인의 주식(이하 ’포합주식’이라 한다)을 소각하지 아니한 채 포합주식에 대하여 합병법인의 신주를 할당하여 이를 보유하다가 신주를 처분하지 않고 나중에 소각할 경우에 위 신주의 소각은 자본환급의 성질을 띤 자본거래에 해당한다. 합병법인이 피합병법인을 흡수합병할 때 보유하고 있던 포합주식에 대하여 합병법인의 신주를 할당하지 않고 전부 소각한 경우에도 시간적 간격이 있기는 하나 종국적인 효과에 있어서는 합병 후 신주를 할당하여 보유하다가 소각한 경우와 동일하다

  합병법인이 합병하면서 이미 보유한 모든 포합주식을 소각한 것은 포합주식 전부를 신주로 할당한 후에 신주를 소각한 경우와 동일하므로 합병을 통한 포합주식의 소각으로 발생한 차손익은 합병차손익으로 보는 것이 타당함

  법인세법 및 상법 등의 규정에 의하면 자본감소절차의 일환으로서 자기주식을 취득하여 소각하거나 회사합병으로 인하여 자기주식을 취득하여 처분하는 것은 자본의 증감에 관련된 거래로서 자본의 환급 또는 납입의 성질을 가지므로 자본거래로 봄이 상당하지만 그 외의 자기주식의 취득과 처분은 순자산을 증감시키는 거래임에 틀림이 없고, 그것은 법인세 과세대상인 자산의 손익거래에 해당한다(대법원 1995. 4. 11. 선고 94누21583 판결). 위 법리에 비추어 볼 때 합병법인이 합병 전에 취득한 포합주식은 합병으로 피합병법인이 소멸되므로 포합주식에 상응하는 신주가 발행하는 등으로 합병법인의 자기주식으로 변환될 것인데 그러하지 아니하고 이를 소각한 것은 자본환급의 성질을 가진다.

  따라서 원고 주장과 같이 장부상 지분법투자주식평가손실액 74억 93,512,380원이 있었다고 할지라도 합병과 동시에 원고가 보유한 ⁠(주)OO의 주식 전부를 소각한 것은 자본거래에 해당하므로 그 소각으로 발생한 손실은 손금산입의 대상이 되지 아니한다.

○ 재법인46012-67, 2001.3.24.

합병등기일 전에 피합병법인의 주식 100％를 보유한 합병법인이 피합병법인을 흡수합병하면서 합병신주를 발행치 아니한 경우는 합병신주를 발행한 후 소각하는 것과 그 결과는 실질적으로 동일하므로 법인세법 제44조 제1항의 요건을 갖춘 것으로 봄

○ 법인세과-315, 2010.3.31.

 합병법인이 합병신주를 교부하지 않는 방식으로 피합병법인을 합병(합병비율 1:0)하는 경우 합병 전 피합병법인 주식의 평가와 관련하여 손금에 산입하지 아니한 지분법평가손실 금액은 합병법인의 각사업연도 소득금액 계산시 동 금액을 손금에 가산(△유보)하고 손금불산입(기타) 처분하는 것임

○ 서면2팀-7, 2007.1.4.

 「법인세법」 제49조의 규정에 의한 합병시 자산ㆍ부채의 승계와 관련하여 합병법인이 보유하고 있는 피합병법인의 주식에 대하여 합병시 신주를 교부하지 않은 경우 합병전 당해 주식의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니한 금액에 대하여는 동 금액을 합병법인의 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 가산한 후 익금불산입(기타) 처분하는 것임

○ 서면2팀-152, 2006.01.18

 내국법인이 자회사를 흡수합병 함에 있어 합병법인이 보유하고 있는 피합병법인의 주식에 대하여 합병신주를 교부하지 않고 소각 처리하는 경우 합병 전 당해 주식의 평가와 관련하여 세무조정으로 익금불산입한 금액에 대하여 합병법인의 각 사업연도 소득금액 계산시 동 금액을 익금산입(유보) 및 익금불산입(기타)하는 것임.

○ 서면2팀-709, 2005.05.20

 합병법인이 포합주식에 대하여 신주를 교부하지 아니하여 소각함에 따라 생긴 자기주식소각손실은 자본거래로 손금불산입 사항으로서

 합병법인이 보유하고 있는 피합병법인의 주식에 대하여 합병시 신주를 교부하지 않은 경우 합병 전 당해 주식의 평가와 관련하여 손금에 산입하지 아니한 금액에 대하여 합병법인의 각사업연도 소득금액 계산시 동 금액을 손금에 가산(△유보)하고 손금불산입(기타, 잉여금 차감)처분하는 것임

출처 : 국세청 2020. 07. 29. 서면-2020-법인-2887[법인세과-2715] | 국세법령정보시스템