요지

귀 질의 1의 경우 기존 해석사례인 ⁠“사전-2017-법령해석재산-0506, 2017.09.19.”를 참고하시기 바랍니다.

회신

1. 귀 질의 1의 경우 기존 해석사례인 ⁠“사전-2017-법령해석재산-0506, 2017.09.19.”를 참고하시기 바랍니다.
○사전-2017-법령해석재산-0506, 2017.09.19.
2002.5.15. 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 ⁠「조세특례제한법」(2002.4.20. 법률 제6689호로 개정된 것) 제99조의3에 따른 신축주택을 2003.1.1. 이후 양도하는 경우 같은 조에 따른 감면 배제대상인 고가주택에 해당하는지 여부는 같은 법 부칙(제6762호, 2002.12.11.) 제29조에 따라 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 ⁠「소득세법 시행령」 제156조에서 규정하는 고급주택 기준을 적용하는 것으로
양도 당시 실지거래가액이 6억원을 초과하나 주택 전용면적(주거 전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터 미만인 신축주택은 ⁠「조세특례제한법」(2017.4.18. 법률 제14760호로 개정된 것) 제99조의3제1항에서 규정하는 감면 배제대상 고가주택에 해당하지 아니하는 것임
2. 귀 질의 2의 경우 ⁠「조세특례제한법」제99조의3 과세특례에 따른 감면주택은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제7호에 따라 중과배제할 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

  - ’01.12.26. 주택(A) 계약 및 계약금 납부

  - ’05. 6. 3. 주택(A) 취득(전용면적 114.88㎡)

  - ’23.00. 주택(A) 양도

2. 질의내용

  - 주택(A)의 양도가 조특법 §99의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】를 충족하여 감면적용, 중과배제, 장기보유특별공제를 적용 받을 수 있는지 여부

3. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2002.4.20. 법률 제6689호로 개정된 것)

 ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

  2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 ⁠“신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

   (이 하 생 략)

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】(2001.12.31. 법률 제6557호로 개정된 것)

  다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 ⁠“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다

   1.˜2. ⁠(생략)

   3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(거주용건물의 연면적・가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

   (이 하 생 략)

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

  1. 제94조제1항제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산

　제55조제1항에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60)

 ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

  1. 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

  2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

  3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

  4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

  ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

  ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

○ 소득세법 시행령 제156조【고급주택의 범위】(2002.3.30. 대통령령 제17555호로 개정된 것)

법 제89조제3호에서 ⁠“거주용건물의 연면적・가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

  1. ⁠(생략)

  2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

  (이 하 생 략)

4. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 사전-2017-법령해석재산-0733, 2018.01.24.

2002.5.15. 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 ⁠「조세특례제한법」(2002.4.20. 법률 제6689호로 개정된 것) 제99조의3에 따른 신축주택을 2003.1.1. 이후 양도하는 경우 같은 조에 따른 감면 배제대상인 고가주택에 해당하는지 여부는 같은 법 부칙(제6762호, 2002.12.11.) 제29조에 따라 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 「소득세법 시행령」제156조에서 규정하는 고급주택 기준을 적용하는 것으로

양도 당시 실지거래가액이 6억원을 초과하나 주택 전용면적(주거 전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터 미만인 신축주택은 ?조세특례제한법?(2017.4.18. 법률 제14760호로 개정된 것) 제99조의3제1항에서 규정하는 감면 배제대상 고가주택에 해당하지 아니하는 것임

 ○ 재산세과-1054, 2009.12.18.

 「조세특례제한법」제99조의 3 규정에 의하여 거주자가 2001.5.23. 부터 2003.6.30.까지(서울특별시, 과천시 및「택지개발촉진법」제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역의 경우 2002.12.31.까지)의 기간 중에 주택건설사업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하고 취득한 신축주택(매매계약일 현재 입주한 사실이 없는 주택을 말하며 분양권을 구입하여 취득한 주택은 제외)을 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면(5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감)하는 것임. 다만, 당해 신축주택이「소득세법」제89조 제1항 제3호 규정의 고가주택에 해당되는 경우에는 감면대상 신축주택에서 제외되는 것임

「조세특례제한법」 제99조의 3 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어 감면대상 신축주택에서 제외되는 고가주택이란 동법 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호) 제29조 제1항에 따라 면적기준(주택건설사업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 ⁠「소득세법 시행령」 제156조의 고급주택 기준)과 가액기준(양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과)을 모두 충족하는 경우를 말하는 것임. 이 경우 2001.05.23. 부터 2002.09.30. 사이에 주택건설사업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하여 취득한 신축 공동주택의 경우에는 양도당시 실지거래가액이 6억원을 초과하였다 하더라도 전용면적이 165제곱미터 미만인 경우에는 면적기준 미충족으로 고가주택에 해당하지 아니하는 것임

출처 : 국세청 2022. 09. 23. 서면-2021-부동산-8183[부동산납세과-2630] | 국세법령정보시스템