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제척기간 만료 사업연도의 세액공제액 이월공제 가능 여부

기준-2019-법령해석기본-0657[법령해석과-1634] · 2020. 05. 25.

질의 및 요약

Q질의내용

경정청구일 현재 부과제척기간이 만료된 사업연도의 당초 세액공제 신청 누락분이나 공제율 변경에 따라 증가되는 세액공제액을 제척기간이 경과되지 않은 이후 사업연도에 이월하여 공제받을 수 있는지 여부

S요약

부과제척기간이 만료된 사업연도에 세액공제 신청을 누락하였더라도, 당초부터 세액공제액이 발생한 경우에는 그 세액공제액을 제척기간이 남아 있는 사업연도에 이월하여 공제할 수 있음이 명확히 안내되었습니다. 이는 세액공제 적용이나 공제액 증가가 소급적용되어, 이월공제 요건 충족 시 제척기간 이내 사업연도에 한하여 공제 가능함을 확인한 것입니다.

#세액공제 이월 #부과제척기간 #경정청구 #법인세 #소득세 #조세특례제한법

핵심 정리

R회신 내용 기준-2019-법령해석기본-0657[법령해석과-1634] · 2020. 05. 25.

국세청 기준-2019-법령해석기본-0657[법령해석과-1634](2020.05.25) 회신에 따르면, 경정청구일 현재 부과제척기간이 만료된 사업연도라도 당초 신고시 세액공제를 누락하거나 공제율 변경으로 증가된 세액공제액이 있다고 보아 이월공제 적용이 가능합니다.
제척기간이 만료된 사업연도에서 발생한 이월공제 대상 세액공제액이 있다면, 조세특례제한법 제144조의 이월공제 규정에 따라 이후 제척기간이 경과되지 않은 사업연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 수 있습니다.
경정청구와 관련하여, 당초 세액공제를 신청하지 않았던 경우에도 세법상 세액공제 요건을 충족하고 납부세액이 없거나 최저한세 적용 등으로 인해 공제받지 못하여 이월공제 요건이 성립하는 경우라면, 그 금액을 이후 과세연도로 이월공제 처리가 가능합니다.
만약 기존 중소기업투자세액공제를 임시투자세액공제로 변경하여 증가된 세액공제액이 있었다 하더라도, 해당 이월공제액은 제척기간 이내 과세연도에 한해 적용 가능합니다.
다만, 부과제척기간이 이미 지난 해당 사업연도는 직접 경정청구가 불가하나, 이월공제 요건만 충족하면 이후 과세연도에는 공제권한이 인정되는 것으로 회신하였습니다.

L관련 법령 해석

국세기본법 제26조의2: 국세 부과의 제척기간은 각 호의 기간이 끝난 후 부과 불가. 제척기간 경과 시 해당연도 경정청구 등 권리 소멸
국세기본법 제45조의2: 과세표준신고 기한 후 5년 이내 경정청구 가능 요건 및 절차 규정
조세특례제한법 제144조: 공제받지 못한 세액은 5년(중소기업투자세액공제 경우 7년) 내 각 과세연도에 이월공제 가능
조세특례제한법 제5조: 중소기업투자세액공제의 요건·공제율 및 신청 의무 규정
조세특례제한법 제25조, 제26조: 안전설비·임시투자 등 투자 유형별 세액공제 요건 및 공제율 규정

사례 Q&A

1. 세액공제 신청을 누락한 사업연도의 세액공제액을 나중 연도에 이월공제할 수 있나요?

답변

경정청구일 현재 부과제척기간이 경과된 사업연도라도 그 세액공제 요건을 충족했다면, 제척기간이 남아 있는 이후 사업연도에는 이월공제가 가능합니다.

근거

국세청 회신과 조세특례제한법 제144조의 이월공제 규정이 근거가 됩니다.

2. 세액공제 유형을 변경해 공제액이 증가한 경우도 이월공제 가능한가요?

답변

기존에 받았던 중소기업투자세액공제 대신 임시투자세액공제를 적용하여 공제액이 늘어난 경우에도 조건 충족 시 이월공제가 가능합니다.

근거

국세청 회신에서 공제액 증가분도 이월공제 범위에 포함된다고 밝혔습니다.

3. 제척기간과 세액공제 이월공제의 관계는 무엇인가요?

답변

부과제척기간이 지난 연도는 직접 경정청구 불가지만, 해당 연도의 이월공제분은 제척기간이 남은 연도에 공제 가능합니다.

근거

국세기본법 제26조의2와 국세청 해석에서 이월공제 가능 범위를 명확히 하였습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

경정청구일 현재 제척기간이 경과된 사업연도에 대하여 당초 신고시 세액공제 신청을 누락하였더라도 당초부터 그 세액공제액이 있었음을 기초로 하여 제척기간이 경과되지 않은 그 이후 사업연도로 이월하여 공제받을 수 있는 것임

회신

1. 경정청구일 현재 부과제척기간이 만료된 사업연도에 대하여 당초 신고 시 ⁠「조세특례제한법」(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것) 제25조의 안전설비 투자 등에 대한 세액공제 신청을 누락한 경우로서, 당초 사업연도에 해당 세액공제를 신청하였더라도 납부할 세액이 없거나 같은 법 제132조에 따른 최저한세 적용 등으로 인해 이월되는 경우, 그 이월되는 세액공제액은 같은 법 제144조 ⁠‘세액공제액의 이월공제’ 규정에 따라 부과제척기간이 만료되지 아니한 사업연도에 공제할 수 있는 것입니다.
2. 경정청구일 현재 부과제척기간이 만료된 사업연도에 대하여 당초「조세특례제한법」(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것) 제5조의 중소기업투자세액공제를 받은 경우로서, 만약 해당 사업연도에 대하여 같은 법 제26조의 임시투자세액공제를 적용하였을 경우 증가되었을 세액공제액이 해당 사업연도에 납부할 세액이 없거나 같은 법 제132조에 따른 최저한세 적용 등으로 인해 이월되는 경우, 그 이월되는 세액공제액은 같은 법 제144조‘세액공제액의 이월공제’규정에 따라 부과제척기간이 만료되지 아니한 사업연도에 공제할 수 있는 것입니다.

○ 자문대상법인은 2009~2010 사업연도 법인세 신고 시 중소기업투자세액공제를 신청하였고, 2011~2013 사업연도 법인세 신고 시에는 세액공제 미신청

- 자문대상법인은 2009~2010 사업연도는 당초 중소기업투자세액공제보다 공제율이 높은 임시투자세액공제로 변경하고, 2011~2013 사업연도는 당초 누락한 세액공제를 적용함에 따라 증가될 세액공제액을 2014~2017사업연도로 이월하여 공제하여 줄 것을 경정청구하였음

※ 2009∼2013 사업연도는 공제가능세액 없음

2. 질의내용

○ ⁠(질의1) 경정청구일 현재 제척기간이 경과된 사업연도의 당초신고 시 신청누락한 세액공제를 제척기간이 경과되지 않은 그 이후 사업연도로 이월하여 공제받을 수 있는지 여부

○ ⁠(질의2) 경정청구일 현재 제척기간이 경과된 사업연도에 당초 적용한 세액공제와 다른 세액공제를 적용할 경우 증가될 세액공제액을 제척기간이 경과되지 않은 그 이후 사업연도로 이월하여 공제받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 국세기본법 제26조의2【국세 부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

② ~ ⑨ ⁠(생략)

○ 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② ~ ⑤ ⁠(생략)

○ 조세특례제한법 제144조【세액공제액의 이월공제】(2014.12.23. 법률 제12853호 개정 전)

① 제5조, 제7조의 2, ⁠(중략) 제126조의 7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항 ⁠(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득 ⁠(제126조의 6을 적용하는 경우에는「소득세법」제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다) 에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

② ⁠(생략)

○ 조세특례제한법 제5조【중소기업투자세액공제】(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것)

① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2009년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. ~ 3. ⁠(생략)

② ~ ③ ⁠(생략)

④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제26조【임시투자세액공제】(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것)

① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한하며, 이하 이 항에서 같다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2003년 7월 1일부터 2004년 12월 31일까지 투자한 금액에 대하여는 투자금액의 100분의 15에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다.

○ 조세특례제한법 제25조【안전설비 투자 등에 대한 세액공제】(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것)

① 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설 중 산업정책상 필요하다고 인정하여 대통령령으로 정하는 시설에 2012년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법에 관하여는 제11조제1항ㆍ제3항 및 제4항을 준용한다.

1. ~ 10. ⁠(생략)

② 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

출처 : 국세청 2020. 05. 25. 기준-2019-법령해석기본-0657[법령해석과-1634] | 국세법령정보시스템

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