요지

취득시 매입세액이 공제되지 아니한 건물의 일부를 과세사업에 사용하는 경우 과세ㆍ면세사업에 사용할 면적 등에 의하여 실지귀속이 분명한 경우에는 실지귀속에 따라 계산한 매입세액에 부가가치세법 시행령 제85조제1항제1호의 계산식을 적용하여 계산한 금액을 공제하는 것임

회신

귀 과세자문 신청의 경우 기획재정부의 해석(기획재정부 부가가치세제과-112, 2020.2.17.)을 참조하시기 바람

○ 기획재정부 부가가치세제과-112, 2020.2.17.
사업자가 ｢부가가치세법｣ 제39조제1항제7호에 따라 취득시 매입세액이 공제되지 아니한 건물의 일부를 과세사업에 사용하는 경우 과세‧면세사업에 사용할 면적 등에 의하여 실지귀속이 분명한 경우에는 실지귀속에 따라 계산한 매입세액에 같은 법 시행령 제85조제1항제1호의 계산식을 적용하여 계산한 금액을 공제하는 것이며 그 실지귀속을 알 수 없는 경우에 한하여 같은 법 시행령 제85조제3항을 적용하여 계산한 금액을 공제하는 것임

 ○ 자문대상법인은 부가가치세가 면제되는 보험업을 영위하는 법인으로 2014.6월 AA시 BB구 소재 건물(지하6층~지상23층)을 취득하며 건물분 매입세액 0,000백만원에 대하여 면세사업 관련 매입세액으로 불공제함

 ○ 자문대상법인은 본건 건물에서 보험업을 영위하며 건물 일부를 특수관계자에게 임대하고 2019.1기 과세기간에 임대면적비율이 건물 총면적의 5% 이상이 되자 면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환시 매입세액공제 특례규정에 따라 매입세액을 공제해달라며 경정청구 하였으며

  - 면세사업(보험업)과 과세사업(임대업)에 사용하는 면적이 각각 구분되므로 과세사업 사용면적 비율에 따라 안분한 매입세액을 과세사업에 실지 귀속되는 것으로 보아 부가령 §85①을 적용하여 공제 매입세액을 계산함

 ○ 자문대상법인은 임대인(보험업)과 임차인(텔러마케팅, 건물관리)의 고유업무가 달라 임대 층은 임차인이 전용하고 있음을 전제함

2. 질의내용

 ○ 면세사업자가 건물 취득시 매입세액 불공제한 건물 일부를 과세사업에 사용하는 경우로서 과‧면세 사용면적이 구분되는 경우 매입세액공제 특례규정 적용 방법

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   11. 금융‧보험 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제40조【면세하는 금융‧보험 용역의 범위】

  ① 법 제26조제1항제11호에 따른 금융‧보험 용역은 다음 각 호의 용역, 사업 및 업무에 해당하는 역무로 한다.

   8. ｢보험업법｣에 따른 보험업(보험중개‧대리와 보험회사에 제공하는 손해사정용역, 보험조사 및 보고용역을 포함하되, 보험계리용역 및 ｢근로자퇴직급여 보장법｣에 따른 연금계리용역은 제외한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

  사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

  ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

  ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

   3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

○ 부가가치세법 제43조【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】

  사업자는 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제85조【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】(본건 특례규정)

  ① 사업자가 법 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 법 제43조에 따라 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단을 준용한다.

   1. 건물 또는 구축물

  ② 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용하거나 소비하는 경우에 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 하되, 그 과세사업에 의한 과세공급가액이 총공급가액 중 5퍼센트 미만일 때에는 공제세액이 없는 것으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단을 준용한다.

   1. 건물 또는 구축물

  ③ 제2항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 그 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 취득 시 면세사업등과 관련하여 매입세액이 공제되지 아니한 건물에 대하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

   3. 총예정사용면적에 대한 과세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

  ⑤ 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비할 때에는 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 작성하여 각 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 부가가치세법 시행규칙 제57조【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 공제되는 매입세액의 안분 계산】

  영 제85조제2항 및 제4항에 따른 총공급가액은 면세사업등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용‧소비한 날이 속하는 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업등에 대한 수입금액의 합계액으로 한다.

출처 : 국세청 2020. 02. 19. 기준-2019-법령해석부가-0587[법령해석과-535] | 국세법령정보시스템