요지

장애인복지단체로서 ⁠「중증장애인생산품 우선구매 특별법」제2조 제2항에 따른 중증장애인생산품 생산시설을 운영하는 경우 해당 복지사업은 ⁠「법인세법 시행령」제3조 제1항 제4호에 따라 수익사업에 해당하지 아니하는 것임

회신

귀 질의1의 경우 비영리내국법인이 ⁠「장애인복지법」 제58조 제1항에 따른 장애인복지시설로서 같은 법 시행규칙 별표4에 열거하고 있는 장애인 근로사업장을 운영하는 경우 및
같은 법 제63조제1항에 따른 장애인복지단체로서 ⁠「중증장애인생산품 우선구매 특별법」제2조 제2항에 따른 중증장애인생산품 생산시설을 운영하는 경우 해당 복지사업은 ⁠「법인세법 시행령」제3조 제1항 제4호에 따라 수익사업에 해당하지 아니하는 것입니다.
귀 질의2,3의 경우 ⁠「법인세법」제4조 제1항에 따른 소득이 없는 비영리내국법인은 법인세를 납부할 의무가 없고 같은 법 제29조에 따른 고유목적사업준비금을 설정 할 수 없는 것이며,
법인세를 착오납부한 경우 ⁠「국세기본법」제51조 및 같은 법 시행령 제33조 제3항에 따라 환급청구를 할 수 있습니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 ⁠「장애인 복지법」제59조 제2항에 의한 장애인 근로사업장과 ⁠「중증장애인생산품 우선구매 특별법」제9조 및 같은 법 시행령 제17조 제6항에 따른 중증장애인 생산품 생산시설로 지정 받았으며,

- 장애인 복지시설 신고증(20XX년 00구청창), 중증장애인 생산품 생산시설 지정서(20XX년 00부장관), 사회적기업 인증서(20XX년 00부장관), 중소기업확인서(20XX년 00부장관)를 취득함

○ 질의법인이 생산한 제품은 ⁠‘장애인생산품 우선구매제도’를 활용하여 조달청 입찰 등을 통해 납품하고 있으며,

- 판매수익금은 생산현장 장애인근로자에 대한 급여 보전과 국고지원금 지원을 받지 못하는 비장애인 종사자에 대한 입금으로 지급되고, 생살신설 확충, 원·부재료 매입, 직업 재활훈련 프로그램을 위해 사용됨

○ 세법 해석 착오와 관공서 입찰 납품 서류 문제 등으로 지금까지 수익사업으로 법인세를 신고해왔고 매년 고유목적사업준비금을 설정하여 미이체된 잔액이 아직 일부 남아 있음(2019사업연도 법인세 신고·납부함)

- 질의법인 및 지점 사업장은 부가가치세법 상 과세사업자인 일반사업자로 세금계산서 수수 및 부가가치세 신고·납부함

2. 질의내용

○ ⁠(질의1) ⁠‘장애인 근로사업장’과 ⁠‘중증장애인 생산품 생산시설’을 운영해온 경우 수익사업 해당 여부

○ ⁠(질의2) 질의1이 비수익사업 해당시 고유목적사업준비금 설정 후 미사용으로 고유목적사업에 사용되지 않은 준비금 잔액의 처리 방법

○ ⁠(질의3) 2019사업연도 신고·납부한 법인세의 환급 가능 여부 및 방법

3. 관련법령

○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

② 제1항제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

4. 보건업 및 사회복지 서비스업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업

바. 「장애인복지법」 제58조제1항에 따른 장애인복지시설 및 같은 법 제63조제1항에 따른 장애인복지단체가 운영하는 「중증장애인생산품 우선구매 특별법」 제2조제2항에 따른 중증장애인생산품 생산시설

○ 장애인복지법 제58조【장애인복지시설】

① 장애인복지시설의 종류는 다음 각 호와 같다.

1. 장애인 거주시설: 거주공간을 활용하여 일반가정에서 생활하기 어려운 장애인에게 일정 기간 동안 거주ㆍ요양ㆍ지원 등의 서비스를 제공하는 동시에 지역사회생활을 지원하는 시설

2. 장애인 지역사회재활시설 : 장애인을 전문적으로 상담ㆍ치료ㆍ훈련하거나 장애인의 일상생활, 여가활동 및 사회참여활동 등을 지원하는 시설

3. 장애인 직업재활시설 : 일반 작업환경에서는 일하기 어려운 장애인이 특별히 준비된 작업환경에서 직업훈련을 받거나 직업 생활을 할 수 있도록 하는 시설

4. 장애인 의료재활시설: 장애인을 입원 또는 통원하게 하여 상담, 진단ㆍ판정, 치료 등 의료재활서비스를 제공하는 시설

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설

○ 장애인복지법 제59조【장애인복지시설 설치】

① 국가와 지방자치단체는 장애인복지시설을 설치할 수 있다.

② 제1항에 규정된 자 외의 자가 장애인복지시설을 설치ㆍ운영하려면 해당 시설 소재지 관할 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 하며, 신고한 사항 중 보건복지부령으로 정하는 중요한 사항을 변경할 때에도 신고하여야 한다. 다만, 제62조에 따른 폐쇄 명령을 받고 1년이 지나지 아니한 자는 시설의 설치ㆍ운영 신고를 할 수 없다.

④ 제58조제1항제1호에 따른 장애인 거주시설의 정원은 30명을 초과할 수 없다. 다만, 특수한 서비스를 위하여 일정 규모 이상이 필요한 시설 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제2항에 따른 장애인복지시설의 시설기준ㆍ신고ㆍ변경신고 및 이용 등에 관하여 필요한 사항은 보건복지부령으로 정한다.

○ 장애인복지법 제63조【단체의 보호ㆍ육성】

① 국가와 지방자치단체는 장애인의 복지를 향상하고 자립을 돕기 위하여 장애인복지단체를 보호ㆍ육성하도록 노력하여야 한다.

○ 장애인복지법 시행규칙 제41조【장애인복지시설의 종류와 사업】

법 제58조제2항에 따른 장애인복지시설의 구체적인 종류는 별표 4와 같이 구분하고, 장애인복지시설의 종류별 사업은 별표 5에서 정하는 바에 따른다.

○ 중증장애인생산품 우선구매 특별법 제2조【정의】

② "중증장애인생산품"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설 또는 단체 중 제9조에 따라 보건복지부장관으로부터 지정을 받은 생산시설(이하 "중증장애인생산품 생산시설"이라 한다)에서 생산된 제품 및 동 생산시설에서 제공하는 노무용역 등의 서비스를 말한다.

1. 「장애인복지법」 제58조제1항제3호의 장애인 직업재활시설

2. 「장애인복지법」 제63조에 따른 장애인복지단체

3. 「정신건강증진 및 정신질환자 복지서비스 지원에 관한 법률」 제27조제1항제2호의 재활훈련시설

○ 중증장애인생산품 우선구매 특별법 제9조【중증장애인생산품 생산시설의 지정】

① 중증장애인생산품 생산시설로 지정받고자 하는 자는 대통령령으로 정하는 시설의 기준과 중증장애인의 고용비율 및 품질요건 등을 갖추어 대통령령으로 정하는 기간의 범위에서 보건복지부장관의 지정을 받아야 한다. 이 경우 지정받은 기간이 만료되면 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 지정을 받을 수 있다.

② 제1항에 따른 지정을 받지 아니하고 중증장애인생산품 생산시설의 명의를 사용하여서는 아니 된다.

③ 제1항에 따라 지정을 받은 자는 중증장애인생산품 생산시설의 명의를 타인에게 대여하여서는 아니 된다.

○ 중중증장애인생산품 우선구매 특별법 시행령 제17조【생산시설의 지정 및 재지정 절차 등】

① 보건복지부장관은 생산시설의 지정 신청방법 및 신청기간 등에 관한 사항을 연 1회 이상 공고하여야 한다.

② 법 제9조제1항 전단에 따라 생산시설로 지정받으려는 자는 보건복지부령으로 정하는 중증장애인생산품 생산시설 지정 신청서에 보건복지부령으로 정하는 서류를 첨부하여 제1항에 따라 공고된 신청기간에 보건복지부장관에게 제출하여야 한다.

1. 삭제

2. 삭제

3. 삭제

4. 삭제

③ 법 제9조제1항 후단에 따라 지정받은 기간이 만료되어 생산시설로 다시 지정을 받으려는 자는 보건복지부령으로 정하는 중증장애인생산품 생산시설 재지정 신청서를 제16조제2항에 따른 유효기간 만료일 60일 전까지 보건복지부장관에게 제출하여야 한다.

④ 보건복지부장관은 제2항에 따른 신청서 또는 첨부 서류에 대하여 보완이 필요하다고 인정될 때에는 기간을 정하여 그 보완을 요구할 수 있다. 이 경우 보완에 소요되는 기간은 제6항제1호에 따른 기간에 산입하지 아니한다.

⑤ 보건복지부장관은 생산시설의 지정을 신청한 자가 제4항에 따른 보완을 요구받고도 정당한 사유 없이 이에 따르지 아니하는 경우에는 그 신청서를 반려할 수 있다.

⑥ 보건복지부장관은 제2항 또는 제3항에 따른 생산시설 지정 또는 재지정 신청을 받은 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간까지 제16조의 지정기준에 따라 심사를 한 후 신청 내용이 적합하다고 인정되면 보건복지부령으로 정하는 중증장애인생산품 생산시설 지정서를 발급하여야 한다.

1. 생산시설 지정 신청의 경우: 신청기간 종료일부터 60일 전까지

2. 생산시설 재지정 신청의 경우: 유효기간 만료일 전까지

⑦ 보건복지부장관은 제6항에 따라 생산시설을 지정하거나 재지정한 경우에는 이를 공고하여야 한다.

⑧ 중증장애인생산품 생산시설 지정서의 재발급에 관하여는 제14조를 준용한다.

○ 법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

1. 다음 각 목의 금액

가. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

나. 「소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 제1항을 적용할 때 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.

④ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다.

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

5. 삭제

⑥ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 그 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입할 수 있다. 이 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 본다.

⑦ 제5항제4호 및 제6항에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다.

⑧ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다.

⑨ 제1항을 적용하려는 비영리내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치·보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제56조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

⑤ 법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다.

○ 국세기본법 제51조【국세환급금의 충당과 환급】

① 세무서장은 납세의무자가 국세 및 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

○ 국세기본법 시행령 제33조【국세환급금 등의 환급】

① 세무서장은 법 제51조에 따라 국세환급금(국세환급가산금을 포함한다)을 충당하고, 남은 금액이 있는 경우에는 이를 해당 연도의 소관 세입금 중에서 납세자에게 지급하도록 한국은행에 통지하여야 한다.

② 한국은행은 제1항에 따른 통지를 받았을 때에는 지체 없이 환급에 필요한 절차를 밟아야 한다.

③ 법 제51조제1항 후단에 따른 환급청구를 하려는 자는 기획재정부령으로 정하는 환급신청서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 국세기본법 시행규칙 제14조의2【착오·이중납부에 대한 환급청구】

영 제33조제3항에 따른 환급청구는 별지 제20호서식의 국세환급금 환급신청서에 따른다.

4. 관련예규 등

○ 법인세법 기본통칙 29-56…1【조합법인 등의 고유목적사업준비금 손금산입】

「조세특례제한법」 제72조 제1항에 따라 당기순이익과세를 적용받는 조합법인과 청산중에 있는 비영리내국법인은 법 제29조의 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없다.

○ 서면-2019-법인-0828, 2019.05.07.

귀 질의의 경우 아래 회신사례를 참고하시기 바랍니다.

○ 법인세과-15, 2014.01.08.

비영리내국법인이 「장애인복지법」 제58조제1항에 따른 장애인복지시설로서 같은 법 시행규칙 별표4에 열거하고 있는 장애인 보호작업장을 운영하는 경우, 해당 사회복지사업은「법인세법 시행령」제2조제1항제4호에 해당하여 수익사업에 해당하지 아니하는 것입니다

○ 서면-2018-법인-2718, 2019.10.31.

비영리내국법인이 ⁠「장애인복지법」제63조 제1항에 따른 장애인복지단체로서 ⁠「중증장애인생산품 우선구매 특별법」제2조 제2항에 따른 중증장애인생산품 생산시설을 운영하는 경우, 해당 사회복지사업은 「법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정된 것)」제2조 제1항 제4호에 해당하여 수익사업에 해당하지 아니하는 것입니다.

○ 법인46012-1001, 1993.04.17.

법인세 과세표준 신고서를 법정신고기한내 제출한 법인은 그 기재사항의 누락·오류가 있는 경우 국세기본법 제45조에 정하는 기한 내에 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있는 것이며, 그 수정신고기한이 경과한 후에는 당해 법인의 감액경정청구권 인정되지 아니하는 것임.(대법원 1984.09.08 제1부 판결, 85누 565 등 참고)

출처 : 국세청 2020. 12. 15. 서면-2020-법인-4670[법인세과-4412] | 국세법령정보시스템