요지

특구 내 사업장의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서만 특구입주기업의 세액감면 적용이 가능한 것으로, 특구 외의 사업장에서 발생한 소득에 대해서는 상기의 감면규정을 적용할 수 없는 것임

회신

｢조세특례제한법｣ 제12조의2(특구입주기업의 세액감면)를 적용함에 있어 특구 내 사업장의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서만 세액감면 적용이 가능한 것으로, 특구 외의 사업장에서 발생한 소득에 대해서는 상기의 감면규정을 적용할 수 없습니다.

1. 사실관계

○ ㈜ㅇㅇㅇ(이하 ⁠‘질의법인’이라 함)는 충북 청주에 위치하고 있는 업체로 특구로 지정된 지역에서 △△△ 등을 제조·판매하고 있음

 - 2020년에 연구개발특구 외 지역에서 공장시설을 확충하여 생산할 계획이며, 본사 및 연구소는 특구에서 계속 사업 영위중임

2. 질의내용

○｢조세특례제한법｣ 제12조의2(특구입주기업의 세액감면)를 적용함에 있어 특구 외 지역에서 공장시설을 추가 확충·생산할 경우,

 - 이 경우에도 ｢조세특례제한법｣ 제12조의2에 따른 세액감면 적용이 가능한지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제12조의2【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】

①「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」제2조제1호에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 구역의 사업장(이하 이 조에서 ⁠“감면대상사업장”이라 한다)에서 생물산업·정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하는 경우에는 제2항부터 제6항까지의 규정에 따라 소득세 또는 법인세를 감면한다.

  1.「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」제9조제1항에 따라 2021년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업

  2.「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」제9조의3제2항에 따라 2021년 12월 31일까지 등록한 연구소기업

② 제1항에 따른 요건을 갖춘 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(지정을 받은 날 또는 등록한 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

○조세특례제한법 시행령 제11조의2【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】

① 법 제12조의2제1항에서 "생물산업·정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 산업을 영위하는 사업을 말한다.

  1.「생명공학육성법」 제2조에 따른 생명공학과 관련된 산업(종자 및 묘목생산업, 수산물부화 및 수산종자생산업을 포함한다)

  2.「정보통신산업 진흥법」제2조제2호에 따른 정보통신산업

  3.「정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률」제2조제1항제2호에 따른 정보통신서비스를 제공하는 산업

  4.「산업발전법」제5조제1항에 따라 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업

○연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "연구개발특구"(이하 "특구"라 한다)란 연구개발을 통한 신기술의 창출 및 연구개발 성과의 확산과 사업화 촉진을 위하여 조성된 지역으로서 제4조에 따른 지역을 말한다.

  3. "첨단기술기업"이란 특구에 입주한 기업 가운데 정보통신기술, 생명공학기술, 나노기술 등 기술집약도가 높고 기술혁신 속도가 빠른 기술분야의 제품을 생산·판매하는 기업으로서 제9조에 따라 지정을 받은 기업을 말한다.

○ 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제4조【특구의 지정 등】

① 과학기술정보통신부장관은 필요한 경우에는 다음 각 호의 절차를 거쳐 특구를 지정할 수 있다.

  1. 관할 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ도지사 또는 특별자치도지사(이하 "시ㆍ도지사"라 한다)의 의견청취

  2. 관계 중앙행정기관의 장과의 협의

  3. 제7조에 따른 연구개발특구위원회의 심의ㆍ의결

○ 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조【첨단기술기업의 지정 등】

① 과학기술정보통신부장관은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 첨단기술기업으로 지정할 수 있다.

  1. 대통령령으로 정하는 기술분야의 국내외 특허권(「특허법」 제100조에 따른 전용실시권을 포함한다)을 보유할 것

  2. 제1호에 따른 특허권을 활용하여 제품을 생산ㆍ판매할 것

  3. 특구에 입주하고 있을 것

  4. 연간 총매출액에서 연구개발비 및 제2호에 따른 생산ㆍ판매의 매출액이 차지하는 비율이 대통령령으로 정하는 기준에 적합할 것

4. 관련예규

○ 법인세과-1339, 2009.11.30.(감면소득)

  대덕연구개발특구에 입주하여「산업발전법」제5조 제1항에 따라 지식경제부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 사업을 영위하는 기업이 동 사업에서 발생한 소득은 ｢조세특례제한법｣ 제12조의2 【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 감면】규정을 적용받을 수 있는 것입니다.

  이 경우 동 사업에서 발생한 소득은 당해 기업이 첨단기술제품을 직접 판매하거나 임대방식으로 수익을 창출하는지에 불구하고 상기 감면대상소득에 포함하는 것입니다.

○ 기획재정부 조세특례제도과-266, 2012.3.30.(조특법§121의8 제주첨단과학기술단지 입주기업)

1. 제주첨단과학기술단지에 입주한 내국법인이 영위하는 감면대상사업(정보통신서비스 사업)에서 발생한 소득에 대한「조세특례제한법」제121조의 8에 따른 법인세 감면은 해당 단지 내에 입주한 사업장에서 발생한 소득에 대해서만 적용하는 것입니다.

2. 따라서, 1) 해당 단지 내의 사업장에서 감면대상사업의 활동이 모두 이루어져 발생한 소득, 2) 해당 단지 내의 사업장에서 감면대상사업의 활동이 대부분 이루어지고 해당 단지 외의 장소는 사업장으로 볼 수 없는 경우에 발생한 소득, 3) 해당 단지 내의 사업장에서 감면대상사업의 활동이 일부 이루어지고 해당 단지 외의 사업장에서도 일부 사업활동이 이루어지는 경우 해당 단지 내 사업장의 사업활동에 따라 발생한 것으로 구분되는 소득분 등이 감면대상이 되는 것입니다.

○ 재정경제부 조세지출예산과-10, 2008.01.03.

  「조세특례제한법」제121의 8의‘제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등 감면’을 적용함에 있어, ⁠「정보화촉진기본법」 제2조 제3호의 규정에 의한 정보통신산업을 영위하는 기업이 광고주 또는 타 기업으로부터 서비스 제공의 대가로 받는 수수료는 감면대상소득에 해당합니다. 또한 동 감면은 제주첨단과학기술단지 내에 입주한 사업장에서 발생한 소득에 대해서만 적용합니다.

○ 서면2팀-788, 2008.04.28.

 「조세특례제한법」 제12조의2 감면은 연구개발특구에 입주한 기업으로서 해당 구역 안 사업장의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해 적용하는 것으로, 합병법인 기존 사업장의 소득이 감면대상사업에서 발생한 소득에 해당되지 않는 경우에는 상기의 감면규정을 적용할 수 없는 것임

출처 : 국세청 2020. 08. 12. 서면-2020-법인-0898[법인세과-2803] | 국세법령정보시스템