요지

조특법§99의2에 따른 감면대상기존주택이 도시정비법에 따른 재건축으로 신축된 이후 양도되는 경우, 관리처분계획인가 전․ 후의 감면대상기존주택에 대한 양도소득 범위내에서 감면특례를 적용하는 것임

답변내용

귀 사전답변 신청의 경우, ⁠「조세특례제한법 시행령」제99조의2제3항에 따른 감면대상기존주택을 취득한 경우로서 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축으로 감면대상기존주택이 신축주택으로 전환된 후 양도하는 경우에는 감면대상기존주택에 대한 양도소득 범위내에서 ⁠「조세특례제한법」제99조의2의 과세특례를 적용하는 것입니다.
또한 양도주택이「조세특례제한법」제99조의2에 따라 양도소득세가 감면되는 주택에 해당하는 경우, ⁠「소득세법」제104조제7항에 따른 중과세율이 적용되지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○’13.12월 서울 소재 A주택^＊ 매매계약 후, ’14.2월 잔금 지급

＊ 관할 지자체로부터 조특법§99의2에 따른 감면대상임을 확인하는 날인을 받아 제출

 ○’15.1월 A주택 재건축사업에 따른 관리처분계획인가

  - ’18.12월 준공 된 후 ’21.4월 매도

 ○A주택의 관리처분인가 전 양도차익은 –□□백만원이고, 관리처분인가 후 양도차익은 + ○,○○○백만원임

  - 관리처분계획인가 전 양도차익 = 6◺◺백만원(종전주택평가액)-7◿◿백만원(취득가액)

  - 관리처분계획인가 후 양도차익 = 1,☆☆☆백만원(매매가액)-5★★백만원(조합원 분양가)

  ＊종전주택 평가액 6◺◺백만원과 조합원입주권 5★★백만원의 차이 1◇◇백만원을 기본이주비 이자액, 청산금 등의 명목으로 수령

 ○ 17년 말 서울 소재 B아파트 취득

2. 질의내용

 ○ 조특법§99의2에 따른 감면대상기존주택이 재건축되어 신축주택 상태에서 양도할 때,

  - 관리처분계획인가 전에는 양도차손이 발생하고 관리처분계획인가 후부터 양도시까지 양도차익이 발생한 경우, 조특법§99의2에 따른 감면대상 양도소득금액 산정방법

 ○조정대상지역 1세대2주택자가 양도하는 주택이 조특법§99의2 특례적용대상일 경우 그 주택의 양도소득금액 계산시 일반세율이 적용되는지, 소득법§104⑦에 따른 중과세율이 적용되는지 여부

3. 관련법령 및 관련 사례

□조세특례제한법 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항은 전국 소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에는 적용하지 아니한다.

④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□조세특례제한법 시행령 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의2제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "신축주택등"이라 한다)을 말한다.

 1. 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체(이하 이 항에서 "사업주체"라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 해당 사업주체가 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2013년 3월 31일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2013년 4월 1일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택

 (중간 생략)

③ 법 제99조의2제1항 전단에서 "1세대 1주택자의 주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 포함하며, 이하 이 조에서 "감면대상기존주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 다음 각 호에 해당하는지를 판정할 때 1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 보되, 1세대의 구성원이 1주택을 공동으로 소유하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 2013년 4월 1일 현재 ⁠「주민등록법」상 1세대(부부가 각각 세대를 구성하고 있는 경우에는 이를 1세대로 보며, 이하 이 항에서 "1세대"라 한다)가 매매계약일 현재 국내에 1주택(주택은 ⁠「주택법」에 따른 주택을 말하며, ⁠「주택법」에 따른 주택을 소유하지 아니하고 2013년 4월 1일 현재 ⁠「주민등록법」에 따른 주민등록이 되어 있는 오피스텔을 소유하고 있는 경우에는 그 1오피스텔을 1주택으로 본다. 이하 이 항에서 "1주택"이라 한다)을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 주택

 2. 국내에 1주택을 보유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우(제1호에 따라 1주택으로 보는 오피스텔을 소유하고 있는 자가 다른 주택을 취득하는 경우를 포함한다)로서, 종전의 주택의 취득 등기일부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날(등기일을 말한다)부터 3년 이내에 매매계약을 체결하고 양도하는 종전의 주택. 다만, 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 종전의 주택으로 한정한다.

(④항 생략)

⑤ 제3항을 적용할 때 다음 각 호의 감면대상기존주택은 제외한다.

 1. 감면대상기존주택 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액이 6억원을 초과하고 연면적(공동주택 및 오피스텔의 경우에는 전용면적을 말한다)이 85제곱미터를 초과하는 감면대상기존주택. 이 경우 양수자가 부담하는 취득세 및 그 밖의 부대비용은 포함하지 아니한다.

 2. 2013년 3월 31일 이전에 체결한 매매계약을 과세특례 취득기간 중에 해제한 매매계약자 또는 그 배우자[매매계약자 또는 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 포함한다]가 과세특례 취득기간 중에 계약을 체결하여 취득한 원래 매매계약을 체결하였던 감면대상기존주택

 3. 감면대상기존주택 중 오피스텔을 취득하는 자가 취득 후 제2항제4호 각 목의 모두에 해당하지 아니하게 된 경우의 해당 오피스텔

(⑥항 생략)

⑦ 법 제99조의2제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(이하 생략)

□조세특례제한법 시행령 제40조(15.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것)【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에 따른 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도소득금액 또는 「법인세법」 제55조의2제1항에 따른 양도소득(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)으로서 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 취득일부터 5년이 되는 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

□ 소득세법 제99조【양도차익의 산정】

① 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

 1. 제94조제1항제1호에 따른 토지 또는 건물

  라. 주택

　「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제18조제1항 단서에 따라 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다.

 2. 제94조제1항제2호에 따른 부동산에 관한 권리

 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리

  양도자산의 종류, 규모, 거래상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 가액

□ 소득세법 제100조【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

□ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 생략...

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

   [관리처분계획인가 후 양도차익 × 납부한 청산금 ÷ ⁠(기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 ⁠“청산금납부분양도차익”이라 한다.) +{[관리처분계획인가 후 양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ ⁠(기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)]+관리처분계획인가전 양도차익}(이하 이조에서 ⁠“기존건물분 양도차익”이라 한다)

 2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

  가. ⁠[양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-법 제97조 제1항제2호 및 제3호에 따른 필요경비]

  나. ⁠[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조제1항제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액]

 (중간 생략)...

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간의 계산은 다음 각 호에 따른다.

 1. 제1항제1호의 관리처분계획인가전양도차익 및 제1항제2호나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간

 2. 제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

  가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

  나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

□ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

 1. 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

 2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

 3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

 4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

□ 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다

  (중간 생략)

 5. 「조세특례제한법」 제77조, 제98조의2, 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지, 제99조, 제99조의2 및 제99조의3에 따라 양도소득세가 감면되는 주택

□ 소득세법 시행령 제167조의10【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제7항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다

 (1.호 생략)

 2. 제167조의3제1항제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

 (이하 생략)

□ 기획재정부 재산세제과-135, 2014.02.21.

  「조세특례제한법 시행령」제99조의 2 제3항에 따른 감면대상기존주택을 취득한 후「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발・재건축 등으로 당해 감면대상기존주택이 신축주택으로 전환된 후 양도되는 경우에도 ⁠「조세특례제한법」제99조의 2에 따른 양도소득세 과세특례가 적용되는 것이나, 감면대상기존주택에 대한 양도소득 범위 내에서 양도소득세가 감면됩니다. 이 경우 정비사업조합으로부터 감면대상기존주택의 평가액 범위 내에서 2채의 신축주택을 공급받은 경우 2주택 모두 과세특례가 적용되는 것입니다.

□ 서면법규과-260,2014.03.24.

 귀 서면질의의 경우, 거주자가 「조세특례제한법 시행령」제99조의2 제3항에 따른 감면대상기존주택을 취득한 후 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발・ 재건축 사업을 시행하는 정비사업조합에 해당 주택을 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택을 양도하는 경우 관리처분계획인가일 현재 신축주택의 조합원분양가액이 6억원을 초과하고 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터를 초과하더라도「조세특례제한법」제99조의2에 따른 양도소득세 과세특례가 적용되는 것이며, 이 경우 감면대상기존주택에 대한 양도소득 범위 내에서 양도소득세 과세특례가 적용되는 것입니다.

출처 : 국세청 2022. 08. 01. 사전-2021-법규재산-0795[법규과-2260] | 국세법령정보시스템