요지

종합소득세 확정신고 의무 없는 근로소득자의 연말정산 시 누락된 일부 근로소득에 대해 과세관청이 원천징수의무자에게 부과･징수하거나, 원천징수의무자가 원천징수이행상황신고서를 수정하여 제출･납부한 경우, 해당 근로자에게 국세기본법상 과소신고가산세 및 납부지연가산세가 부과되지 않음

회신

○(질의1･2) 납세의무자가 종합소득세 확정신고 의무가 없는 근로소득자인 경우로서, 연말정산 시 누락된 일부 근로소득에 대해 과세관청이 원천징수의무자에게 부과･징수하거나, 원천징수의무자가 원천징수이행상황신고서를 수정하여 제출･납부한 경우에는 해당 근로자에게 국세기본법상 과소신고가산세 및 납부지연가산세가 부과되지 않는 것입니다.
○(질의3) 납세의무자가 종합소득세 확정신고 의무 있는 근로소득자인 경우로서, 연말정산 시 누락된 일부 근로소득에 대해 원천징수의무자가 원천징수이행상황신고서를 수정하여 제출 및 납부한 경우, 이후 해당 근로자가 종합소득세 수정신고를 하면서 부담하는 국세기본법상 과소신고가산세 및 납부지연가산세는 원천징수의무자가 수정신고를 통해 기납부한 세액(본세에 한함)을 차감한 후의 추가 납부할 세액을 기준으로 하여 계산하는 것입니다.

 ○갑법인은 과거 주식매수선택권을 부여받은 자회사 임직원들이 2017~2020년경 해당 주식매수선택권을 행사할 당시,

  -위 주식매수선택권 행사이익을 구 ｢조세특례제한법｣ 제16조의3에서 정하는 양도소득세 과세특례대상^*으로 보아 주식매수선택권 행사이익에 대하여 근로소득으로 원천징수하지 않음

   *행사시점에 소득세로 과세하지 않고 주식 양도시점에 양도소득세로 과세

 ○그러나 ’22년경 위 갑법인 자회사 임직원들의 ’20.12.31. 이전 주식매수선택권 행사이익은 구 ｢조세특례제한법｣ 제16조의3에 따른 양도소득세 과세특례대상에 해당하지 않음을 인지하게 됨

2. 질의내용

 ○주식매수선택권 행사이익에 대한 근로소득세 원천징수가 누락된 결과 근로소득에 대한 원천징수가 일부 누락됨에 따라, 추후 과세관청의 부과･징수 또는 원천징수의무자의 원천징수이행상황신고서 수정분 제출과 관련하여

  -(질의1) 납세의무자가 종합소득세 확정신고의무가 없는 근로소득자인 경우로서 납세지 관할 세무서장이 ｢소득세법｣ 제85조에 따른 부과･징수를 하는 경우,

  -해당 근로소득자가 ｢국세기본법｣ 제47조의3 내지 제47조의4에 따른 과소신고가산세 내지 납부지연가산세를 추가로 부담하는지 여부

  -(질의2) 납세의무자가 종합소득세 확정신고의무가 없는 근로소득자인 경우로서 원천징수의무자가 원천징수이행상황신고서 수정분을 제출하면서 당초 원천징수 누락된 세액과 ｢국세기본법｣ 제47조의5에 따른 원천징수 등 납부지연가산세를 납부한 경우,

  -해당 근로소득자가 ｢국세기본법｣ 제47조의3 내지 제47조의4에 따른 과소신고가산세 내지 납부지연가산세를 추가로 부담하는지 여부

  -(질의3) 납세의무자가 종합소득세 확정신고의무 있는 근로소득자인 경우로서 원천징수의무자가 원천징수이행상황신고서 수정분을 제출하면서 원천징수 누락된 소득세액과 ｢국세기본법｣ 제47조의5에 따른 원천징수 등 납부지연가산세를 납부한 경우,

  -해당 근로소득자의 ｢국세기본법｣ 제47조의3 내지 제47조의4에 따른 과소신고가산세 내지 납부지연가산세 계산 시 해당 가산세 계산의 기준이 되는 ⁠‘과소신고 납부세액’(미달납부세액) 계산 방법

3. 관련법령

○ 국세기본법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  3. "원천징수"(源泉徵收)란 세법에 따라 원천징수의무자가 국세(이와 관계되는 가산세는 제외한다)를 징수하는 것을 말한다.

  4. "가산세"(加算稅)란 이 법 및 세법에서 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 세법에 따라 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액을 말한다.

 14."과세표준"(課稅標準)이란 세법에 따라 직접적으로 세액산출의 기초가 되는 과세대상의 수량 또는 가액(價額)을 말한다.

 15."과세표준신고서"란 국세의 과세표준과 국세의 납부 또는 환급에 필요한 사항을 적은 신고서를 말한다.

 16."법정신고기한"이란 세법에 따라 과세표준신고서를 제출할 기한을 말한다.

○ 국세기본법 제47조의3【과소신고･초과환급신고가산세】

 ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 ⁠「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

  1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

   가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액

   나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

  2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

○ 국세기본법 제47조의4【납부지연가산세】

 ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(「인지세법」 제8조제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

  1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

  2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

  3. 법정납부기한까지 납부하여야 할 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) 중 납부고지서에 따른 납부기한까지 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 100분의 3(국세를 납부고지서에 따른 납부기한까지 완납하지 아니한 경우에 한정한다)

 ④ 제47조의5에 따른 가산세가 부과되는 부분에 대해서는 국세의 납부와 관련하여 제1항에 따른 가산세를 부과하지 아니한다.

○ 국세기본법 제47조의5【원천징수 등 납부지연가산세】

 ① 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자가 징수하여야 할 세액(제2항제2호의 경우에는 징수한 세액)을 법정납부기한까지 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 50(제1호의 금액과 제2호 중 법정납부기한의 다음 날부터 납부고지일까지의 기간에 해당하는 금액을 합한 금액은 100분의 10)에 상당하는 금액을 한도로 하여 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

  1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 3에 상당하는 금액

  2. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

 ② 제1항에서 "국세를 징수하여 납부할 의무"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 의무를 말한다.

  1. ｢소득세법｣ 또는 ｢법인세법｣에 따라 소득세 또는 법인세를 원천징수하여 납부할 의무

○ 소득세법 제73조【과세표준확정신고의 예외】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 거주자는 제70조 및 제71조에도 불구하고 해당 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다.

  1. 근로소득만 있는 자

  2. 퇴직소득만 있는 자

  3. 공적연금소득만 있는 자

  4. 제127조에 따라 원천징수되는 사업소득으로서 대통령령으로 정하는 사업소득만 있는 자

4의2.제127조제1항제6호에 따라 원천징수되는 기타소득으로서 종교인소득만 있는 자

  5. 제1호 및 제2호의 소득만 있는 자

  6. 제2호 및 제3호의 소득만 있는 자

  7. 제2호 및 제4호의 소득만 있는 자

7의2.제2호 및 제4호의2의 소득만 있는 자

  8. 분리과세이자소득, 분리과세배당소득, 분리과세연금소득 및 분리과세기타소득(제127조에 따라 원천징수되지 아니하는 소득은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)만 있는 자

  9. 제1호부터 제4호까지, 제4호의2, 제5호부터 제7호까지 및 제7호의2에 해당하는 사람으로서 분리과세이자소득, 분리과세배당소득, 분리과세연금소득 및 분리과세기타소득이 있는 자

 ② 2명 이상으로부터 받는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득이 있는 자(일용근로자는 제외한다)에 대해서는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 제137조의2, 제138조, 제144조의2제5항 또는 제145조의3에 따른 연말정산 및 제148조제1항에 따라 소득세를 납부함으로써 제76조제2항에 따른 확정신고납부를 할 세액이 없는 자에 대하여는 그러하지 아니하다.

  1. 근로소득

  2. 공적연금소득

  3. 퇴직소득

  4. 종교인소득

  5. 제1항제4호에 따른 소득

 ④ 제2항 각 호에 해당하는 소득(근로소득 중 일용근로소득은 제외한다)이 있는 자에 대하여 제127조에 따른 원천징수의무를 부담하는 자가 제137조, 제137조의2, 제138조, 제143조의4, 제144조의2, 제145조의3 또는 제146조에 따라 소득세를 원천징수하지 아니한 때에는 제1항을 적용하지 아니한다.

○ 소득세법 제85조【징수와 환급】

 ① 납세지 관할 세무서장은 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 미납된 부분의 소득세액을 ⁠「국세징수법」에 따라 징수한다.

  1. 제65조제6항에 따라 중간예납세액을 신고ㆍ납부하여야 할 자가 그 세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니한 경우

  2. 제76조에 따라 해당 과세기간의 소득세로 납부하여야 할 세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니한 경우

 ② 납세지 관할 세무서장은 제1항 또는 제76조에 따라 징수하거나 납부된 거주자의 해당 과세기간 소득세액이 제80조에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 결정 또는 경정한 소득세액에 미달할 때에는 그 미달하는 세액을 징수한다. 제65조에 따른 중간예납세액의 경우에도 또한 같다.

 ③ 납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에 「국세기본법」 제47조의5제1항에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 세액으로 하여 그 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 ｢국세기본법｣ 제47조의5제1항에 따른 가산세액만을 징수한다.

  1. 납세의무자가 신고ㆍ납부한 과세표준금액에 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액이 이미 산입된 경우

  2. 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할 세무서장이 제80조 및 제114조에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과ㆍ징수하는 경우

○ 소득세법 제127조【원천징수의무】

 ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

  4. 근로소득. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다.

   가. 외국기관 또는 우리나라에 주둔하는 국제연합군(미군은 제외한다)으로부터 받는 근로소득

   나. 국외에 있는 비거주자 또는 외국법인(국내지점 또는 국내영업소는 제외한다)으로부터 받는 근로소득. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다.

○ 소득세법 제154조【원천징수의 면제】

 원천징수의무자가 제127조제1항 각 호의 소득으로서 소득세가 과세되지 아니하거나 면제되는 소득을 지급할 때에는 소득세를 원천징수하지 아니한다.

○ 소득세법 시행규칙 제92조【근로소득에 대한 세액의 연말정산】

 ① 원천징수의무자가 법 제137조, 제137조의2 및 제138조에 따른 근로소득세액의 연말정산을 하지 아니한 때에는 원천징수관할세무서장은 즉시 연말정산을 하고 그 소득세를 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다.

 ② 제1항의 경우에 원천징수의무자가 근로소득세액의 연말정산을 하지 아니하고 행방불명이 된 때에는 원천징수관할세무서장은 당해 근로소득이 있는 자에게 과세표준 확정신고를 하여야 한다는 것을 통지하여야 한다.

○ 법인세법 제73조【내국법인의 이자소득 등에 대한 원천징수】

 ① 내국법인(대통령령으로 정하는 금융회사 등의 대통령령으로 정하는 소득은 제외한다)에 다음 각 호의 금액을 지급하는 자(이하 이 조에서 "원천징수의무자"라 한다)는 그 지급하는 금액에 100분의 14(「소득세법」 제16조제1항제11호의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세(1천원 이상인 경우만 해당한다)를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

  1. ｢소득세법｣ 제16조제1항에 따른 이자소득의 금액(금융보험업을 하는 법인의 수입금액을 포함한다)

  2. ｢소득세법｣ 제17조제1항제5호에 따른 집합투자기구로부터의 이익 중 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자신탁의 이익(이하 "투자신탁의 이익"이라 한다)의 금액

 ② 제1항에도 불구하고 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 법인세를 원천징수하지 아니한다.

출처 : 국세청 2022. 12. 14. 서면-2022-법규기본-2548[법규과-3581] | 국세법령정보시스템