요지

내국법인이 국가로부터 매립지를 취득하여 양도하는 경우 시가가 불분명한 그 매립지의 시가의 산정은 ⁠「법인세법 시행령」 제89조제2항 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액으로 하는 것이며 국가 등에 기부채납하는 공공시설의 건설비용은 사업시행자가 취득하는 산업시설용지의 자본적지출에 해당함

답변내용

내국법인이 ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제47조제1항 및 같은 법 시행령 제54조제1항에 따라 국가로부터 취득한 잔여매립지를 특수관계에 있는 법인에게 양도하는 경우
｢법인세법｣ 제52조를 적용함에 있어 시가가 불분명한 그 잔여매립지의 시가의 산정은 같은 법 시행령 제89조제2항 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액으로 하는 것임
또한, ｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣ 제16조제1항제3호에 따른 산업단지 개발사업의 공동사업시행자가 산업단지 내에 설치하여 기부채납하는 공공시설의 건설비용은 같은 법 시행령 제31조제4항에 따라 공동사업시행자가 취득하는 산업시설용지의 자본적지출에 해당하는 것임

 ○ A법인은 석유류 제품제조 및 판매를 영위하기 위해 설립된 비상장 일반내국법인으로 ｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣(이하 ⁠“산업입지개발법”)에 따라 충남 ◎◎시 ◎◎읍 ◇◇리 ***번지 전면 해상에 대해

  -｢○○ 일반산업단지 조성사업｣(이하 ⁠“쟁점개발사업”, 현재 진행 중)의 시행자로 지정된 후 공유수면매립공사를 ’14.**.**. 착공하여 ’19.**.**. 준공하였음

○준공된 매립지는 ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣(이하 ⁠“공유수면매립법”)에 따라 1순위 국가･2순위 매립면허취득자･3순위 국가 순위에 따라 그 소유권을 취득하게 되는데

  -3순위의‘잔여매립지’는 매립지의 준공검사를 받은 날로부터 1년 이내에 그 감정평가액의 75%에 상당하는 금액으로 국가를 상대로 매수청구하여 취득할 수 있으며

  -국가는 공용 또는 공공용으로 사용할 경우를 제외하고는 매립면허취득자의 잔여매립지에 대한 매수청구를 거절하지 못하도록 규정하고 있음

○A법인은 준공된 매립지 중 ○○남도가 소유권을 취득한 1순위 매립지를 제외한 토지(이하“쟁점매립지”)에 대해 ’19.**.**. 기준으로 감정평가법인으로부터 평가를 받았으며

  -쟁점매립지의 일부(이하 ⁠“쟁점양도토지”)를 그 감정평가액의 75%에 상당하는 금액으로 취득할 예정에 있음

○한편, A법인은 ’19.**.**. A법인의 자회사인 B법인을 공동사업시행자로 추가하였으며

  -향후 취득하게 될 쟁점양도토지의 일부를 B법인에게 양도하는 계약을 ’19.**.**. 체결하고

  -공유수면매립법 제51조에 따라 ◎◎지방해양수산청이 지정한 감정평가업체들이 평가한 감정평가액의 평균가액으로 그 양도가액을 책정하였음

○또한, 쟁점개발사업의 실시계획에 따라 건설되는 공공시설용지 중 공원, 녹지, 도로, 지구외 도로(이하 ⁠“쟁점공공시설”)는 ◌◌시에 기부채납될 예정이며

  -해당 쟁점공공시설은 국가보안시설 내 시설로서 공동사업시행자인 A법인 및 B법인이 직접 관리하게 됨

2. 질의내용

 ○ ⁠(질의①)공유수면 매립면허취득자가 잔여매립지를 국가로부터 감정평가액의 75%에 상당하는 금액으로 취득한 후 양도하는 경우

    -해당 잔여매립지의 법인세법상 시가에 해당하는 금액

○(질의②)공유수면매립계획에 따라 지방자치단체에 기부채납되는 공공시설을 특수관계법인인 비출자 공동사업자와 건설하는 경우

    -해당 공공시설 건설비용을 공동경비로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

 ②제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.(이하생략)

○법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

①법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

 ②법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

  1.「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

  2.「상속세 및 증여세법」 제38조･제39조･제39조의2･제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액.

    이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호･제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항･제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

○ 법인세법 제26조 【과다경비 등의 손금불산입】

  다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

  1.~3. ⁠(생략)

  4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비

  5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것

○법인세법 시행령 제48조 【공동경비의 손금불산입】

 ① 법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 따른 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

  1.출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액중 당해 법인이 출자한 금액의 비율

  2.제1호 외의 경우로서 해당 조직ㆍ사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 "비출자공동사업자"라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준

   가.비출자공동사업자 사이에 제2조제5항 각 호의 어느 하나의 관계가 있는 경우 : 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액과 총자산가액(한 공동사업자가 다른 공동사업자의 지분을 보유하고 있는 경우 그 주식의 장부가액은 제외한다. 이하 이 호에서 같다) 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보며, 선택한 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도 동안 적용하여야 한다)에서 해당 법인의 매출액(총자산가액 총액을 선택한 경우에는 총자산가액을 말한다)이 차지하는 비율.

      다만, 공동행사비 및 공동구매비 등 기획재정부령으로 정하는 손비에 대하여는 참석인원수ㆍ구매금액 등 기획재정부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다.

   나.가목 외의 경우 : 비출자공동사업자 사이의 약정에 따른 분담비율. 다만, 해당 비율이 없는 경우에는 가목의 비율에 따른다.

 ②제1항의 규정을 적용함에 있어서 매출액의 범위 등 분담금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

○ 법인세법 시행규칙 제25조 【매출액과 총자산가액의 범위 등】

 ① 영 제48조제1항제2호가목에 따른 매출액 및 총자산가액은 기업회계기준에 따른 매출액(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자업자, 투자매매업자 또는 투자중개업자의 경우에는 영 제42조제1항제1호 및 제2호에 따라 산정한 금액으로 할 수 있다. 이하 이 조에서 같다) 및 총자산가액으로 한다.

 ②영 제48조제1항제2호가목 단서에서 "기획재정부령으로 정하는 손비"와 "기획재정부령으로 정하는 기준"이란 다음 각 호의 구분에 따른 손비와 기준을 말한다.

  1.공동행사비 등 참석인원의 수에 비례하여 지출되는 손비 : 참석인원비율

  2. 공동구매비 등 구매금액에 비례하여 지출되는 손비 : 구매금액비율

  3. 공동광고선전비

   가.국외 공동광고선전비 : 수출금액(대행수출금액은 제외하며, 특정 제품에 대한 광고선전의 경우에는 해당 제품의 수출금액을 말한다)

   나.국내 공동광고선전비 : 기업회계기준에 따른 매출액 중 국내의 매출액(특정 제품에 대한 광고선전의 경우에는 해당 제품의 매출액을 말하며, 주로 최종 소비자용 재화나 용역을 공급하는 법인의 경우에는 그 매출액의 2배에 상당하는 금액 이하로 할 수 있다)

  4.무형자산의 공동사용료: 해당 사업연도 개시일의 기업회계기준에 따른 자본의 총합계액(이하생략)

○ 법인세법 제41조【자산의 취득가액】

①내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

  1.타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액

○ 법인세법 시행령 제31조【즉시상각의제】

②법 제23조제4항제2호에서 "대통령령으로 정하는 자본적 지출"이란 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것에 대한 지출을 포함한다.

  1.~4.(생략)

  5.그 밖에 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호부터 제4호까지의 지출과 유사한 성질의 것

○ 법인세법 시행령 제72조【자산의 취득가액】

②법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

  1.타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세(농어촌특별세와 지방교육세를 포함한다), 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액"

  2.(생략)

 ⑤법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다.

  2.제31조제2항의 규정에 의한 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액

○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제2조 【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "공유수면"이란 다음 각 목의 것을 말한다.

   가.바다: ｢공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률｣ 제6조제1항제4호에 따른 해안선으로부터 ｢배타적 경제수역 및 대륙붕에 관한 법률｣에 따른 배타적 경제수역 외측 한계까지의 사이

   나.바닷가: ｢공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률｣ 제6조제1항제4호에 따른 해안선으로부터 지적공부(地籍公簿)에 등록된 지역까지의 사이

   다.하천･호소(湖沼)･구거(溝渠), 그 밖에 공공용으로 사용되는 수면 또는 수류(水流)로서 국유인 것

  2.~3.(생략)

  4."공유수면매립"이란 공유수면에 흙, 모래, 돌, 그 밖의 물건을 인위적으로 채워 넣어 토지를 조성하는 것(간척을 포함한다)을 말한다.

○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제46조【매립지의 소유권 취득 등】

 ①매립면허취득자가 제45조제2항에 따른 준공검사확인증을 받은 경우 국가, 지방자치단체 또는 매립면허취득자는 다음 각 호의 구분에 따라 매립지의 소유권을 취득한다.

  1.~2.(생략)

  3.제1호와 제2호에 따라 국가나 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 해당 매립공사에 든 총사업비(조사비, 설계비, 순공사비, 보상비 등 대통령령으로 정하는 비용을 합산한 금액으로 한다)에 상당하는 매립지: 매립면허취득자

  4.제1호부터 제3호까지의 규정에 따라 국가, 지방자치단체 또는 매립면허취득자가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지(이하 "잔여매립지"라 한다): 국가

○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제47조【잔여매립지의 매수청구 등】

 ①매립면허취득자는 준공검사를 받은 날부터 1년 이내에 제46조제1항에 따라 국가가 취득한 잔여매립지의 매수를 청구할 수 있으며, 국가는 공용 또는 공공용으로 사용할 경우를 제외하고는 그 청구를 거절하지 못한다.

    이 경우 매수청구자가 ｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣에 따른 산업단지개발사업의 시행자일 때에는 ｢국유재산법｣ 제44조에도 불구하고 해당 잔여매립지의 매각 가격은 대통령령으로 정할 수 있다.(이하생략)

○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 시행령 제54조【잔여매립지의 매각가격 등】

 ①법 제47조제1항 후단에 따른 잔여매립지의 매각가격은 잔여매립지에 대한 ｢국유재산법 시행령｣ 제42조제1항에 따른 예정가격의 100분의 75에 상당하는 금액으로 한다.(이하생략)

○ 국유재산법 시행령 제42조【처분재산의 예정가격】

①증권을 제외한 일반재산을 처분할 때에는 시가를 고려하여 해당 재산의 예정가격을 결정하여야 한다.

    이 경우 예정가격의 결정방법은 다음 각 호와 같다.

  1.대장가격^*이 3천만원 이상인 경우(제2호의 경우는 제외한다): 두 개의 감정평가업자의 평가액을 산술평균한 금액

○ 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조【산업단지 개발사업의 시행자】

①산업단지개발사업은 다음 각 호의 자 중에서 산업단지지정권자의 지정에 의하여 산업단지개발계획에서 정하는 자가 이를 시행한다.

  1.~2.(생략)

  3.해당 산업단지개발계획에 적합한 시설을 설치하여 입주하려는 자 또는 해당 산업단지개발계획에서 적합하게 산업단지를 개발할 능력이 있다고 인정되는 자로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 자

○ 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령 제19조【사업시행자】

③법 제16조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

  1.산업단지개발계획에 적합한 시설을 설치하여 입주하려는 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

   가.법 제2조제9호 각 목의 시설용지를 직접 개발하고자 하는 경우

   나.해당 산업단지 내 산업시설용지의 100분의 30 이상을 직접 사용하고, 남는 용지를 입주를 희망하는 자에게 다음의 용도로 공급하려는 경우

    1) 산업시설용지

    2) 법 제2조제9호나목부터 라목까지의 규정에 해당하는 시설용지

○ 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령 제31조【시설부담】

 ④법 제33조제1항을 적용함에 있어서 사업시행자가 2인 이상인 경우 공공시설의 비용은 당해 산업단지의 총가용면적(기존공장등의 총부지면적을 포함한다)에 사업시행자가 분양받는 개별가용면적의 비율에 따라 각 사업시행자가 이를 나누어 부담한다.

 ⑤제4항의 규정에 불구하고 공공시설이 특정한 사업시행자만의 사용을 위한 용도로 설치되는 경우에는 그 공공시설의 위치, 설치목적, 이용상황 및 지역여건등을 종합적으로 고려하여 공공시설을 사용할 당해 사업시행자에 대하여 그 설치비용의 전부 또는 일부를 부담하게 할 수 있다.

출처 : 국세청 2019. 12. 12. 사전-2019-법령해석법인-0614[법령해석과-3253] | 국세법령정보시스템