요지

성실공익법인이 내국법인의 의결권 있는 주식 5%를 초과하여 출연받은 이후 성실공익법인에 해당하지 않게 되더라도 출연받을 당시 상속세가 부과된 주식은 과세대상이 아니며, 처분주식 수 산정은 먼저 취득한 주식을 먼저 처분하는 것으로 봄

회신

 ⁠「상속세 및 증여세법」(2020.12.22. 법률 제17654호로 개정되기 전의 것) 제16조제2항제2호 각 목 외의 부분 단서에 따른 성실공익법인이 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 100분의 5를 초과하여 출연(출연받은 재산 및 출연받은 재산의 매각대금으로 주식을 취득하는 경우 포함)받은 후 성실공익법인에 해당하지 아니하게 됨에 따라 같은 법 제48조제11항을 적용하는 경우로서 해당 보유 주식 중 출연 당시 같은 법 제16조제2항제2호나목에 따른 지분 보유 한도를 초과하여 상속세가 부과된 주식이 있는 경우에는 상속세를 납부하고 출연받은 해당 주식은 상속세 또는 증여세 과세대상에 해당하지 않는 것이며,
해당 성실공익법인이 보유 중인 주식을 일부 처분한 후 성실공익법인에 해당하지 아니하게 됨에 따라 같은 법 제48조제11항을 적용하는 경우로서 종전 보유주식 중 처분한 주식의 취득시기가 불분명한 경우에는 ⁠「소득세법 시행령」 제162조제5항을 준용하여 먼저 취득한 주식을 먼저 처분하는 것으로 보아 상속세 또는 증여세 과세대상 주식수를 산정하는 것임

1. 질의내용

 ○(질의1) 성실공익법인에 해당하는 내국법인이 성실공익법인 요건을 위반함에 따라 5% 초과 보유 주식에 대하여 ⁠「상속세 및 증여세법」 제48조 제11항이 적용되는 경우 보유 주식 중 당초 상속세를 부담하고 출연받은 주식(422,477주)이 과세대상에 해당하는지 여부

 ○(질의2) 질의1에서 상속세가 부과된 주식을 과세대상에서 제외할 경우 성실공익법인이 일부 주식 처분 후 성실공익법인 요건 위반에 따른 5% 초과분에 대한 과세대상 주식수를 결정할 때

  - 종전 보유주식 중 처분한 주식의 취득시기가 불분명한 경우 처분 주식을 특정하는 방법

2. 사실관계

 ○A법인은 상증법상 성실공익법인으로 1984년 설립 시 B법인 주식 25,623주를 출연받은 이후 해당 주식을 수차례에 걸쳐 추가로 취득하여 2009년말 현재 328,701주(7.62%)를 보유하고 있음

 ○ 2010년 B법인 최대주주의 상속이 개시되어 A법인 및 A법인 외 2개 공익법인(C법인, D법인)이 B법인의 주식을 상속받았으며, 상속 전․후 지분 보유 현황은 아래와 같은바

 - 상속 후 A법인 및 C법인, D법인 합산 지분율이 10%를 초과하여 A법인은 상속받은 주식 100,000주 중 48,727주에 대하여 상속세를 납부하였음

○이후 B법인은 기존 발행 주식에 대하여 10% 무상증자와 주식 1주를 10주로 교환하는 주식분할을 실행하여 A법인이 보유하고 있는 종전 B법인의 주식 428,701주가 4,715,710주[428,701주*(1+10%)*10]로 증가하였으며

 - 2014년 중 A법인은 상속받은 주식 중 113,520주를 유류분 반환 판결에 의하여 반환하게 됨에 따라 현재 A법인이 보유하고 있는 B법인 주식 내역은 다음과 같음

      * 422,477주 = 48,727주*(1+10%)*10 - 113,520주(유류분반환)

     ** 4,602,190주 = 4,715,710주 – 113,520주(유류분반환)

3. 관련법령

○ 상속세및증여세법 제16조【공익법인등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입】(2020.12.22. 법률 제17654호로 개정되기 전의 것)

① 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 종교ㆍ자선ㆍ학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)에게 출연한 재산의 가액으로서 제67조에 따른 신고기한(법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인등의 설립이 지연되는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지를 말한다)까지 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.

② 제1항에도 불구하고 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 공익법인등에 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 제1호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입한다.

 1. 주식등: 다음 각 목의 주식등

 가. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

  나. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

  다. 상속인 및 그의 특수관계인이 재산을 출연한 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

 2. 비율: 100분의 5. 다만, 제50조제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용, 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시, 제51조에 따른 장부의 작성ㆍ비치, 그 밖에 대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)으로서 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조에 따른 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등에 출연하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 비율

  가. 다음의 요건을 모두 갖춘 성실공익법인등에 출연하는 경우: 100분의 20

   1) 출연받은 주식등의 의결권을 행사하지 아니할 것

   2) 자선ㆍ장학 또는 사회복지를 목적으로 할 것

  나. 가목 외의 경우: 100분의 10

○ 상속세및증여세법 제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】(2020.12.22. 법률 제17654호로 개정되기 전의 것)

① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 제16조제2항제2호에 따른 비율을 초과하는 경우(제16조제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입한다.

 1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

 2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

 3. 출연자 및 그의 특수관계인으로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

 2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다. 이하 이 호 및 제3항에서 같다) 및 출연받은 재산의 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등에 지출한 금액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 제16조제2항제2호에 따른 비율을 초과하는 경우. 다만, 제16조제3항제1호 또는 제3호에 해당하는 경우(이 경우 "출연"은 "취득"으로 본다)와 ⁠「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우는 제외한다.

 가. 취득 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

 나. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

 다. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

⑪ 공익법인등의 주식등의 출연ㆍ취득 및 보유와 관련하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제16조제2항 또는 제48조제1항에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 제48조제2항에 따라 즉시 증여세를 부과한다.

 1. 성실공익법인등이 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연(출연받은 재산 및 출연받은 재산의 매각대금으로 주식등을 취득하는 경우를 포함한다)받은 후 성실공익법인등에 해당하지 아니하게 된 경우

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제40조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

 ② 법 제48조제11항의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 즉시 증여세를 부과하여야 하는 경우에는 그 과세가액에 산입하거나 증여세를 부과하여야 할 사유가 발생한 날 현재 당해 공익법인등이 초과하여 보유하고 있는 주식등의 가액을 기준으로 한다. 이 경우 "증여세를 부과하여야 할 사유가 발생한 날"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 말한다.

  1. 법 제48조제11항제1호 및 같은 항 제2호에 따라 공익법인등에 해당하지 아니하게 된 경우에는 성실공익법인등에 해당하지 아니하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일

  2. 법 제4조제11항제2호에 따라 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 보유하게 된 날

○ 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】

 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

○ 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

 ⑤ 법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

출처 : 국세청 2021. 02. 02. 서면-2020-법령해석법인-5277[법령해석과-410] | 국세법령정보시스템