요지

법인 본사를 수도권 밖으로 이전하여 세액감면을 적용받은 내국법인은 동일한 과세연도에 에너지절약시설투자세액공제, 환경보전시설투자세액공제를 동시에 적용받을 수 없는 것임

회신

「조세특례제한법」제63조의2제2항제2호에 따른 법인 본사의 수도권 밖 이전에 대한 세액감면을 적용함에 있어 동법 제63조의2제2항제2호가목의“해당 과세연도의 과세표준”은 법인 본사 및 지점을 포함한 법인 전체의 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준을 말하는 것으로, 법인 본사의 수도권 밖 이전에 따라 동법 제63조의2제2항제2호에 따라 감면소득을 산정하여 세액감면을 적용받은 내국법인은 법인 내부의 구분 회계처리 가능여부 및 투자액의 지출 주체와 관계없이 동일한 과세연도에 동법 제25조의2, 제25조의3에 따른 세액공제를 동시에 적용받을 수 없는 것입니다.

1. 사실관계

○질의법인은 ⁠「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 법률」에 따라 201x.xx.xx. 본사를 서울특별시에서 ○○혁신도시로 이전하였음

- 201x∼201x 사업연도 법인세 신고 시 본사의 수도권 밖 이전에 따른 법인세 감면(조세특례제한법 제63조의2)을 받은 한편,

- ○○혁신도시로 이전하지 않은 사업장에서 발생한 에너지절약시설·환경보전시설 투자에 대하여는 세액공제를 신청하지 아니함

○ 본사의 수도권 밖 이전에 따른 세액감면 신청시 감면소득을 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호의 계산방식에 따라 다음과 같이 산정함

2. 질의내용

○법인 본사의 수도권 밖 이전에 따라 조세특례제한법 제63조의2제2항제2호의 세액감면을 적용받는 경우

-에너지절약시설․환경보전시설투자에 따른 투자세액공제적용이 가능한지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 127조 【중복지원의 배제】

① 내국인이 이 법에 따라 투자한 자산에 대하여 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의5까지, 제26조, 제94조 및 제104조의18제2항을 적용받는 경우 다음 각 호의 금액을 투자금액 또는 취득금액에서 차감한다.

1. 내국인이 자산에 대한 투자를 목적으로 다음 각 목의 어느 하나에 해당되는 국가 등(이하 이 조에서 "국가등"이라 한다)으로부터 출연금 등의 자산을 지급받아 투자에 지출하는 경우: 출연금 등의 자산을 투자에 지출한 금액에 상당하는 금액

가. 국가

나. 지방자치단체

다. ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관

라. ⁠「지방공기업법」에 따른 지방공기업

2. 내국인이 자산에 대한 투자를 목적으로 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금융회사등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다)으로부터 융자를 받아 투자에 지출하고 금융회사등에 지급하여야 할 이자비용의 전부 또는 일부를 국가등이 내국인을 대신하여 지급하는 경우: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 국가등이 지급하는 이자비용에 상당하는 금액

3. 내국인이 자산에 대한 투자를 목적으로 국가등으로부터 융자를 받아 투자에 지출하는 경우: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 국가등이 지원하는 이자지원금에 상당하는 금액

② 내국인이 이 법에 따라 투자한 자산에 대하여 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의5까지, 제26조, 제94조 및 제104조의18제2항이 동시에 적용되는 경우와 동일한 과세연도에 제26조 및 제29조의5가 동시에 적용되거나 제26조 및 제30조의4가 동시에 적용되는 경우에는 각각 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

③ 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의5까지, 제26조, 제29조의5, 제29조의7, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15 및 제104조의18제2항을 적용할 때 제121조의2 또는 제121조의4에 따라 소득세 또는 법인세를 감면하는 경우에는 해당 규정에 따라 공제할 세액에 해당 기업의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다.

④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조제4항ㆍ제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조, 제63조의2제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6제1항ㆍ제2항, 제104조의24제1항, 제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 제121조의20제2항, 제121조의21제2항 및 제121조의22제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제8조의3, 제11조, 제13조의2, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의6까지, 제26조, 제30조의4(제7조와 동시에 적용되는 경우는 제외한다), 제94조, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18제2항, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4제1항 및 제126조의7제8항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다. 다만, 제6조제6항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받는 경우에는 제29조의7을 동시에 적용하지 아니한다.

⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조제4항ㆍ제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조, 제63조의2제2항, 제64조, 제85조의6제1항ㆍ제2항, 제104조의24제1항, 제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 제121조의20제2항, 제121조의21제2항, 제121조의22제2항과 제121조의2 또는 제121조의4에 따른 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

⑥ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제121조의2 및 제121조의4에 따른 취득세 및 재산세의 감면규정이 모두 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

⑦ 거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만, 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다.

⑧ 거주자가 토지등을 양도하여 제77조 및 제85조의7이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

⑨ 거주자가 주택을 양도하여 제98조의2와 제98조의3이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

⑩ 제3항과 제4항을 적용할 때 제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다.

○ 조세특례제한법 제63조의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】] ⁠(2017.12.19. 법률 15227호로 개정되기 전의 것]

① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 ⁠「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2017년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2020년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2017년 12월 31일까지 보유하고 2017년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율과 라목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액

나. 해당 과세연도의 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다) 근무 인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율

다. 해당 과세연도의 이전본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

라. 해당 과세연도의 전체 매출액에서 대통령령으로 정하는 위탁가공무역에서 발생하는 매출액을 뺀 금액이 해당 과세연도의 전체 매출액에서 차지하는 비율

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

(이하생략)

○ 조세특례제한법 제143조 【구분경리】

① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 하는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산ㆍ부채 및 손익을 각각의 사업별로 구분하여 경리하여야 한다.

③ 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다.

○ 조세특례제한법시행령 제136조 【구분경리】

① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 「법인세법」 제113조의 규정을 준용한다.

② 법 제143조의 규정에 의한 감면사업의 사업별 소득금액은 「소득세법」 제19조의 규정을 준용하여 계산한다.

○ 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

② ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」의 적용을 받는 법인은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 신탁재산에 귀속되는 소득과 그 밖의 소득을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 제25조제1항제1호의 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 제13조제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간

2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간

④ 내국법인이 분할합병하는 경우 분할신설법인등은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 분할법인등으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 제25조제1항제1호의 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 분할합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

1. 제46조의4제2항에 따라 분할법인등의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 이월결손금을 공제받는 기간

2. 그 밖의 경우: 분할 후 5년간

⑤ 연결모법인이 다른 내국법인(합병등기일 현재 연결법인이 아닌 경우만 해당한다)을 합병(연결모법인을 분할합병의 상대방 법인으로 하는 분할합병을 포함한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인(분할법인을 포함한다)으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

1. 합병등기일 현재 제76조의13제1항제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제76조의13제3항제2호에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간

2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법시행령 제156조 【구분경리】

① 법 제113조제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

② 법 제113조제3항 단서 및 같은 조 제4항 단서에 따른 중소기업의 판정은 합병 또는 분할합병 전의 현황에 따르고, 동일사업을 영위하는 법인(분할법인의 경우 승계된 사업분에 한정한다)의 판정은 실질적으로 동일한 사업을 영위하는 것으로서 기획재정부령으로 정하는 경우 외에는 한국표준산업분류에 따른 세분류에 따른다. 이 경우 합병법인 또는 피합병법인이나 분할법인(승계된 사업분에 한정한다) 또는 분할합병의 상대방법인이 2 이상의 세분류에 해당하는 사업을 영위하는 경우에는 사업용 고정자산가액 중 동일사업에 사용하는 사업용 고정자산가액의 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우에만 동일사업을 영위하는 것으로 본다.

○ 법인세법시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】

① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조제6항제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다.

○ 법인세법시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

① 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조제1항제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다.

⑥ 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

4. 관련사례

○ 조세특례제한법 기본통칙 143-0…1【 구분경리 】

법 제143조 제1항에 규정하는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에 있어서 영 제136조 제1항의 규정에 의한 구분경리에 관하여는「법인세법 시행령」 제156조 및 같은 법 시행규칙 제75조의 규정을 준용하는 것으로 구분경리 대상법인의 익금과 손금의 구분계산은 법 및 다른 법에 특별히 정한 것을 제외하고는 법인세법기본통칙 113-156…6에 의한다.

○ 법인세법 기본통칙 113-156…6【 개별손익・공통손익 등의 계산 】

규칙 제75조 제2항의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타사업을 겸영하는 법인의 익금과 손금의 구분계산은 법에 특별히 규정한 것을 제외하고는 다음과 같이 계산한다.

1. 개별익금

가. 매출액 또는 수입금액은 소득구분계산의 기준으로서 이는 개별익금으로 구분한다.

나. 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련하여 발생하는 부수수익은 개별익금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다.

(1) 부산물ㆍ작업폐물의 매출액

(2) 채무면제익

(3) 원가차익

(4) 채권추심익

(5) 지출된 손금 중 환입된 금액

(6) 준비금 및 충당금의 환입액

다. 영업외수익과 특별이익 중 과세사업의 개별익금으로 구분하는 것을 예시하면 다음과 같다.

(1) 수입배당금

(2) 수입이자

(3) 유가증권처분익

(4) 수입임대료

(5) 가지급금인정이자

(6) 고정자산처분익

(7) 수증익

2. 공통익금

감면사업과 과세사업에 공통으로 발생되는 수익이나 귀속이 불분명한 부수수익은 공통익금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다.

가. 귀속이 불분명한 부산물ㆍ작업폐물의 매출액

나. 귀속이 불분명한 원가차익, 채무면제익

다. 공통손금의 환입액

라. 기타 개별익금으로 구분하는 것이 불합리한 수익

3. 개별손금

가. 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련하여 발생한 비용은 당해 사업의 개별손금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다.

(1) 매출원가

(2) 특정사업에 전용되는 고정자산에 대한 제비용

(3) 특정사업에 관련하여 손금산입하는 준비금ㆍ충당금전입액

(4) 기타 귀속이 분명한 제비용

나. 영업외비용과 특별손실 중 과세사업의 개별손금으로 구분하는 것을 예시하면 다음과 같다.

(1) 유가증권 처분손

(2) 고정자산 처분손

4. 공통손금

감면사업과 과세사업에 공통으로 발생되는 비용이나 귀속이 불분명한 비용은 공통손금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다.

가. 사채발행비 상각

나. 사채할인발행차금 상각

다. 기타 개별손금으로 구분하는 것이 불합리한 비용

5. 지급이자

차입금에 대한 지급이자는 그 이자의 발생장소에 따라 구분하거나 그 이자전액을 공통손금으로 구분할 수 없으며, 차입한 자금의 실제 사용용도를 기준으로 사실판단하여 과세 및 감면사업의 개별 또는 공통손금으로 구분한다.

6. 외환차손익

가. 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련되는 외환차손익은 당해 사업의 개별손익으로 구분한다.

나. 외상매출채권의 회수와 관련된 외환차손익(공사수입의 본사 송금거래로 인한 외환차손익 포함)은 외국환은행에 당해 외화를 매각할 수 있는 시점까지는 당해 외상매출채권이 발생된 사업의 개별손익으로 하고 그 이후에 발생되는 외환차손익은 과세사업의 개별손익으로 구분한다.

다. 외상매출채권을 제외한 기타 외화채권과 관련하여 발생하는 외환차손익은 과세사업의 개별손익으로 구분한다.

라. 외상매입채무의 변제와 관련된 외환차손익은 당해 외상매입 채무와 관련된 사업의 개별손익으로 구분한다.

마. 외상매입채무를 제외한 기타 외화채무와 관련하여 발생하는 외환차손익은 외화채무의 용도에 따라 감면사업 또는 과세사업의 개별손익으로 구분하고, 용도가 불분명한 경우에는 공통손익으로 구분한다.

바. 외환증서, 외화표시예금, 외화표시유가증권등과 관련하여 발생하는 외환차손익은 과세사업의 개별손익으로 구분한다.

사. 감면사업의 손익수정에 따른 외환차손익은 감면사업의 개별손익으로 구분한다.

○ 법인세과-847, 2009.07.22.

｢조세특례제한법｣ 제63조의2 제2항 제2호에 따라 법인이 본사이전에 대한 세액감면을 적용함에 있어서“당해 과세연도의 과세표준”은 공장을 포함한 법인의 당해 사업연도의 각사업년도 소득에 대한 법인세의 과세표준을 말하는 것입니다.

○ 대법원-2014-두-47662, 2015.05.14.

조세특례제한법 제63조의2 제2항 제1호에서 정한 세액감면은 납세의무자의 전체소득이 아니라 지방이전공장에서 발생하는 소득만을 대상으로 한 것이므로, 구분경리한 다른 사업에 관한 법인세에서 그 사업에 대한 투자액 중 일정 금액을 세액공제받는 것은 중복지원이라고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 지방이전공장에 대하여 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항에서 정한 세액감면을 받음과 동시에 나머지 사업장에 대하여는 구 조세특례제한법 제11조, 제24조, 제25조의3, 제26조, 제104조의 14, 15 등에서 정한 투자세액공제를 받는 것은 구 조세특례제한법 제127조 제4항에서 정한 중복지원 배제대상에 해당하지 않는다

○ 서면-2016-법인-4597, 2016.08.31.

「조세특례제한법」에 의한 세액감면을 적용받으려는 사업자는 감면대상사업과 그 밖의 사업으로 자산・부채 및 손익을 각각 구분경리하여야 함. 다만, 각 사업별로 구분할 수 없는 공통익금과 공통손금은 그러하지 아니하며, 「법인세법 시행규칙」 제76조제6항 및 제7항의 규정에 의하여 안분계산하는 것임.

○ 사전-2014-법령해석법인-20240, 2015.03.19.

「조세특례제한법」제143조에 따라 세액감면을 적용받는 공장과 그 밖의 공장을 구분경리하여 같은 법 제127조 제10항에 따라 공장별로 세액감면과 세액공제를 각각 적용받는 내국법인이 세액감면을 적용받는 공장과 세액공제를 적용받는 공장의 연구개발업무를 함께 수행하는 연구소의 연구 및 인력개발을 위한 시설에 투자한 금액에 대해 공장별로 실지 귀속이 구분되지 않는 경우, 같은 법 제11조의‘연구 및 인력개발설비 투자세액공제’는 ⁠「법인세법」제113조 및 같은 법 시행령 제156조 규정에 따른 구분경리 방법으로 공장별 투자금액을 안분계산하여 세액감면을 적용받는 공장을 제외한 다른 공장의 투자금액 해당액에 한하여 적용받을 수 있는 것임

출처 : 국세청 2018. 07. 06. 서면-2017-법인-3004[법인세과-1784] | 국세법령정보시스템