요지

조합법인 등에 대한 법인세 과세특례 적용시 수익사업과 비수익사업의 당기순이익을 합산한 금액으로 법인세 과세표준을 신고하는 것이며 과세특례를 포기할 수 있음

회신

｢조세특례제한법｣ 제72조의 조합법인 등에 대한 법인세 과세특례를 적용하는 경우 결산재무제표상 당기순이익은 기업회계기준에 따른 수익사업과 비수익사업의 당기순손익을 합산한 금액으로 하여 법인세 과세표준을 신고하는 것이며, 같은 법 시행령 제69조 제2항에 따라 당기순이익과세를 포기하고자 하는 경우에는 당기순이익과세를 적용받지 아니하고자 하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일까지 포기신청서를 제출하여야 하는 것임

1. 사실관계

 ○ △△협동조합(이하 ⁠‘질의법인’)은 수익사업인 □□ 도소매 및 비수익사업인 ▽▽시 위탁사업(▲▲센터, ▼▼관 운영)을 영위하는 법인으로

  - 조특법 제72조의 조합법인 등에 대한 법인세 과세특례(이하 ⁠‘당기순이익 과세’)를 적용하여 법인세 신고를 하고 있음

  - 질의법인의 수탁사업 수행에 소요되는 비용은 ▽▽시의 ▲▲센터 임대료 및 보조금(이하 ⁠‘보조금 등’)으로 충당하고 있음

2. 질의내용

 ① ▽▽시의 보조금 등을 법인세 과세표준에서 제외할 수 있는지 여부

 ② 당기순이익과세를 포기할 수 있는지 여부

 ③ 당기순이익과세 포기 후 ▽▽시의 보조금 등을 법인세 과세표준에서 제외할 수 있는지 및 일반 법인세법 적용 시기는 언제인지

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제72조 【조합법인 등에 대한 법인세 과세특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지「법인세법」 제13조 및 같은 법 제55조에도 불구하고 해당 법인의 결산재무제표상 당기순이익[법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익(當期純利益)을 말한다]에 「법인세법」 제24조에 따른 기부금(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액과 같은 법 제25조에 따른 접대비(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액 등 대통령령으로 정하는 손금의 계산에 관한 규정을 적용하여 계산한 금액을 합한 금액에 100분의 9[해당금액이 20억원(2016년 12월 31일 이전에 조합법인간 합병하는 경우로서 합병에 따라 설립되거나 합병 후 존속하는 조합법인의 합병등기일이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도에 대하여는 40억원을 말한다)을 초과하는 경우 그 초과분에 대해서는 100분의 12]의 세율을 적용하여 과세(이하 이 조에서 "당기순이익과세"라 한다)한다. 다만, 해당 법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 경우에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다.

 1. ｢신용협동조합법｣에 따라 설립된 신용협동조합 및 ｢새마을금고법｣에 따라 설립된 새마을금고

 2. ｢농업협동조합법｣에 따라 설립된 조합 및 조합공동사업법인

 3. 삭제

 4. ｢수산업협동조합법｣에 따라 설립된 조합(어촌계를 포함한다) 및 조합공동사업법인

 5. ｢중소기업협동조합법｣에 따라 설립된 협동조합ㆍ사업협동조합 및 협동조합연합회

 6. ｢산림조합법｣에 따라 설립된 산림조합(산림계를 포함한다) 및 조합공동사업법인

 7. ｢엽연초생산협동조합법｣에 따라 설립된 엽연초생산협동조합

 8. ｢소비자생활협동조합법｣에 따라 설립된 소비자생활협동조합

○ 조세특례제한법시행령 제69조【조합법인 등에 대한 법인세 과세특례】

① 법 제72조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 손금의 계산에 관한 규정을 적용하여 계산한 금액"이란 「법인세법」 제19조의2제2항, 제24조부터 제28조까지, 제33조 및 제34조제2항에 따른 손금불산입액(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)을 말한다.

② 법 제72조제1항 단서의 규정에 의하여 당기순이익과세를 포기하고자 하는 법인은 당기순이익과세를 적용받지 아니하고자 하는 사업연도의 직전사업연도종료일(신설법인의 경우에는 사업자등록증교부신청일)까지 기획재정부령이 정하는 신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

○ 법인세법 제43조 【기업회계기준과 관행의 적용】

   내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 ⁠「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다.

○ 법인세법 시행령 제79조 【기업회계기준과 관행의 범위】

   법 제43조에 따른 기업회계의 기준 또는 관행은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준(해당 회계기준에 배치되지 아니하는 것으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 관행을 포함한다)으로 한다.

  1. 한국채택국제회계기준

  1의2. 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제5조제1항제2호 및 같은 조 제4항에 따라 한국회계기준원이 정한 회계처리기준

  2. 증권선물위원회가 정한 업종별회계처리준칙

  3. ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 제정된 공기업ㆍ준정부기관 회계규칙

  4. 「상법 시행령」 제15조제3호에 따른 회계기준

  5. 그 밖에 법령에 따라 제정된 회계처리기준으로서 기획재정부장관의 승인을 받은 것

○ 조세특례제한법 기본통칙 72-0…1 【결산재무제표상 당기순이익의 범위】

① 법 제72조 제1항에서 ⁠‘결산재무제표상 당기순이익’ 이라 함은「법인세법 시행령」제79조에 따른 기업회계기준 또는 관행에 의하여 작성한 결산재무제표상 법인세비용차감전순이익을 말한다. 이 경우 당해 법인이 수익사업과 비수익사업을 구분경리한 경우에는 각 사업의 당기순손익을 합산한 금액을 과세표준으로 한다.

출처 : 국세청 2022. 07. 28. 서면-2022-법인-2970[법인세과-1116] | 국세법령정보시스템